Он также не согласился с мнением Дзержинского о причинах роста бандитизма в виде формализма и волокиты судов: «Все дела о бандитизме, как общее правило, ведутся ГПУ, и в суд дело поступает после того, как его промаринуют в ГПУ. Дела слушаются обыкновенно либо в военных трибуналах, либо в уголовных отделениях губсудов, где они уже не лежат потом, что по этим делам следствие всегда сравнительно просто и не требует никаких особых дополнительных действий».
По предложению Дзержинского Политбюро ЦК РКП(б) обязало НКЮст разослать циркуляры о том, чтобы ни одно дело не задерживалось в судах более трех месяцев, причем губпрокуратура и губсуды обязаны представлять двухнедельную отчетность о количестве пропускаемых дел. Что же касается предложения об оперативном подчинении ОГПУ милиции и уголовного розыска и о внесудебных репрессиях к участникам бандитизма, они были рассмотрены на заседании Политбюро ЦК РКП (б) 14 февраля 1924 г., которое в целях более тесного взаимодействия силовых структур приняло специальное постановление «О борьбе с бандитизмом». Выступили Ф.Э. Дзержинский, Н.В. Крыленко, Г.В. Чичерин и А.Г. Белобородов. Постановили: «Признать необходимым усиление борьбы, как в городе, так и в деревне, возложив руководство ею на ОГПУ и его местные органы, подчинив ему в оперативном отношении органы уголовного розыска и милиции и признав необходимым соответственно временное расширение прав ОГПУ в области внесудебной репрессий, а также представить Президиуму ЦИКа СССР соответствующий конкретный план расширения прав ОГПУ на внесудебные репрессии и освобождения крестьянского населения от бандитов, с тем, чтобы в этом плане были указаны районы, сроки и методы борьбы»’.
После того, как ЦИК СССР 9 мая 1924 г. возложил на органы ОГПУ борьбу с бандитизмом во всесоюзном масштабе, Коллегия ОГПУ в июне 1924 г. нацелила местные чекистские органы опираться на помощь населения, улучшить агентурную и оперативную работу с использованием сил уголовного розыска и милиции. Поэтому ПП ОГПУ внесли некоторые уточнения в направления работы чекистов с учетом обстановки своих районов. Так, внимательное агентурное наблюдение за каждым шагом украинской эмиграции позволяло чекистам пресечь ее усилия по подготовке восстания на территории западных областей Советского Союза. Но решающее значение в этом регионе все же имела позиция Польши и других правительств Европы, не готовых еще пойти на широкомасштабные военные действия против СССР. Они постоянно помогали националистическим и другим антисоветски настроенным группировкам, как бы держали их «в запасе» до определенного времени.
Вспышки бандитизма были характерны для 1924-1925 гг. 26 декабря 1924 г в ТО ОГПУ сообщили из Полторацка о появлении банды в 40 верстах от полотна железной дороги в Каршинской волости численностью в 1200 человек, бандиты грабили население, уничтожали небольшие советские отряды власти. Дзержинский писал Ягоде: «Что это за такая банда? Это настоящий фронт. Надо обратить внимание на скорейшее уничтожение этой банды. Сообщите мне, что это за банды и какую опасность они представляют. Пришлите мне и карту, чтобы я мог ориентироваться, где это происходит. На границе с Персией? Так ли?».
В 1924 г. совместными усилиями армии и органов ОГПУ было подавлено восстание амурского казачества в пограничной полосе Буссе Черняево. В Украине разгромлены банды А.А. Гулого-Гуленко, Палия-Сидорянского и Ю.В. Тютюника, «Волынская повстанческая армия» и др.
По данным ОГПУ, в 1924 г. в борьбе с бандитами было захвачено в бою 27 пулеметов, 799 револьверов, 2576 обрезов, 89 гранат; добровольно сданы: 1 пулемет, 84 револьвера, 272 винтовок и обрезов, 2 гранты, «выкачено» - 6 пулеметов, 893 револьтвера, 29977+483 винтовок и обрезов, 102 гранаты; убито 205 главарей, 2132 рядовых, 3232 добровольно сдались, ранено 36 главарей, 1312 рядовых, захвачено в плен 229 главарей, 10 633 рядовых; добровольно сдались 211 главарей, 2361 рядовой.
Бандитизм постепенно уходил из жизни советских людей, но все же значительная часть сельского населения проявляла недовольство мероприятиями власти. И после подавления мятежей и восстаний положение в деревне осталось крайне сложным. Очаги сопротивления политике советской власти возникали то в одном, то в другом месте. Зачастую крестьяне объединялись с другими недовольными или поддерживали их, независимо от партийной принадлежности или политической платформы. Один из руководителей военной контрразведки Р.А. Пиляр, выступая на 2 Всесоюзном съезде сотрудников особых отделов, отмечал, что крестьяне возмущены репрессиями в связи с проведением налоговой кампании, ложащиеся тяжелым бременем на бедняцкие семьи. Эти репрессии превратились в уродливые явления. Например, в Саратовской губернии было арестовано около 250 тыс. человек за невзнос налогов, в Симбирский - 10 тыс. человек». У крестьян, не уплативших налог, отбирались скот, остатки зерна и др. продукты крестьянского производства, что, если не разоряло, то во всяком случае ослабляло хозяйство. Причем сплошь и рядом, вследствие неналажености соответствующих аппаратов, отобранное крестьянское добро, тут же на глазах крестьян портилось и его приходилось выбрасывать.
1925 г. стал годом окончательной ликвидации повстанчества и бандитизма не территории Советского Союза. Лишь в ряде районов Средней Азии остались басмаческие банды.
В этом году основное внимание было обращено на Северный Кавказ. Дзержинский считал, что в решении северокавказских проблем следует наряду с мерами по линии ОГПУ принять меры экономические. 17 января 1925 г. он писал С.К. Орджоникидзе: «...Необходимо, по-моему, создать совещание для выработки и проведения мер, которые бы кавказские народы связали бы экономически с нами тесным образом так, чтобы для всего населения была очевидной польза в принадлежности к Союзу ССР. Такое совещание, если создавать, то самое лучшее при ВСНХ под моим председательством. Как Вы смотрите на это? Не стоит ли нам-цекистам Сев. Кавказа и Закавказья собраться со мной и обсудить для внесения предложения в ЦК. Я уверен, что Англия бросит большие миллионы, чтобы оторвать от нас Закавказье, подняв хотя бы бутафорское восстание для вмешательства и чтобы натравить Турцию».