5 сентября 1922 г. к Дзержинскому приехал С.М. Буденный, который говорил о колоссальных заслугах Трушина «по борьбе с бандитизмом и на спайке с армией, спайке, которой армия его до приезда Трушина не могла добиться». И ни Буденный, ни К.Е. Ворошилов, не видели необходимости снятия Трушина с занимаемой должности. Буденный прямо указал, что «в такой большой работе могли быть и промахи, но это не основание шельмовать такого человека и угрожать выгоном из партии. Т. Буденный усиленно ходатайствует ликвидировать это дело». Дзержинский предложил членам Коллегии запросить мнение секретаря Юго-Востбюро А.И. Микояна, отозвать комиссию и в Москве рассмотреть дело Трушина - «Необходимо принять во внимание мнение Ворошилова, Буденного и действительно большие заслуги т. Трушина».
Материалы на Трушина были переданы в ГПУ для принятия необходимы мер по его проступкам. Ими занялся следователь Хун-дадзе, который после ознакомления с документами 17 сентября 1922 г. направил в ЦКК на имя М.Ф. Шкирятова личное письмо.
Есть необходимость привести его полностью. «Моя обязанность, -писал он, - Вам это сказать - Ваше дело действовать, как Вы хотите. Напомню только, что простой перечень трушинских безобразий способен поднять бурю на любом рабочем и партийном собрании. В тиши же кабинетов, наоборот, эта отвратительная грязь превращается в обычное чуть ли «приличное» происшествие.
Негодяи, умеющие крепко связаться с «нужными людьми», останутся безнаказанными благодаря этим высоким авторитетным заступникам. А что скажут сотни и тысячи людей, над которыми издевался этот человек всем своим образом жизни, поведением, работой?
Никакой ответственности, уверенность в поддержке «своих людей», полное забвение не только классовых, но и простейших правил честного человека, это с одной стороны, а с другой, сверху форменное покрывательство и «отеческое ворчание» тех, кто должен судить и наказывать их. Такой строй в учебниках называется феодальным. Это даже не буржуазный, потому что в буржуазном государстве каждый представитель правящего класса, осмелившийся так наплевать на интересы своего класса, был бы жестоко покаран.
Надо было Вам сперва знакомиться с материалом, а потом служить его заступником.
И то, что этот вопрос хотят решить без Сольца, лично знающего все дело, решить не запрашивая даже его, это мне дает полную уверенность, что я правильно понимаю и оцениваю эту поспешность. Хундадзе».
21 сентября 1922 г. Дзержинский в письме Г.Г. Ягоде и В.Д. Фельдману выразил свое возмущение поступком Хундадзе, нарушившим, по его мнению, партийную и служебную дисциплину: «...Хундадзе, следователь ГПУ и как таковой, познакомившись с делом т. Трушина, не имел права выступать с какими бы то ни было частными письмами и делать свою политику, а тем более с таким гнусным письмом, которое должно быть предметом расследования по существу ЦКК на предмет наложения на Хундадзе партийного наказания. По нашей линии прошу немедленно -сегодня же следователя Хундадзе уволить (за недисциплинированность и хулиганство в своем письме) без права поступления на службу в органы ГПУ. Об исполнении сообщите». В тот же день Г.Г. Ягода сообщил Дзержинскому, что следователь «уволен без права поступления в органы ГПУ».
Учитывая наличие разногласий между руководителями органов безопасности, парткомами и советами по различным вопросам, Дзержинский нацеливал чекистов на их преодоление. Характерным в этом отношении является письмо члену Туркестанского бюро ЦК РКП (б), полномочному представителю ВЧК в Туркестане Я.Х. Петерсу, всем ЧК, политбюро, особым отделам и РТЧК, в котором подчеркивалось, что каждый чекист и все ЧК должны твердо помнить: «Как чека, так и истинный коммунист, заинтересованы (в) создании в Туркестане твердой Советской власти, и в общей работе ЧК должна нести пример не только в смысле порядка, дисциплины, самоотверженного труда, но и выдержки, такта, твердости и вежливости», а задача «приезжающих товарищей должна сводиться не к генеральствованию и стремлению сесть на шею мусульманскому населению, а к тому, чтобы помочь этому населению безболезненно изжить невежество, выбраться из-под влияния мглы и суеверий, в которых его держал капиталистический мир, на свет знания, поднять его до сознания своих собственных сил, чтобы он мог стать у власти», и важнейшими задачами чекистов являются: «помощь мусульманской бедноте, полный контакт с партийными организациями и самое широкое использование опыта работы партийных товарищей...».
В 1921 г. предметом разбирательства Коллегии ВЧК стало положение в Туркестане. Г.И. Бокий доложил Коллегии о взаимоотношениях Сафарова и Петерса. Вся кампания Сафарова, писал Бокий, «против чекистов оказалась ни на чем не основанной, и расстрелы, утвержденные Петерсом, не имели под собой никакой почвы. В начале января были арестованы Сафаровым чуть ли не все ответственные работники особого отдела Туркфронта по обвинению в пьянстве, причем дело сознательно раздувалось с целью, видимо, очернить работников чекистских учреждений...Естественным выводом из того, что Петерс, как руководитель в самостоятельной области - картельной политике должен быть признан не на месте, тем более, что фактическое руководство этой областью взял в свои руки Сафаров, создавая особые следственные комиссии, практикуя расстрелы, выносимые ТуркЦИКом».
В начале апреля в ВЧК поступило письмо сотрудников Туркестанской ЧК. 9 апреля 1921 г. Дзержинский поручил своим заместителям составить проект ответа через Петерса для подписи секретарем ЦК РКП (б) и председателя ВЧК. «Они, - писал Дзержинский, - в некоторой мере правы - нельзя всегда и всех расстреливать провинившихся. К тем из рабочих и кр.(трудящимся), которые могут исправиться и которые совершили преступление потому, что о них не было никакой заботы - можно и должны быть снисходительнее. Главное, ЧК и губкомы должны поставить сотрудников в такие условия - моральн. и материальн., чтобы они себя чувствовали парт, организацией, связанной с партийн. и рабочими массами. Если к чекистам относятся как к жандармам, это означает, что плоха партия и руководство. Обновить состав необходимо».