20 февраля 1919 г. Ф.Э.Дзержинский подписал приказ о подготовке к реорганизации ревтрибуналов и ЧК в свете решений: ВЦИК. Им предлагалось: ликвидировать до организации новых революционных трибуналов все имеющиеся старые дела, по которым необходимо применить административные меры наказания, чтобы вновь реорганизованные трибуналы могли сразу приступить к разбору новых дел; всячески содействовать организации новых трибуналов; не уменьшать бдительности и в случае надобности, с разрешения и согласия губисполкомов и губком-парт, решительно бороться с врагам советской власти в местностях, объявленных на военном положении»..
В тот же день Дзержинский и председатель Особого отдела М.С. Кедров подписали приказ, которым предложили особым отделам принять к исполнению следующее: армейским особым отделам в зоне боевых действий предоставляются в отношении непосредственной расправы по пресечению преступлений права и функции губЧК; в том случае, когда боевая зона далеко отстоит от места пребывания армейского особого отдела, последний для непосредственного обслуживания зоны выделяет от себя боевой
пункт (отделение), которому передаются принадлежащие ему права непосредственной расправы; граница боевой зоны устанавливается по соглашению местных губЧК, реввоенсоветов армий и особых отделов.
9 марта 1919 г. Президиум ВЧК после обсуждения вопроса «О концентрационных лагерях», постановил поручить М.С. Кедрову и Г.С. Морозу разработать проект о концентрационных лагерях во всероссийском масштабе, а МЧК подыскать коменданта для концентрационного лагеря», а 12 марта 1919 г. после обсуждения вопроса «О высшей мере наказания», постановил: «Поручит губчека применять высшую меру наказания к взяточникам и занимающимся хищениями и по ж. д.».
Весной и летом 1919 г. Дзержинский поставил перед ЦК РКП (б) вопрос о дополнительных мерах обеспечения безопасности страны. 14 марта 1919 г. он выступил на заседании ЦК РКП (б) с докладом «О серьезности переживаемого момента» и предложил объявить на военном положении местности, где происходили контрреволюционные мятежи. ЦК согласился с мнением Дзержинского.
О «серьезности и переживаемого момента» свидетельствует его письмо своей старшей сестре Булгак, направленном из Москвы на следующий день: «Объяснить тебе всего я в письме не могу,-разные люди понимают по-разному, да и не каждый сумеет переварить в уме все то, что душа выстрадала в муках многолетних скитаний. Одну правду я могу сказать тебе - я остался таким же, каким и был, хотя для многих нет имени страшнее моего.
Любовь сегодня, как и раньше, она все для меня, я слышу и чувствую в душе ее песнь. Песнь эта зовет к борьбе, к несгибаемой воле, к неутомимой работе. И сегодня, помимо идеи- помимо стремления к справедливости,- ничто не определяет моих действий...Я вижу будущее и хочу и должен сам быть участником его создания -быть в движении, как пущенный из пращи камень, пока не достигну конца-отдыха навеки. Задумывалась ли ты когда-нибудь, что такое война и ее действительных образах? Ты отталкиваешь от себя образы разорванных снарядами человеческих тел, раненых на поле боя и воронов, выклевывающих глаза еще у живых людей. Ты отталкивала эти страшные картины, ежедневно стоящие у нас перед глазами. Меня ты не можешь понять. Солдата революции, борющегося за то, чтобы не было на свете несправедливости, чтобы эта война не отдала на растерзание победителям- богачам целые многомиллионные народы. Война - ужасная вещь».
В этой борьбе на стороне большевиков выступал и сын А.М.Горького. 9 мая 1919 г. Дзержинский подписал ему мандат до 1 июля 1919 г., которым Максиму Алексеевичу Пешкову было предоставлено право «задержания всех подозрительных лиц по его усмотрению для немедленного препровождения в МЧК без права обыска на квартире арестованного».Всем советским учреждениям и партийным органам было предложено оказывать ему всемерное содействие при исполнении им возложенного на него поручения».
11 июля 1919 г. Ф.Э. Дзержинский обратился к лицам, случайно оказавшимся в рядах белогвардейских организаций. Отметив, что враги советской власти стремятся дезорганизовать оборону Республики и ее тыл, о чем свидетельствовали недавние события под Петроградом, на Красной Горке и на Карельском участке Северного фронта, он заявил: «Именно поэтому Всероссийская чрезвычайная комиссия как орган борьбы с контрреволюцией считает своим долгом усилить расправу с виновными в подобного рода преступлениях... Никакой пощады изобличенным в белогвардейских заговорах и организациях не будет. Всероссийская чрезвычайная комиссия объявляет, что, стоя на страже революции, она будет без всякой пощады расправляться со всеми участниками подобных организаций. Но так как из материалов следствия с совершенной очевидностью выяснилось, что главари белогвардейцев втягивают в организации массу лиц, даже не подозревающих о них, причем белогвардейцы не останавливаются ни перед каким обманом, Всероссийская Чрезвычайная комиссия обращается настоящим с последним предостережением ко всем тем, кто втянут по неосмотрительности или излишней доверчивости в белогвардейские организации.
Всероссийская чрезвычайная комиссия предлагает таким лицам в недельный срок явиться к ней и гарантирует явившимся и раскаявшимся полную безнаказанность. По истечении этого срока даже самое поверхностное отношение и связь с участниками белогвардейских организаций повлечет за собой неизменно высшую кару - расстрел, конфискацию имущества и заключение в лагерь взрослых членов семьи».