Сложное положение в экономике, курс советской власти на восстановление и развитие промышленности и сельскохозяйственного производства потребовали организационной перестройки и совершенствование методов работы органов ВЧК-ОГПУ. Как составная часть госаппарата и правоохранительной системы, они были призваны вести борьбы с преступностью и решать эти задачи в тесном единстве с другими государственными учреждениями и общественными организациями, в большей мере с НКПС, НК РКИ, НКВД и ВСНХ. Практической борьбой чекистов руководили советские и партийные органы в центре и на местах.
Активное участие чекистов в хозяйственных делах было обусловлено тем, что их руководитель после Гражданской войны занимал должности сначала наркома путей сообщения, а со 2 февраля
1924 г. председателя ВСНХ. На этом посту он оставался до конца свой жизни, возглавляя ОГПУ. Кроме того, с 23 ноября 1925 г. до 5 февраля 1926 г. он исполнял обязанности председателя ВСНХ РСФСР.
Форсированное строительство социалистической экономики все больше требовало умелого использования труда буржуазных специалистов. Многие распоряжения Дзержинского свидетельствуют о необходимости согласованной работы чекистов с хозяйственниками и внимательном отношении к инженерно-техническому персоналу.
Эту проблему, по мнению Дзержинского, следовало рассматривать значительно шире, чем просто борьбу с преступными элементами. Так, в письме в ЦК РКП (6), НК РКИ, Госплан, ВСНХ, Внешторг, Внуторг, НКЗем и ЭКУ ГПУ, направленном 6 марта 1923 г. он прямо указал, что «если подойти к этой борьбе с узкой точки зрения - бей виновного, то можно сказать, что надо всех бить без исключения, ибо мы, коммунисты (самые честные из нас), еще дураки - учимся только и делаем миллион промахов, а остальные, как спецы, так и вся конторская братия - это враги наши и смотрят на государственное имущество, как на источник своего обогащения (это казенное, не наше, не грех брать и рвать).. Очевидно, что для преодоления такой стихии необходима тонкая, обдуманная, сложная стратегия, рассчитанная на то, чтобы в этой стихии найти союзников, произвести расслоение, внедрить новую этику...».
Эту задачу можно решить только при активной помощи самих хозяйственников. Дзержинского беспокоило то обстоятельство, что «наши хоз(яйственные) органы не сознавали всей важности этих учреждений (ВЧК-ГПУ- Авт.) для них же самих, не умели и не хотели ими пользоваться. Поэтому все репрессии карательн(ых) органов не достигали своей цели, были кустарничеством и заплатами и чисто случайными».
При Дзержинском с каждым годом все больше возрастет роль органов госбезопасности в качестве важнейшего инструментов хозяйственного строительства. Они осуществляют контроль и проверку исполнения решений высших советских и партийных органов.
Наряду с мерами по защите добросовестных специалистов Дзержинский предложил «выработать ряд жестких мер против враждебных нам и также составить обдуманный план расслоения их». Он постоянно подчеркивал, что их работа с хозяйственниками требовала особого такта и глубокого знания дела. Сотрудники и агентура не должны принимать участия в спорах по техническим вопросам - «наши работники должны всегда быть объективными, т.е. в технических спорах не должны принимать непосредственно участия. В таких делах они должны быть сами в стороне и не вовлекаться в споры». 20 августа 1921 г. им был подписан приказ, в котором указывалось, что, несмотря на неоднократные распоряжения о невмешательстве местных органов ВЧК в техническую работу железнодорожного и водного транспорта, поступающие сведения говорят, что эти распоряжения на местах, а особенно на пограничных пунктах, не выполняется. Вмешательство как губчека, так и особых отделов, совершенно не знакомых с условиями работы транспорта, помимо органов ТЧК, «разрушает его основы». Дзержинский напомнил руководителям губЧК и особых отделов, что «охрана транспорта поручена специальному органу ТЧК, каковому и представлено право производства операций на транспорте».
Особого внимания требовало ведение наблюдения за представителями торгово-промышленных кругов капиталистических стран. Чекистам рекомендовалось не допускать мелочной опеки и придирчивости, необдуманных действий, чтобы не помешать ведению торговых операций. Однако следовало усилить контроль за иностранцами, но так чтобы чекисты «...не испортили бы и не отбили бы у иностранных купцов желания и стремления вести с нами торговые сношения...Вместе с тем органы ЧК должны бессменно стать на сторону интересов Республики и наблюдать за тем, дабы под видом купцов не приникли к нам шпионы, контрреволюционеры, а под предлогом торговых сделок не таились бы контрреволюционные заговоры».
Однако проблему бережного отношения к специалистам не удалось решить до конца. Об этом свидетельствует, в частности, переписка Дзержинского по делу инженера Шрагина. 11 августа 1925 г. он писал И. Косиору в Грозный, что письмо Шрагина «производит потрясающее впечатление. Если в документе правда, а она чувствуется в письме, то надо Шрагина поддержать и не дать ему погибнуть и, кроме того, сделать надлежащие выводы вообще. Я перешлю этот документ Мессингу в Ленинград на его заключение, что можно сделать, ибо я думаю можно и до суда кой чем помочь и, кроме того, разошлю письмо Шрагина членам П/бюро, ибо надо сделать и общие выводы. Мы оставлять спецов без поддержки не можем и не должны, должна быть завязана между нами и ними более теплая связь, вникающая в их законные нужды. Я сам болен. Уже 3 недели болею, и на днях меня высылают из Москвы на лечение. Но я дам поручение секретарю т. Гагарину следить за этим делом и уведомить Вас. Я лично не возражаю, чтобы он работал у Вас в Грозном, если удастся дать ему условное наказание». В тот же день Дзержинский направляет письмо аналогичного содержания Цвибелю, в котром отмечает, что это «человеческий документ», требующий обращения внимания на положение наших специалистов, дабы охранить их от упадка и дабы помочь, если можно поскользнувшимся.