Дзержинский выразил уверенность, что Артем сделает «все возможное для подавления в корне контрреволюции а Башкирии».
В конце февраля 1920 г. он сделал запрос телеграммой Артему, насколько тот считает действенными приятые меры для того, «чтобы раз навсегда обезопасить себя от всяких неожиданностей», потому что события Мензелиском и Белебеевском уездах внушают опасения». Восстание в Башкирии началось с событий в Мензе-линском и Белебеевском уездах. Благодаря решительным мерам Артема, было подавлено, а состав ревкома обновлен.
После начала польского наступления в 1920 г. Украина превратилась в кипящий котел. Вспышки восстания стали повсеместными, потому что она «не очищена от петлюровщины, и мужик украинский смотрит на город как на пиявку на его шее, всегда готов пограбить города». Дзержинский, находившийся в Украине, в письме в ВЧК отмечал 28 мая 1920 г. трудности борьбы с отрядами Н.И. Махно, «требуется длительная систематическая, сложная борьба и работы по закреплению деревень и сел».
Вооруженные отряды анархистов под руководством Махно, действовали в Украине в 1918-1921 гг. Признавая на словах советскую власть и даже участвуя в отдельных боевых операциях на стороне Красной Армии, они внезапно изменяли.
Для того, чтобы покончить с бандитизмом, Дзержинский предложил командующему войсками ВОХР В.С. Корневу «не ослабляет своей энергии», и из мер борьбы усилить проверку документов пассажиров на железных дорогах и водных путях сообщения, назначив для «этого особых контролеров по хорошо разработанному плану и с подчинением этих котролеров центру» и провести по этому вопросу совещание руководителей ТО ВЧК и Особого отдела.
25 июня 1920 г. Ф.Э. Дзержинский писал И.К.Ксенофонтову из Харькова: «Пока мне вернуться нельзя. Надеюсь, что скоро удастся мне сплотить особую военную группу для борьбы с Махно, - тогда сумел бы на некоторое время приехать в Москву». На следующий день он отметил: «В области моей специальности здесь обильный урожай... Громадной помехой в борьбе — отсутствие чекистов-украинцев. С Махно мне не везет. С ним можно было скоро расправиться, имея конницу. У меня ее не было. Только теперь удается мне сколотить полк из эскадронов, которые удалось выклянчить. Надеюсь через неделю пустить этот полк в действие.
А в это время активизировались повстанцы в Тамбовской губернии, где восстание возглавил уроженец Кирсановского уезда, член партии социалистов-революционеров с 1905 г., участник нескольких террористических актов против царских чинов А.С. Антонов. Он создал мобильную, хорошо вооруженную армию. Главный оперативный штаб, политические руководители в каждом отряде, полку и бригаде, печатные органы, службы снабжения, санитарные части - все, как в регулярных войсках. 24 сентября 1920 г. Ленин предложил Дзержинскому и Склянскому спешно приять «архиэнергичные меры. Спешно!».
В октябре 1920 г. восставшие захватили суконную Болдыревскую (Рассказовскую) фабрику. Не ранее 19 октября 1920 г. В.И. Ленин писал Ф.Э. Дзержинскому, что это «верх безобразия» и предложил прозевавших это чекистов (и губисполкомщиков) Тамбовской губернии отдать под военный суд, строгий выговор объявить Корневу, послать архиэнергичных людей тотчас, дать по телеграфу нагоняй и инструкции.
В этот же день Ленин направил следующую телеграмму Корневу и Дзержинскому: «Тов. Шлихтер сообщает мне об усилении восстании в Тамбовской губ., о слабости наших сил, особенно кавалерии.
Скорейшая (и примерная) ликвидация безусловно необходима.
Прошу сообщить мне, какие меры принимаются. Необходимо проявить больше энергии и дать больше сил.
Через день повстанцы были выбиты из Рассказовской фабрики.
Но крестьянские восстания вспыхивали то в одном, то в другом районе, а белогвардейцы готовили захват власти в столице. И 28 октября 1920 г. Дзержинский подписал приказ о проведении операции по предупреждению белогвардейского восстания. В нем отмечалось, что по имеющимся в ВЧК сведениям, русские контрреволюционеры, опираясь на поддержку мировой буржуазии, поставили себе задачу свергнуть советскую власть вооруженной рукой, поднять восстание, прежде всего в Москве.
Поэтому ВЧК предложила всем губЧК принять к исполнению нижеследующее: совместно с парткомами выработать ряд мер по предупреждению возможных восстаний; при объявлении забастовок принимать различные меры к их ликвидации, вплоть до суровых репрессивных мер к руководителям и злостным подстрекателям, а в отношении рабочих применять предупредительные меры; немедленно приступить к аресту всех контрреволюционеров как в военных, так и в гражданских учреждениях, в отношении которых имеются данные, как-то: активных членов партии правых и левых эсеров, монархистов, народных социалистов, кадетов, меньшевиков и анархистов, могущих принять участие в выступлении; по согласованию с парткомами «подготовить на всякий случай ударный кулак из надежных и преданных советской власти товарищей»; немедленно арестовать «всех гнусных и злостных шептунов, распространителей ложных панических слухов, подстрекателей-агитаторов»; при проведении операций обращать особое внимание на уничтожение связей белогвардейцев с другими городами, немедленно сообщая по телеграфу соответствующим губЧК.
В конце приказа Дзержинский дал ряд рекомендаций местным губЧК по проведению операций, направленных на предупреждение восстаний: не проводить операций вслепую, изолировать только тех лиц, против которых есть фактический материал; при арестах ответственных спецов соблюдать все формальности; решение о массовых операциях и сама операция должны производиться с ведома и согласия парткома и губисполкома; случайно задержанных немедленно освобождать; о принятых мерах сообщить в кратчайший срок; через неделю после операции сообщить в ВЧК о количестве арестованных с указанием: кто взят, партийная принадлежность и выдвинутое обвинение; под личную ответственность председателя губЧК «принять все зависящие меры к тому, чтобы слух о предполагавшемся белогвардейском восстании не распространился в широких кругах обывателей...Срок начала операции считать трехдневный с момента получения настоящего приказа».