Хорошо понимая, что своевременное четко налаженное снабжение Красной Армии и Красного Флота является одним из факторов обеспечения их боеспособности, враждебные советской власти специалисты не принимали мер по выполнению военных заказов, поставок сырья нужного качества, умышлено размещали заказы военного ведомства на тех фабриках и заводах, которые не могли их выполнить.
Готовясь к совещанию, на котором должен был обсуждаться вопрос о состоянии флота, 11 июля 1921 г. Дзержинским в самом срочном порядке поставил задачу А.Х Артузову «дать исчерпывающую оценку по вопросам: боеспособность нашего флота - количество и качество боевых единиц, их вооружение и оборудование, их боевая польза, личный их состав (командный и низший), разложение его, политическая физиономия; средства и сила, поглощаемые этим флотом - топливо, продовольствие, обмундирование, помещения; возможно ли возрождение флота при наших условиях; взаимоотношения с НКПС...». Специальная комиссия Политбюро ЦК РКП (б) в 1922 г. установила, что на Балтийском флоте военспецы мешали снабжению моряков продовольствием и обмундированием, допустили случаи выдачи матросам гнилого табака, испорченного растительного масла и др. Во многих частях велась подрывная работа. Так, в конце марта 1921 г. в четвертом дивизионе Первой Конной Армии были пресечены попытки антисоветской агитации.
Некоторые из бывших морских офицеров, находившихся на службе в учреждениях Морского ведомства, старались использовать недостаточную техническую подготовку ряда руководителей и своими действиями всячески подрывали боевую мощь Красного Флота. Они вели работу по сплочению на антисоветской основе бывших морских офицеров на кораблях и в учреждениях, по разложению моряков, натравливали их на политсостав, поддерживали связи с белогвардейскими морскими организациями за границей, в частности с «Морскими союзами» (Берлин, Париж), «Морским штабом» (Кобург), с английскими шпионскими центрами в Терио-ки, Копенгагене, Лондоне.
В связи с неурожаем противники власти большевиков возлагали большие надежды на широкое крестьянское антисоветское движение, которое должно было сказаться и на Красной Армии. Они надеялись возглавить его, опираясь на осевших среди крестьянства белых офицеров и вернувшихся из-за границы врангелевцев. Их очагами была Тамбовская губерния, в Поволжье Саратовская губерния, на Юго-Востоке - Донская и Кубанская области, Украина, Крым. Дальневосточная область, опорой, - отмечал Дзержинский в письме к Сталину 9 июля 1921 г., - могли быть исключенные из вузов студенты, сокращенные служащие, озлобленные преследованиями торговцы и др.
Трудное положение в городе, особенно в деревне сказалось негативно на армии и войсках ОГПУ. К 1925 г., с переходом от войны к миру, численность Красной Армии с 5,5 млн. человек сократилась до 562 тысяч. Многие красноармейцы были недовольны политикой власти в деревне. Они прямо заявляли: «Нам здесь рассказывают, что соввласть проводит правильную политику. Это неверно. Будучи на селе, я убедился, что крестьян душат хуже, чем при царе», «власть обманывает крестьян, каждый день пишут, что налоги уменьшаются. Политика партии неправильна, нужно из такой партии бежать». И бежали не только из партии, но и из комсомола.
Участились и случаи дезертирства, отказа от службы в армии и на флоте по различным причинам. В марте 1924 г. в СНК обсуждался вопрос о службе в армии сектантов. 22 марта 1924 г. Дзержинский писал Менжинскому о том, что сектантов следует поменьше жалеть; воинскую повинность заменить им высоким налогом в пользу армии или семей красноармейцев и, кого можно, привлекать в тыловое ополчение.- «Важно определить, кто будет исполнителем, чтобы не было взяток, поблажек, привилегий».
Для недопущения негативных последствий Дзержинский рекомендовал знать истинное положение в армии. Выступая 23 января 1925 г. на 2-м Всесоюзном съезде советов Дзержинский говорил: «...Если мы желаем иметь крепкую и сильную армию, если мы желаем, чтобы она не подвергалась опасности влиянию контрреволюционных сил, мы должны изучить так называемые настроения армии, настроения крестьянства и искать пути, искать дороги и знать эти дороги, куда должны обращаться для устранения того, что иногда создает недоразумение..».
На 2-м съезде сотрудников особых отделов ОГПУ в 1925 г. отмечалось, что в РККА развиваются «демобилизационные настроения среди красноармейцев и сильный упадок дисциплины,...нас поражает огромное количество дезертиров,...имеются письменные заявления о нежелании служить...в некоторых частях красноармейцы в виде протеста устраивают всякие демонстративные выходки, например, выливают пищу, не хотят принимать пищи и т.д. ...приказы выполняются нехотя, неточно». На этой почве была низкая дисциплина и велико число красноармейцев, преданных суду военного трибунала: в 1925 г. - 21 338, в 1926 г - 20 601.
Проанализировав влияния положения в деревне на политикоморальное состояние частей РККА и РККФ, помощник начальника особого отдела Северо-Кавказского военного округа Диаконов писал в марте 1925 г.: «С одной стороны - недовольство крестьянства налогами, с другой - недостаточная экономическая обеспеченность частей и с третьей - еще не изжитая грубость командного состава, дают возможность антисоветскому элементу повседневно указывать красноармейской массе на то, что виновниками крестьянской нищеты являются советская власть и РКП (б). Нередко это агитация достигает среди некоторой части красноармейцев своих результатов, красноармейцы становятся недоверчивыми к комполитсоставу и усиливают свое недовольство службой в Красной Армии». На антисоветские настроения многих красноармейцев указывал и заместитель начальника Особого отдела ОГПУ СКВО П.Г. Рудь в обзоре политического настроения частей округа 29 мая 1925 г.: «Среди части красноармейцев (меньшинство) имеется резко враждебное отношение к дисциплине,...пишут, ведут разговоры о том, что, «когда пойдем воевать, то в первую очередь перебьем своих командиров... Подобных разговоров, угроз в различных тонах и вариантах за последние месяцы фиксируются десятками».