Я уверен, что никто иной, а именно НКЮст готовит для пошлой «демократии» идеологические силы и растлевает революцию».
При осуществлении контроля за работой чекистов Дзержинский тесно взаимодействовал с Наркоматом Рабоче-Крестьянской инспекции. Сотрудники наркомата вскрывали нарушения законности в деятельности органов безопасности. Каждый факт доводился до сведения их руководства. Роль НК РКИ не ограничивалась укреплением законности, он помогал чекистам в улучшении работы, хотя эти усилия не всегда встречали понимание, о чем свидетельствуют совещания сотрудников НК РКИ. Они говорили, что связь с ЧК «чисто внешняя» (Вологда), «с ЧК отношения не налажены, так как этот орган никак не может встать на путь законности» (Вятка), «были случаи, когда сотрудники РКИ, идя на ревизию, попадали прямо в губподвал (тюрьму), прекращались ревизионные действия».
По партийной линии контроль Дзержинского был более жестким и всесторонним, чем по линии государственный. Не мог член ЦК РКП (б)-ВКП (б) допустить стихийного развития каких-либо отрицательных процессов в ВЧК-ОГПУ. Ему помогали не только все партийные структуры, но и члены партии, занимавшие ответственные посты в высших и местных органах госаппарата. Работа чекистов рассматривалась на заседаниях парткомов от Политбюро ЦК до уездных комитетов. Дзержинский и его заместители часто выступали с различными докладами, отчетами, сообщениями на заседаниях Политбюро, Оргбюро, Секретариата ЦК и пленумах ЦК РКП (б)-ЦК ВКП (б).
С докладами о работе органов ВЧК-ОГПУ на Политбюро выступили Т.Д. Дерибас, В.И. Зоф, В.Р.Менжинский, С.А.Мессинг, Наумов, И.В. Сталин, И.С.Уншлихт, М.Ф. Шкирятов, Г.Г. Ягода и другие. Но чаще всего заслушивали Дзержинского. Вот темы некоторых докладов Дзержинского в ЦК только в 1921 -1926 гг.: о Кронштадтском мятеже (16 марта 1921 г.), об итогах поездки в Сибирь (13 марта 1922 г.), о политическом положении в Сибири (1922 г.), о борьбе с бандитизмом (1924 г.), о подготовке Польши к нападению на Советский Союз (июль 1926 г.) и др.
Контроль за работой чекистов Дзержинский осуществлял и при вхождении в состав различных комиссий, создаваемых органами власти при обследовании работы советских и других учреждений.
Важное значение председателем ВЧК-ОГПУ придавалось взаимоотношениям органов безопасности и парткомов при проведении ими судебной и внесудебной политики. Парторганы оказывали воздействие на ведение судебных и следственных дел в органах ВЧК.
Поэтому Дзержинский вынужден был разъяснять недопустимость этого.
К началу 1920-х гг. широкое распространение получила своеобразная форма контроля на основе личных отношений должностных лиц. Иногда это заканчивалось обменом мнениями, а порой выносилось на обсуждение пленарных заседаний, было предметом разбирательства партийных органов, но, как правило, руководители ВЧК-ОГПУ быстро реагировали на полученные замечания и принимали необходимые меры.
В ЦК компартии постоянно заслушивались отчеты Дзержинского и других руководителей ВЧК-ОГПУ. С 1922 г. они должны были ежемесячно представлять их в ЦК. Как правило, Секретариат ЦК напоминал об этом Коллегии ведомства безопасности.
Дзержинский требовал, чтобы отчеты были краткими, о важнейших успехах и неудачах работы чекистов.
Одной из форм контроля за деятельностью территориальных органов ВЧК-ОГПУ на заседания Оргбюро ЦК были доклады секретарей губкомов. 1 марта 1924 г. Дзержинский высказал пожелание Менжинскому, чтобы к этим заседаниям он имел материал о работе губернских отделов ОГПУ, а именно: о положении отдела и расходуемых на него средствах, его личном составе с оценкой его работы, о положении губернии по материалам ОГПУ, нелегальные партии, настроение рабочих и крестьян, преступления по должности (ЭКУ), уголовщина, местничество. Материалы должен представляться за два дня до заседания, по субботам.
Помимо ЦК Дзержинский участвовал в работе ЦКК. XII съезд РКП (б) определил, что «основной задачей ЦКК является работа по обеспечению во всех отношениях партийной линии в деятельности всех советских органов».
Существует много свидетельств о том, что каждый документ, исходивший из ЦКК и касавшийся работы чекистов, Дзержинский в обязательном порядке рекомендовал к исполнению.
Контроль Дзержинского за работой чекистов прослеживается по его повседневным распоряжениям и при выработке нормативных документов по совершенствованию контроля. В поле зрения руководителя органов безопасности была работа сотрудников центрального и губернского аппаратов, нормативные акты, решения коллегий и др. К нему стекалась вся информация по линии государственного и партийного аппаратов о работе подразделений и служб ВЧК-ОГПУ. По этим материалам он принимал решения и давал поручения своим подчиненным.
24 апреля 1918 г. Дзержинский отдал распоряжение во все отделы комиссии прислать краткий доклад о деятельности отдела, его задачах и о видах на будущее, а также о тех мерах, которые отдел считает необходимым предпринять для успешной работы. Это ему было необходимо для доклада о деятельности ВЧК на Президиуме Моссовета. В последующем просил Воронцова составить доклад о состоянии Административно-организационного управления, «только без лишней беллетристики, иначе читать не буду».
13 мая 1918 г. на заседании ВЧК был заслушан вопрос «Об организации действительной борьбы с замечающимися в последнее время злоупотреблениями некоторых сотрудников комиссии». Для недопущения необоснованных обвинений сотрудников ВЧК, было решено обратиться в ЦК РКП (б) в ЦК левых эсеров и во ВЦИК с предложением направить в ВЧК «надежных партийных и работоспособных товарищей для образования постоянной контрольной комиссии». Выполнение этого постановления было поручено Дзержинскому, Кизельштейну и Заксу.