Во время процесса чекисты осуществляли охрану арестованных и здание суда, принимали меры по обеспечению безопасности высшего политического руководства страны.
Верховный революционный трибунал установил участие эсеров в вооруженных восстаниях, контрреволюционных заговорах против советской власти и террористической деятельности и приговорил А.Р. Гоца, Е.М. Тимофеева, М.Я. Гиндельмана, М.А. Лихача, Е.М. Ратнера, Д.Д. Донского, Н.Н. Иванова, Л.Я. Герштейна, С.В. Морозова к высшей мера наказания. Эта же мера была назначена за участие в террористической работе и покушении на В.И. Ленина члену боевой организации ЦК ПСР Е.Н. Иванову и за участие в военной работе ПСР в 1918 г. А.И. Альтовскому и В.В. Агапову. Члены ЦК ПСР М.А.Веденяпин, Д.Ф. Раков, Ф.Ф.
Федорович, Н.Н. Артемьев и член МК ПСР А.В. Либеров приговорены к 10 годам тюремного заключения со строгой изоляцией, члены ЦК ПСР М.Н. Львов, Е.С. Берг и В.Л. Утгоф В.Л. - на 5 лет. А Семенов, Коноплева, Ефимов, Усов, Зубков, Федоров-Козлов, Полевин, Ставская, Дашевский и Игнатьев были от наказания освобождены. 8 августа 1922 г. Президиум ВЦИК РСФСР в отношении 12 человек принял решение о приостановлении приведения смертного приговора в исполнение с мотивацией: «Если ПСР фактически и на деле прекратит подпольно-заговорщическую, террористическую, военно-шпионскую, повстанческую работу против власти рабочих и крестьян, она тем самым освободит от высшей меры наказания тех своих руководящих членов, которые в прошлом этой работой руководили и на самом процессе оставили за собой право ее продолжать.
Наоборот: применение партией с.-р. методов вооруженной борьбы против рабоче-крестьянской власти неизбежно поведет к расстрелу осужденных вдохновителей и организаторов контрреволюционного террора и мятежа». Осужденные фактически были объявлены бессрочными заложниками на случай вооруженных и террористических выступлений эсеров против советской власти.
Проблемы процесса правых эсеров обсуждались в Политбюро ЦК РКП(б) 27 февраля, 15, 20 и 23 марта, 13 апреля, 4 и 11 мая, 1, 12, 29 и 22 июня , 23 ноября 1922 г. и др. По - существу не судебная власть решала вопрос о мере наказания лидерам ПСР, а руководство большевистской партии. Именно Политбюро ЦК РКП (б) 13 июля 1922 определило порядок высылки эсеров.
Не стоял в стороне при определении меры наказания эсерам и Дзержинский. 18 сентября 1922 г. в Верховный трибунал поступило заявление Григория Лаврентьевича Горькова- Добролюбова, в котором тот подчеркивал, что «...ни разу и ни слова не говорил о своем принципиально-отрицательном отношении к вооруженной борьбе, поэтому подобные утверждения, имеющиеся в приговоре, являются ничем иным, как сплошным недоразумением и в корне неверны. Кроме того, заявляю, что в вопросе о вооруженной борьбе, как и в других вопросах, у меня с ЦК ПСР, а стало быть и с моими товарищами по партии никогда, никаких расхождений не было, нет их и теперь и во всем была полная солидарность...».
Письмо стало достоянием Дзержинского. И вместо того, чтобы понять этого человека, проявившего благородство и элементарную порядочность, председатель ГПУ 23 сентября 1922 г. направил записку на имя помощника прокурора РСФСР Н.В. Крыленко: «Прилагая при сем заявление осужденного члена ПСР Г.Л. Горькова-Добролюбова, считал бы полезным [поставить] вопрос о мере наказания по отношению к нему повысить до 10-ти лет, созвав для этого новое заседание Верхтриба».
Дзержинский следил за каждым шагом активных эсеров, находившихся на свободе. 26 сентября 1922 г. он писал Дерибасу: «Вчера, 25/1Х в 4-м часу дня видели едущей с кем-то на автомобиле № 642 видную эсерку Марию Аполлоновну Пустовойтову. Видали на углу Воздвиженки и Моховой.
Муж ее Борис Иванов тоже эсер.
Известно ли Вам про них.
Примите меры».
И после суда над правыми эсерами Дзержинский считал, что «теперь нам нужно особенно зорко присматриваться к антисоветским течениям и группировкам...». 21 августа 1922 г. он поставил задачи начальнику Секретного отдела ГПУ Т.П.Самсонову о разработке плана дальнейших действий против ПСР. «Необходимо, -писал он, - не допустить собрания и сплочения их остаткам и выработать программу действий, и идеологии (лозунги), и выпускать какие-либо воззвания и листовки. Необходимо порвать их связи совершенно с заграницей, обратив на эту связь особое внимание. (Взять под особое наблюдение заграничную делегацию ПСР).
Для этого необходимо громить их во всероссийском масштабе, не давая им опомниться, не допуская съездов, совещаний. Внимательно изучать их литературу, особенно письма и корреспонденцию из России, что дает богатый оперативный материал и указания. Оперативно изучить архив Керенского. Изъять всех дипогра-фов с.-р. Обязать всех ответств. коммунистов информировать об эсерах. Изъять эсеров с жел. дорог вовсе. Установить агентурное наблюдение за посещающими эсеров в тюрьме и т. д. и т. п.».
Через два дня состоялось совещание сотрудников Секретного и Иностранного отделов ГПУ, на котором присутствовали Т.П. Самсонов, Т.Д. Дерибас, М.А.Трилиссер и Г.Е. Прокофьев. Обсудив распоряжение Дзержинского о ликвидации эсеровской партии за границей, они постановили поручить ИНО в срочном порядке заняться выяснением связи эсеров через миссии, в частности, через чехословацкую и эстонскую; просить НКИД использовать материалы о административном эсеровском Центре и др.организаций для соответствующих нот к иностранным правительствам; улучшить работу закордонного агентурного аппарата и прикордонных органов ГПУ по выявлению путей связи эсеров с Россией находящихся за границей; СО ГПУ в срочном порядке выделить несколько осведомителей для направления через ИНО за границу; ИНО и СО ГПУ срочно изучить и разработать архив Керенского; за границей организовать газетную кампанию против эсеров. Материалы совещания были отпечатаны и разослано Ф.Э. Дзержинскому, И.С.Уншлихту, Г.Г. Ягоде и М.А. Трилиссеру.