В 1925 г. группа лиц во главе с Путиловым, имевшая тесные связи с ОГПУ, расшифровала секретных сотрудников. По этому делу проходил 81 человек, из них 27 были приговорены к расстрелу, 32 к заключению в концлагерь на различные сроки, 13 - к ссылке в отдаленные места СССР, 4 - к другим наказаниям, в отношении 3 лиц дело прекращено, одно отложено и одно направлено на доследование. 16 марта 1925 г. Дзержинский писал Менжинскому: «Для меня из дела Путилова совершенно ясно, что организация эта имела глубокие связи в ГПУ. Только эти связи могли обеспечить их успех в раскрытии работающих у нас. Речь идет о раскрытии 15-ти (а не 8-ми). Необходимо этим заняться особо, поручив это дело одному товарищу, независимо от общего ведения дела. Пр. Манцеву. Прошу сделать это, сообщив мне, кому вы поручили это дело.
Надо выяснить точно, кто ими был разоблачен, когда. Опросите всех разоблаченных. Добиться и у арестованных по этому вопросу безусловного признания. Особенно надо добиться показаний Путилова, который признался, что передал через Рактера список 15 секретных сотрудников ГПУ. Безусловно, у нас в оперативных аппаратах должны быть провокаторы.
В 1926 г. Троцкий направил на имя Дзержинского доклад о начальнике Особой части НКФ Л.Л. Волине, который зарекомендовал себя как карьерист. Проходя службы в ВСНХ, Госзнаке и НКФ, он использовал свое положение в преступных целях: мешал выработке положения об Особой части НКФ, расходовал большие средства, подбирал кадры из родственников, играл на понижении курса, совершал увеселительные поездки за границу, был связан с белой эмиграцией. 8 апреля 1926 г. Дзержинский писал Ягоде: «Я думаю, Волина надо закатать лет на 10 (десять) в ссылку, подержать года два-три в тюрьме».
Многие сигналы о поведении сотрудников, поступавшие в ВЧК-ОГПУ, были предметом тщательного изучения Дзержинского.
13 марта 1921 г. Дзержинский просит Э.М. Склянского принять меры по сообщению Р.С. Землячки о том, что в Тюмени части ВНУС разложены, требуется обновление командного состава и замена комбрига Полисонова, который «во всех отношениях слаб». В этот же день он просил И.А. Апетера поверить информацию о том, что с Землячкой в одном вагоне ехал член Вятской губЧК Ва-рьятов, который скрывал спекулянтов, везших мясо и продававший его на станциях; он говорил, что едет к Ксенофонтову для получения нового назначения. И если это правда, то «надо расследовать через Валескална и гнать его от нас в шею».
В середине 1921 г. в ВЧК обратился Иорданский с жалобой на нетактичное поведение следователей и И.С. Уншлихта, которые завели на него дело на основании сплетен. 8 июля 1921 г. Дзержинский предложил Уншлихту выйти из этого положения обстоятельным разбирательством заявления и путем «удовлетворения».
8 августа 1922 г. Дзержинский объявил строгий выговор Усову, Медведю и Карпенко за то, что они не поехали на место происшествия в ночь 6 на 7 августа на ст. Подмосковная, как только узнали об этом происшествии - об убийстве рабочего депо Бабакина.
В феврале 1924 г. некий Тимофеев устраивал скандалы, вступал в драку и шантажировал людей ссылками на Дзержинского и других партийных и советских руководителей. Однажды даже в казино сослался на председателя ГПУ и был доставлен на Лубянку. 22 февраля 1924 г. Дзержинский писал Фельдману, что о Тимофееве ничего не знает, кроме того, что он сам ему говорил, и просил «произвести самое строгое расследование его поведения, выяснить полностью его прошлое и его заслуги перед революцией на основании свидетельских показаний и официальных отзывов. От него потребовать описание его жизни с указанием, кто именно может подтвердить правильность его сообщений. Если он сам написать не в состоянии, пусть Вам расскажет со стенографич. записью.
Кроме того, прошу провести врачебную экспертизу и если она признает, что поступки его объясняются болезнью, то поместить его в соответствующую больницу и если являются злоупотреблением своей болезнью, то соответственно поступить с докладом мне».
Дзержинский не проходил мимо незначительных упущений своих сотрудников. Он интересовался у Г.Г. Ягоды: «какие права имеют начальники отделов и управлений и другие в отношении административного ареста своих сотрудников и как эти права применялись...».
4 декабря 1920 г. в рапорте вахтера ВЧК Таланова отмечалось, что после окончания работы в комнате № 67 не было потушено электричество, комната заперта и ключ, по всей вероятности, забран с собой, потому что на доске, где вешают ключи, его не оказалось. Работали в этой комнате Бахвалов и другие, фамилий которых выясняются. Такие явления бывают часто и не соблюдается приказ по управделами ВЧК от 29-го октября». Дзержинский написал резолюцию: «Дать 3 суток ареста в помещении комиссии с исполнением служеб. обяз. Провести по приказу». В.Л. Герсон доложил Дзержинскому о том, что распоряжении не выполнено, так как Бахвалов оказался невиновным.
Строго спрашивая с подчиненных, Дзержинский иногда уступал давлению со стороны руководителей партии, как это было в 1921 г. в деле Л.П. Берия.
Формальной причиной начала разбирательства стала информация о том, что Берия потребовал передачи всех дел, возникших в железнодорожных ЧК Баку, в АзЧК. Но все ЖЧК подчинялись непосредственно ТО ВЧК, и возникавшие вопросы между органами ЧК Баку и ТЧК ст. Баку решались путем согласования. Поэтому начальник ТО ВЧК Г.И. Благонравов дал указание инспекторам М.А. Гурьеву, Штейману и Васильеву выехать в Баку и во всем разобраться. Инспектора установили не только ненормальности во взаимоотношениях между ТЧК и АзЧК, но и неблаговидное поведение Берии, который освобождал преступников и арестовывал многих людей по вымышленным обвинениям, вынуждал увольняться честных сотрудников и т.д.