До 11 июня 1924 г. Дзержинский сообщил Ягоде о том, что на совещании в СНК присутствовали представители Всероссийской ассоциации изобретателей и Всероссийской ассоциации инженеров. «О первой я ничего не знаю, о второй знаю, что она была против нас. Сейчас она ходатайствует о распространении ее устава на весь СССР (сейчас она РСФСР). Прошу собрать материал и представить мне об этих ассоциациях доклад, что они из себя политически представляют». Кроме того, он запросил данные: сколько и кто там из коммунистов и в каком качестве?, кто верховодит - характеристики их, члены президиумов и правлений - характер их, а также председателей секций; как поставлено наблюдение за ними, кто наблюдает и что Вами предпринято для усилении наблюдения». Г.Г. Ягода поручил А.А. Андреевой собрать материалы и ответить на вопросы Дзержинского.
21 апреля 1925 г. ОГПУ увидела «реальную угрозу» для использования легальных возможностей для объединения части бывших белогвардейских офицеров, которые состояли в Военно-научном обществе наряду со слушателями РККА, и предложило своим местным органам «принять меры, обеспечить непрерывное наблюдение за работой местных органов ВНО».
Органы советской власти вели активную борьбу с религиозными течениями. В этом участвовал и репрессивный аппарат. Так, 11 марта 1921 г. Дзержинский подписал циркуляр, направленный всем губЧК, в котором говорилось, что в силу декрета от 14 декабря 1920 г. об освобождении от воинской повинности по религиозным убеждениям, который отменил декрет от 4 января 1919 г., Московский объединенный совет религиозных общин и групп лишен прав, предоставлявшихся ему до декабря 1920 г.
Согласно основному Декрету о свободе совести от 23 января 1918 г. религиозные общества какого бы то ни было культа лишены прав юридического лица. Следовательно, впредь какие бы то ни было религиозные объединения должно рассматривать как отдельные группы верующих, собирающиеся исключительно в целях культа, а отнюдь не как объединения, присваивающие себе экономические, финансовые, судебные и вообще государственные функции. «Посему.-писал Дзержинский,- сделайте выемку в бывших канцеляриях провинциальных отделений Московского объединенного совета всех бланков, канцелярских удостоверений, печатей, равно и документов, носящих характер уставов, циркуляров, протоколов всяческих съездов и принципиальных директив, не относящихся непосредственно к делам культа. Также сделайте выемку всех документов, изобличающих бывший Московский объединенный совет в дальнейшей деятельности, противоречащей указанным декретам. При применении этого циркуляра соблюдать следующие соображения. Циркуляр имеет целью борьбу с обществами, под флагом религии открыто ведущими агитацию, способствующую разложению Красной армии, против исполнения продовольственных разверсток и трудовых повинностей. К общинам, не приносящим вред пролетариату, должно проявлять отношения самые осторожные, стараясь не раздражать религиозные объединения, не руководимые каким-либо контрреволюционным центром, каковым оказался Московский объединенный совет. При проведении циркуляра строго воздерживайтесь от каких-либо мероприятий, могущих возбудить нарекания на агентов нашей власти в смысле разрушае-мости хозяйственной деятельности и стеснений чисто культовой свободы. Изъятый материал перешлите срочно нарочным в Секретный отдел ВЧК».
Борьба со служителями церкви усилилась с началом изъятия церковных ценностей и инспирированного большевиками раскола церкви. Противники власти помимо обычной агитации против изъятия ценностей и прямого сопротивления последнему, готовили почву для единого фронта борьбы с атеизмом.
Чекисты проводили в жизнь решения политического руководства по изоляции и разгрому даже тех общественных организаций, которые выступали за конструктивное сотрудничество с коммунистами. После Гражданской войны даже за рубежом с изменением положения эмиграции все больше становилось людей, которые выступали за примирение и сотрудничество с Советской Россией. К ним относилась часть интеллигенции. Уже в конце 1921 г. появилось новое политическое течение «сменовеховство», названное по сборнику статей «Смене вех». Авторы сборника, переосмысливая события недавнего прошлого, пришли к однозначному выводу: «Россия переживает не переворот, не бунт, не смуту, а именно великую революцию со всеми характерными ее особенностями».
Но при этом, выполняя решение Политбюро ЦК ВКП(б) от 5 мая 1926 г., ОГПУ запретило создание организации «Новая Россия», конфисковав ее имущество, поскольку это «главная экономическая база и самый удобный путь для выработки и распространения новых идеологий». Главлиту было предложено не допускать впредь публичных лекций и выступлений сменовеховцев, как «ничем не прикрытой пропаганды чуждой нам идеологии». Чекисты провели обыски у восьми лидеров устряловско-лежневской группы и по результатам обысков начли следствие. Лидерами группы помимо известного писателя М.А. Булгакова сотрудники ОГПУ считали профессора 1 -го МГУ, научного сотрудника Коммунистической академии Ю.В. Ключникова: литератора, юрист-консультанта академии общества «Тепло и сила» Ю.Н. Потехина;, научного работника академии наук В.Г Тан-Богораза, профессора Ленинградского университета В.Г Адрианова; профессора ЛГУ А.М.Редько; литератора А.В. Бобрищева-Пушкина; литератора М.В.Устрялова.
Работа чекистов была выполнением решений высших партийных и советских органов. Большевики создали цензурно-контрольные органы -первоначально политотдел Госиздата РСФСР (20 мая 1919 г.) позднее Главлит (6 июня 1922 г.), комитет по контролю за репертуаром -Главрепертком (9 февраля 1923 г.). Эти организации работали в тесном контакте со спецслужбами, а вернее под двойным руководством ЦК РКП(б) и ВЧК-ОГПУ.