В 1926 г. на особом учете состояло 63 836 бывших белых офицеров, затем 37 437 из них было снято с особого учета.
В укреплении обороноспособности страны важное значение имела работа особых отделов и территориальных органов ВЧК-ОГПУ по контрразведывательному обеспечению заводов и фабрик, работающих на оборону, портов и сооружений, имевших стратегическое значении от поджогов, диверсий и пожаров. Еще 3 апреля 1919 г. Дзержинский издал приказ губЧК об установлении бдительного надзора за хлебными складами, железнодорожными сооружениями и путями, за всеми объектами стратегического назначения.
13 мая 1919 г. Совет Обороны, заслушав доклад Склянского «Об охране Тульского патронного завода», поручил. Дзержинскому и Склянскому организовать обследование Тульского патронного завода в отношении охраны при непременном участии в обследовании комиссара завода т. Орлова или заместителя его. Доклад поручить представить через неделю т. Склянскому». 19 мая СО заслушал сообщение Склянского «Об обследовании Тульского патронного завода в отношении охраны». Было решено поручить Склянскому и Дзержинскому «принять самые энергичные меры к организации успешной и строгой охраны Тульского патронного завода» и предствить доклад в СО в понедельник..
6 июня 1921 г. Ф. Э. Дзержинский провел совещание в Киеве с участием руководящего работника Красной Армии П. Е. Дыбенко, члена Коллегии ВЧК В. Н. Манцева, начальника укрепрайо-на Одессы Урицкого, председателей Одесской и Николаевской губЧК, начальника морского транспорта Иванова и других представителей морского транспорта. Совещание признало доказанным, что Морское ведомство является притоном белогвардей-щины. По вине его руководителей в Одессе произошли в порту две аварии: 1 и 2 июня 1921 г. 1 июня норвежский пароход «Камилла Джильберт», зафрахтованный англичанами, с грузом 420 тыс. пудов угля был посажен на мель у Санджейского поста, в пяти милях от Одессы, лоцманом, нарушившим правила безопасности кораблевождения.
Старшим на рейде был начальник минообороны Максимов. Он взял на себя руководство операцией и пошел на помощь на тральщике «Бессарабец», который в самом порту напоролся на давно затонувшую подлодку «Пеликан» и, получив пробоину, стал тонуть. Максимов первым сошел на шлюпку и той же ночью уехал в Севастополь, оставив «Бессарабец» без внимания и указаний.
Следствие установило, что непринятие мер к спасению тральщика привело к погружению его кормы в воду на 3-4 фута, к затоплению кочегарка и машинного отделения, затем корма проломилась. Дзержинский писал Склянскому: «Следствием вполне установлено, что обе аварии - результат преступного бездействия и разгильдяйства чинов Морведа в течение долгого времени до катастрофы. Придавая случившемуся государственное значение и принимая во внимание, что изложенное является лишь частью обширного фактического материала, доказывающего белогвардейскую работу чинов Морведа, совещание единогласно признало необходимым в корне пресечь возможность повторения, постановило арестовать виновников аварии: начальника минообороны Максимова, начальника Управления безопасности кор[аблевождения] Черназ[морей] Сполатбога и капитана «Бессарабца», предав их суду.
Дальнейшее следствие и установление остальных виновных производится. Распоряжение [об] арестах мною отдано».
Вскоре судно было снято с мели. Тральщик «Бессарабец» также был поднят судоподъемной службой Николаевского военного порта.
По инициативе Дзержинского улучшается охрана портов. На заседании Президиума ВЧК 6 августа 1921 г. после обсуждения вопроса о положении в Петроградском порту было решено создать особое отделение, в функции которого входила охрана порта и военконтроль за приходящими и уходящими судами. 26 ноября
1921 г. им было отдано распоряжение о создании в особом отделе морской части, «иначе флот всегда будет вне нашего ока». 14 июня.
1922 г. Дзержинский приказал начальнику Особого отдела Г.Ягоде связаться со Склянским для «принятия мер и отдачи под суд виновных, кем бы они не были». Речь шла о решении сотрудников НКИД предоставить порты Одессы, Феодосии и Новороссийска для обслуживания пароходов «АРА», в том числе и о разрешении американским линкорам входить во все порты Черного моря, не исключая Севастополя и Николаева.
21 июня 1922 г. СТО назначил Дзержинского Чрезвычайным уполномоченным СТО по Петроградскому порту, дав ему право контроля и принятия необходимых мер для улучшения его работы. Через пять дней Дзержинский телеграфировал в Одесский отдел ГПУ: «Соберите и пришлите мне срочно сведения о деятельности Одесского порта, его недостатках, нуждах, условиях и постановки работы, о произведенной работе, о предполагаемых к приемке грузов и об обеспечении своевременной разгрузки и выполнении этих работ». Председателем ВЧК-ОГПУ была оказана помощь в восстановлении и развитии портов Петрограда, Батуми, Новороссийска, Одессы, Поти и Сухуми.
После пожара на первом военном заводе Дзержинский потребовал принятия самых энергичных мер по пресечению происков спецслужб противника и контрреволюционных элементов. 4 июля 1921 г. он писал Благонравову: «Пожары на Казанской и Пермской дорогах принимают размеры государственной катастрофы. Необходимы меры. Надо срочно созвать совещание противопожарное (при НКВДеле) с привлечением всех, кто может оказать помощь: ТО ВЧК, ВЧК, НКПС, ЦК РКП (людьми) Военведомство, НКЗем (леса горят), Главтоп и выработать целую программу, внести на утверждение в СТО.
Противопожарная комиссия должна собираться ежедневно, члены ее должны заниматься только этим. За непринятие мер же персонально должен быть ответствен. Надо еще сегодня (4Л/1Н) собраться и в среду внести в СТО предложения.