В марте 1919 г. из многих ЧК поступили запросы, как поступить с выплатой издержек, израсходованных вызываемыми ЧК свидетелями из деревень, сел, уездов и т. д. В связи с этим, 22 марта 1919 г. Дзержинский предложил «при поступлении требований на выплату расходов свидетелям, руководствоваться следующими положениями:
1. Прогонные получают лишь те свидетели, жительство коих находится от города на расстоянии свыше 5 верст.
Примечание: Прогонные выплачиваются впредь до особого распоряжения по 3 руб. за каждую обратную версту.
2. Суточные выплачиваются в тех случаях, когда свидетель, по требованию следствия потратит времени не менее двух дней.
3. Расходы по оплате выплачиваются из статьи непредвиденных расходов».
Постановлением Совета Труда и Обороны Республики от 17 сентября 1920 г., объявленным приказом ВЧК за № 118, все работники чрезвычайных комиссий в своих правах и обязанностях были приравнены к военнослужащим Действующей Красной Армии, что внесло много нового в характер работы органов ВЧК. В связи с этим Дзержинский в приказе от 24 сентября 1920 г. писал: «С указанного момента аппарат чрезвычайных комиссий является по темпу своей работы тождественным военной боевой организации и должен немедленно воспринять ту быстроту техники, на основании коей эта организация построена, работает и управляется руководящим центром....
Всероссийская чрезвычайная комиссия устанавливает:
1. Строжайшую военную централизацию всех органов ЧК, выражающуюся в непосредственном, полном и безоговорочном подчинении их во всех отношениях центральному органу - ВЧК.
2. Исключительную персональную ответственность всех работников ЧК и в первую голову председателей губчека, за состояние и деятельность вверенных им органов.
3. Порядок воинской подчиненности низших должностных лиц высшим в смысле точного и беспрекословного исполнения приказов ВЧК и отдельных распоряжений непосредственных и прямых начальников.
4. Точность и быстроту исполнения заданий, исходящих от Центра, и оперативных предложений всех органов ЧК, донося немедленно о выполнении их начальников и своевременно представляя все требуемые Центром сведения.
На основании изложенного объявляется во всеобщее сведение, что работа ЧК отныне рассматривается как выполнение боевых задач в военной обстановке на внутреннем фронте, а поэтому малейшие нарушения установленных настоящим приказом положений будут караться со всей суровостью ВЧК».
23 февраля 1921 г. Дзержинский писал К.М. Карлсону: «во что бы то ни стало эти войска сделать и по духу чекистскими, т. е. стойкими и преданными делу революции. Это достигнуть можно, втягивая их в нашу жизнь и работу постоянной близостью и заботой о них, как о материальной их жизни, так и духовной». Но решение этой задачи осложнялось тем, что СТО все войсковые части и военные учреждения, не расположенные на фронте, причислил к тыловым частям и перевел их на тыловой пакет и тыловое снабжение.
25 марта 1921 г. в докладной записке в СТО: Дзержинский обратил внимание на то, что постановление «не сделало никакого исключения для войск специального назначения, расположение которых в тылу нисколько не уменьшает их задачи и не сокращает возложенных на них обязанностей. Особенно сильное и неблагоприятное влияние перевод на тыловой паек и тыловое снабжение оказывает на войска ВЧК».
Председатель ВЧК просил «внести в вышеуказанное постановление Совета Труда и Обороны поправку и разъяснение, что постановление Совета Труда и Обороны о переводе войсковых частей, не расположенных на фронте, на тыловой паек, на войска ВЧК не распространяется». Свое предложение он обосновал следующими аргументами:
«Во-первых, войска ВЧК имеют свои специальные задачи и специальное назначение, которые не меняются от их расположения на фронте или в тылу, от перехода Красной Армии на мирное или полумирное положение, а, напротив, в некоторых случаях с развалом некоторых армейских частей даже увеличивается;
во-вторых, части войск ВЧК несут службу пограничной охраны, работа которой ничуть не отличается от работы на боевом фронте по напряженности вниманию и трудности несения службы, уменьшается только опасность смерти, но не исключается;
в-третьих, малочисленность войск ВЧК в сравнении с возложенными на них задачами перегружает их работа так, что наряды в караул красноармейцы должны идти через сутки, а во время, предназначенное для отдыха, исполнять оперативные задания ЧК или особого отдела, чего в тыловых частях никогда не бывает, ибо они кроме своих внутренних и внешних нарядов других несут только редко и в исключительных случаях;
в-четвертых, в местностях, отличающихся бандитскими шайками и кулацкими восстаниями, каких в настоящее время на территории РСФСР немало, войска ВЧК находятся в постоянном боевом положении».
К этому Дзержинский добавил: «Войска ВЧК должны быть исключительно надежные и дисциплинированные, готовые к выступлению по первому требованию, вербоваться из людей, на которых можно надеяться и которым можно доверять. В особенности это относится к войскам, несущим охрану границ РСФСР, где нет групповой работы, а надежда возлагается на честность и исполнительность каждого бойца в отдельности, а голодный и раздетый человек всегда легче поддается соблазну и подкупу, чем сытый».
6 мая 1922 г. Дзержинский провел совещание ПП ГПУ, на котором был обсужден вопрос «О материальном положении ГПУ». По докладу И.С. Уншлихта было решено произвести максимальное сокращение личного состава сотрудников с тем, чтобы фактически отпуск количества пайков не уменьшился и мог обеспечить наличное количество сотрудников; поручить С.Ф. Реденсу совместно с Полномочными Представителями в кратчайший срок разработать проект о дальнейшем сокращении личного состава всех органов ГПУ (транспортных, особых, секретных и гласных сотрудников и т.д„ которой рассмотреть на совещании с начальниками отделов); «создать Центральный секретный фонд материальный и денежный путем привлечения экономических комиссариатов».