1. Руководство борьбой с бандитизмом, как политическим, так и уголовным, как в городе, так и в деревне, возложить на ОГПУ и его местные органы.
2. Для этой цели подчинить оперативно ОГПУ органы уголовного розыска и милиции.
3. Предоставить право ОГПУ внесудебного разрешения дел по обвинению в бандитизме не только лиц, захваченных с оружием, но и вообще принимающих участие в бандитизме.
4. Поручить ОГПУ разработать и срочно провести план освобождения крестьянского населения от обирающих его бандитов, включая в это число и конокрадов». Предложения Дзержинского были одобрены.
Но самыми сложными были все же отношения ведомства безопасности с НКЮ, НК РКИ и ЦКК РКП (б), где вырабатывалась не только судебная и внесудебная политика, но и осуществлялся контроль за работой сотрудников ВЧК-ОГПУ. И так было с первых дней образования ВЧК.
18 декабря 1917 г. ВЧК арестовала группу членов контрреволюционного «Союза защиты Учредительного собранию), пытавшихся самочинно, вопреки декрету Совнаркома от 26 ноября 1917 г., открыть «заседание» Учредительного собрания. СНК решил задержать арестованных до выяснения их личности. Вместо того, чтобы выполнить решение СНК, нарком юстиции левый эсер И. 3. Штейнберг и член коллегии НКЮст В.А. Карелин освободили всех арестованных, не поставив в известность об этом ВЧК. Это являлось нарушением принятого левыми эсерами обязательства проводить советскую политику. На следующий день СНК своим постановлением за подписью В.И. Ленина и И.В. Сталина признал, что какие бы то ни было изменения постановлений комиссии Дзержинского, как и Следственной комиссии при Петроградском Совете, Военно-морской следственной комиссии и Комитета по борьбе с пьяными погромами, допустимы только путем обжалования этих постановлений в СНК, а не единоличными распоряжениями комиссара юстиции.
СНК также признал, что освобождение арестованных в ночь с 18 на 19 декабря/ с 1 на 2 января 1918 г. Штейнбергом и Карелиным было и формально, и по существу дела неправомерным, так как противоречило не только правам комиссии Дзержинского, но и прямому решению СНК, принятому вечером 18 декабря 1917 г. о задержании арестованных для выяснения личностей.
Вопрос о взаимоотношениях между НКЮ с ВЧК и другими следственными комиссиями снова был заслушан на заседании СНК 21 декабря 1917 г. по докладу Штейнберга.
В начала 1918 г левые эсеры потребовали включения их представителей в состав ВЧК. Дзержинский выступил с предложением, чтобы ЦК левых эсеров делегировал своих работников только после предварительного утверждения кандидатур СНК. 7 января 1918 г. СНК обсудил «Конфликт Комиссариата юстиции с Всероссийской комиссией по борьбе с контрреволюцией по вопросу о пополнении этой комиссии». Был заслушан доклад Дзержинского о недопустимости системы пополнения ВЧК выбором новых ее членов партией левых эсеров, которую предложил Штейнберг. Вопреки мнения Дзержинского СНК поддержал эсеров, признав «желательным преобразование комиссии в том смысле, чтобы назначить товарищем председателя Чрезвычайной комиссии членов от фракции левых с.-р». Кандидаты в члены ВЧК должны утверждаться СНК.
После мятежа левых эсеров 6 июля 1918 г. они были выведены из состава ВЧК во всех ее структурах. Но отношения с НКЮ не стали лучше. Те же конфликты и споры. 15 ноября 1921 г. СНК вновь вернулся к этому вопросу, поручив «разработку норм, регулирующих взаимоотношения ВЧК и НКЮста, поскольку их деятельность соприкасается, в частности, нормы об установлении надзора НКЮста за следственным аппаратом ВЧК - комиссии в составе тт. Дзержинского, Каменева и Курского. Срок работы комиссии - двухнедельный. Доклад за т. Дзержинским и т. Курским. Созыв комиссии поручить т. Дзержинскому».. Комиссия работала вплоть до реорганизации ВЧК.
14 сентября 1922 г. Дзержинский предложил З.Б. Кацнельсону и А.И. Свидерскому подготовить программу взаимодействия и установления повседневного делового контакта между ЭКУ ГПУ и НК РКИ, «преодолев как с этой, так и с другой стороны ведомственную конкуренцию. Для этого необходимо уяснить себе положение и компетенцию, и цели, и задачи как Эк. упр., так и РКИ, установив работу дополняющую, совпадающую и соприкасающуюся и выработать как центральное соглашение так и по отдельным отраслям для устранения всяких трений и параллелизма. Взаимную вражду надо преодолеть. Прошу Вас представить т. Свидерскому весь необходимый материал и свои соображения, предварительно лично доложив мне».
В препроводительном письме Дзержинский писал, что ему необходимы дополнительные материалы для подготовки доклада в ЦК РКП(б) и просил прислать их в кратчайший срок.
Особое внимание председатель ГПУ обратил на борьбу с мелкобуржуазной стихией, указав, что ее ведут специальные три ведомства: НК РКИ, НКЮ и ГПУ. При этом первые два оторваны от хозяйственной жизни, находятся «вне ее текущего процесса и в одной части, в большей своей части, составленные из тех же враждебных и чуждых советскому строю элементов, зараженных убийственным формализмом (это одна из форм буржуазной психологии и вместе с тем орудие борьбы буржуазных элементов)», а ГПУ, хотя и состоит из преданных делу коммунистов, но не имеющих понятия о хозяйственных вопросах вообще, о том, что такое наш НЭП вообще и наш государственный капитализм, в частности, а потому решающие вопросы борьбы с преступностью «вне времени и пространства без всяких хоз. перспектив». И борьба этих органов, как правило, ведется не только без помощи и поддержки хозяйственных органов, но чаще при явной или скрытой вражде. Поэтому никакого успеха в этой области: аппараты не улучшаются, преступления увеличиваются, государственное имущество расхищаются, «все достижения идут на кормление и усиление этой враждебной нам среды - государственных чиновников».