До середины марта 1918 г. деятельность ВЧК ограничивалась районами Петрограда и Москвы. 18 марта 1918 г. ВЧК рассмотрела «Организационный вопрос» и решила преобразовать организационный отдел в Иногородний и при нем бюро по борьбе с контрреволюционной печатью; была принята резолюция В.В. Фомина с поправкой Дзержинского, в которой было предложено всем местным советам организовать однотипные с одинаковым названием комиссии, которые должны борются с контрреволюцией, спекуляцией, [антисоветской] печатью, злоупотреблением по должности; все аресты, обыски, реквизиции, конфискации и проч. «принадлежат исключительно этим комиссиям, как в Москве, так и на местах»; кроме того, в каждом отделе создать разведку, общую для всей комиссии.
22 марта 1918 г. газета «Известия ВЦИК» опубликовала подписанное Дзержинским постановление ВЧК о создании местных чрезвычайных комиссий.
К августу 1918 г. уже существовало 38 губернских и 75 уездных ЧК.
Весной 1918 г. возникли первые конфликтные дела в работе ВЧК и ее территориальных органов. Так, в апреле 1918 г. ВЧК была обвинена в содержании задержанных без допроса и вела «маловажные и негромкие дела». В Петроград выезжала специальная комиссия для расследования всех обстоятельств дела. 23 апреля 1918 г. на заседании ВЧК был заслушан доклад Дзержинского о результатах деятельности Ликвидационной комиссии. Он рассказал, что обвинения, возводимые на ВЧК касаются не столько ВЧК, сколько Петроградской ЧК во главе с М.С. Урицким. Ликвидационная комиссия выяснила факт освобождения губЧК «преимущественно лиц состоятельных, в то время как бедняки сидели под арестом, и лишь с приездом Ликвидационной комиссии освобождено было около 30 чел. из них». Другое обвинение в адрес ВЧК «объяснялось исключительно различием в тактике и способах борьбы с преступностью». «Единственным более или менее основательным укором ВЧК, - отметил Дзержинский, - может быть признано некоторое несовершенство в техническом смысле построения обвинений и в самом учете обвиняемых, объясняемое недостатком юридических познаний работников комиссии». ВЧК предложила продолжить работу Ликвидационной комиссии и «принять срочные меры к закреплению за ВЧК лиц, сумм и вещественных доказательств, перевезенных из Петрограда в Москву.
28 апреля 1918 г. на экстренном заседании ВЧК под председательством Дзержинского был заслушан отчет о деятельности отдела по борьбе с контрреволюцией. И.Н. Полукаров сообщил, что работа отдела идет по двум направлениям: борьба с внутренними и внешними (союзническими и германскими) империалистами, контрреволюционные силы концентрируются около В. Мирбаха, с мест поступают сведения, что при участии разложившихся военных отрядов, а также отрядов охраны железных дорог происходят пьяные бунты и погромы. Но «для наблюдения и разведки за контрреволюцией, надвигающейся извне, нет соответствующего аппарата. Даже для разведки над внутренней контрреволюцией имеющаяся разведка далеко не совершенна в смысле персонального характера состава. Необходимо произвести коренную ломку всей организации разведки по специальностям. Необходимо улучшение следственного аппарата; необходимо лицо одно, определенное, объединяющее и направляющее деятельность следствия» Предложение Полукарова были реализованы несколько позднее.
Обстановка на фронте требовала от председателя ВЧК принятия срочных решений. 11 мая 1919 г. он поручил М.С. Кедрову обратить особое внимание на состояние армии на Литовско-Белорусском фронте и организовать особые отделы в штабе в Смоленске, в Западной и Литовской дивизиях. - «Там полная расхлябанность и признаки измены».
На основе решения 1-ой Всероссийской конференции губернских ЧК 13 июня 1918 г. Коллегия ВЧК приняла постановление об объединении всех отрядов ЧК в центре и на местах в Особый корпус войск ВЧК.
Корпус должен был состоять из дисциплинированных и хорошо подготовленных в военном отношении людей, комплектоваться из пролетарских элементов по рекомендации профсоюзов, партийных и фабрично-заводских коллективов. Каждый вступавший в корпус принимал торжественное обязательство (присягу). Это решение было одобрено ЦК РКП(б) и ВЦИК РСФСР. Руководство корпусом возлагалось на Ф.Э. Дзержинского и военный штаб, подчиненный. Президиуму ВЧК, который должен осуществлять оперативные, снабженческие, строевые, инструкторские и инспекторские функции. Управление корпусом на всей территории РСФСР осуществлялось штабом через губернские ЧК, ни одна часть корпуса не могла быть использована для решения какой-либо задачи без их решения и ведома командира батальона. В состав корпуса вошли губернские батальоны численностью по 750 человек, которые состояли из 3 рот пехоты, конной и пулеметной команд, взвода артиллерии, команды связи и броневого отделения. На местах командиры батальонов и отрядов войск ВЧК находились в распоряжении председателей губернских ЧК.
По Положению от 15 июля 1918 г. части корпуса пополнялись добровольцами - рабочими и крестьянами в возрасте от 19 до 36 лет по рекомендации партийных и фабрично-заводских комитетов, комитетов бедноты или 2-х членов РКП (б). Они давали подписки с обязательством прослужить не менее 6 месяцев «непоколебимо и твердо защищать Советскую власть, соблюдать революционную и военную дисциплину».
Декретом СНК от 19 августа 1918 г. комплектование, снабжение и обучение всех войск вспомогательного назначения было возложено на Наркомвоен, который получил право боевого использования всех частей, находившихся в районе военных действий, независимо от их ведомственной принадлежности. Корпус ВЧК уже состоял из 33 отдельных батальонов, объединенных в 6 округов. Право ВЧК иметь вооруженную силу было закреплено Положением о Всероссийской и местных ЧК, утвержденным ВЦИК 28 октября 1918 г. При этом войска ВЧК ставились под контроль РВСР и являлись, как и другие войска вспомогательного назначения, резервом Красной Армии. Решением Коллегии ВЧК численность войск была установлена в 30 тыс. человек, из которых 1/3 должна была находиться на фронте. Первый боевой опыт чекисты получили в Москве в апреле 1918 г. во время операции по разоружению анархистов. К концу 1918 г. в корпусе было уже 21 466 человек. При осложнении обстановки на фронтах они вместе с частями Красной Армии участвовали в боях против белогвардейцев и интервентов. До 1919 г. свыше 40 тыс. бойцов было направлено на фронт. Войска ВЧК сражались в боях в составе 3-й и 14-й армий, в обороне Уральска и др., а также использовались для подавления антисоветских выступлений и бандитизма, ликвидации контрреволюционных организаций, охраны правительственных учреждений и др. в целях повышения эффективности взаимодействия ВЧК и губЧК.