20 сентября 1920 г. пленум ЦК РКП (б) по предложению Л.Д. Троцкого решил демобилизовать Ф.Э. Дзержинского и возвратить его к работе в ВЧК, обязав отбыть отпуск для лечения.
В то время как Красная Армия вела борьбу с польскими войсками, Врангель добился больших успехов, его армия, выйдя из Крыма, широко распространилась по Таврии и заняла угрожающее положение по отношению к правобережной Украине. Неудачи на врангелевском фронте привели к середине сентября 1920 г. к решению выделить этот участок в самостоятельный фронт. До этого врангелевский фронт подчинялся командующему Южного фронта, действовавшему против белополяков. Южный фронт был переименован в Юго-Западный. Фронт же против Врангеля был наименован Южным. Его командующим был назначен М.В.Фрунзе. Под его руководством Крым был освобожден: один за другим пали Симферополь, Феодосия, Севастополь и Керчь. К 16 ноября 1920 г.
полуостров был занят Красной армией.
Подписание большевиками и поляками 12 октября 1920 г. Рижского перемирия можно считать концом интервенции и заключительным актом влияния на нашу Гражданскую войну мировой войны. Эвакуации врангелевцев из Крыма (14-16 ноября) через месяц после Рижского перемирия по существу явилась и концом Гражданской войны в Советской России.
Война с Польшей свидетельствовала о необходимости улучшения разведывательной работы. Не случайно в сентябре 1920 г ЦК РКП(б) отмечал, что «мы шли на Варшаву вслепую и потерпели катастрофу». Но в работе органов ВЧК и военной разведки РККА были и серьезные успехи. Во время войны с Польшей чекистам удалось арестовать и привлечь сотрудничеству главу резидентуры польской разведки в Советской России И.И. Добржинского. А.Х. Ар-тузов подметил и использовал некоторые взгляды резидента, интересовавшегося марксизмом и критически относившимся к политике Ю. Пилсудского, а главное Дзержинский согласился выполнить его условие отпустить в Польшу агентов, сотрудничавших с Добржин-ским по патриотическим убеждениям. В результате чекистам удалось разгромить главную резидентуру польской разведки. Более того, Доборжинский уже в качестве сотрудника Особого отдела ВЧК Сосновского и бывший резидент польской разведки в Петрограде В. Стацкевич были откомандированы на Западный фронт, где сорвали покушение на командующего фронтом М.А. Тухачевского.
С возвращением в Москву Дзержинский занялся текущими делами ВЧК и выполнением партийных заданий. 29 сентября 1920 г. ЦК РКП (б) поручил ему ознакомиться с заявлением Коллегии НК РКП П. А. Кобозева, в котором утверждалось, что руководители НКПС отправляли на фронт коммунистов, разоблачавших злоупотребления в аппарате наркомата. Была создана комиссия для проверки указанных фактов. Оказалось, что заявление Кобозева основано на анонимных письмах. 10 ноября 1920 г. ЦК РКП (б) утвердил доклад комиссии Ф. Э. Дзержинского о клеветническом характере заявления Кобозева. Председатель ВЧК дал указание подготовить приказ о тщательной проверке каждого заявления, дискредитирующего граждан. 13 ноября 1920 г. он поручил Г.Г. Ягоде «издать циркуляр по всем ЧК, ос. от. и ОРТЧК, что, если чьим-либо заявлениям или показаниям дается ход по возбуждению или прекращению дела, необходимо прежде всего выяснить вполне лицо заявителя со стороны его наличности партийности, честности, ибо очень часто заявитель
оказывается анонимом или лицом, абсолютно не заслуживающим доверия, а между тем, давая ход таким, очень часто клеветническим заявлениям, дискредитируются честные товарищи и люди». В качестве примера Дзержинский привел дело Кобозева, оклеветавшего руководящих работников НКПС на основе анонимных заявлений, «что не было Кобозеву известно только потому, что не проверил и не выяснил подписавшихся под заявлениями».
«Необходимо, - отметил Дзержинский, - также в том же циркуляре приказать всех клеветников и обвинителей без достат. данных наказывать самым беспощадным образом... Приказ этот должен быть под распечатан и прочитан всеми ответственными работниками и следователями ЧК».
Для объединения усилия чекистских и военных органов по охране революционного порядка в столице 20 октября 1920 г. СТО назначил Дзержинского председателем Московского Комитета обороны, подчинив ему в отношении внутренней службы войска Московского военного округа.
11 ноября 1920 г. Ф.Э. Дзержинский обратил внимание членов Оргбюро ЦК РКП(б) на расхлябанность комиссарского состава гарнизона Московского округа. Оргбюро решило «поручить тов. Соловьеву и Дзержинскому разослать циркулярную телеграмму по округу и губвоенкомам о необходимости поднятия дисциплины».
С окончанием военной кампании в Крыму встал вопрос о стихийной и неорганизованной эвакуация пленных врангелевцев. 27 ноября Дзержинский и Склянский направили телеграмму в РВС Южного фронта, что это недопустимо, так как может привести к возникновению эпидемий. Они предложили немедленно принять решительные меры для прекращения эвакуации пленных из Крыма без предварительной санитарной обработки и установления в нужных случаях карантина; сообщить о количестве военнопленных, часть их распределить в районе Южного фронта, других - эвакуировать на север; срочно принять меры, чтобы ни один эшелон и даже отдельное лицо не проникали пока на север без указания центра, в отношении белья, обмундирования и мыла принять во внимание невозможность срочной помощи центра, а поэтому всемерно использовать местные средства; чрезвычайной военносанитарной комиссии принять меры для обеспечения участия санитарных органов в эвакуации; иметь в виду, чтобы эпидемия ни в коем случае не должна быть занесена в армию, за что отвечает чрезвычайная санитарная комиссия Южного фронта.