Следовательно, под руководством Дзержинского в органах и войсках ВЧК-ОГПУ была проведена унификация структуры. Реформирование и дальнейшее совершенствование органов безопасности, как составной части государственного аппарата, одной из важнейших силовых структур, было проведено с учетом менявшейся исторической обстановки, международного и внутреннего положения страны и для решения задач, поставленных перед ними высшими органами власти и управления, политического руководства страны.
Совершенствование методов работы органов ВЧК-ОГПУ. Наряду с совершенствованием аппарата органов и войск безопасности Дзержинский много внимания уделял специальным формам и методам борьбы с учетом конкретной исторической обстановки и политической линии руководства страны. В ответном слове на приветствие делегатов 1У Всероссийской конференции ЧК 6 февраля 1920 г. по случаю награждения его орденом Красного Знамени Дзержинский говорил: «в тот период, когда нужно было прибегать к оружию, красному террору, эта энергия не должна ослабевать и теперь, когда этого оружия нет. Эта энергия должна превратиться в работу мысли, ума, изворотливости, чтобы иными методами и средствами, не нарушая других государственных органов, что мы делали раньше, когда это было необходимо, по возможности не мешая другим, извлекать врагов. Раньше, когда нам некогда было разбираться в деталях, мы били в определенную точку и, таким образом, не раз расстраивали те органы, которые были призваны для воссоздание экономической жизни».
Дзержинский говорил и о том, что чекисты в годы Гражданской войны в разных регионах применяли различные методы и тактику. 23 апреля 1918 г. на заседании ВЧК он отметил разницу в тактике борьбы с контрреволюцией в Москве и Петрограде: «в то время, как комиссия Урицкого едва ли не намеренно допускала совершаться преступлениям, после чего уже проявляла активность своих действий, ВЧК ставила всегда, как ставит и теперь, своей целью предупреждение преступления, что, разумеется, в смысле внешнего эффекта производит меньше впечатления, по существу же дает несравненно большие результаты».
Председатель Президиума ВЦИК РСФСР М.И. Калинин, выступая на IY Всероссийском съезде деятелей советской юстиции, утверждал, что в первые месяцы после революции решающим фактором права была вооруженная сила. А Дзержинский уже 3 февраля 1920 г. на открытии 4-й конференции губернских ЧК заявил: «Оружие террора нам не нужно, мы должны вместо этого оружия террора, вместо арестов и обысков, которые не давали возможности скопляться нашим врагам, чтобы ударить нам в тыл, теперь, когда эта опасность миновала, теперь, когда эта опасность в ближайшем будущем не предвидится, мы должны перестроить Секретнооперативный отдел; нам необходимо изыскать такие методы, при помощи которых нам не нужно было бы производить массовых обысков, не пользоваться террором, однако все время вести наблюдение и пресекать корни козней и злонамерений врагов».
С переходом к новой экономической политике Дзержинский нацелил чекистов на решение служебных задач новыми методами: «...Вопрос вооруженной борьбы, окончившейся в нашу пользу, сменился сейчас периодом борьбы на экономическом фронте, на поле достижений по производительности труда, по одолению сил природы».' В подписанном им 8 января 1921 г. приказе о подчеркивалось, что с окончанием острого периода Гражданской войны «старыми методами, массовыми арестами и репрессиями, вполне понятными в боевой обстановке, при изменившемся положении Чека будет только лить воду на контрреволюционную мельницу, увеличивая массу недовольных». Выступая на торжественном собрании 17 декабря 1922 г., посвященном 5-ой годовщине ГПУ, он говорил: «Методы изменились. Сейчас вы обязаны идти по тому пути, который Советская власть и партия начертали- по пути революционной законности, придерживаясь декретов, строго следя за их выполнением, согласуя свои действия с прокурорским надзором».
Но при различных подходах Дзержинский настаивал на централизации ведомства безопасности. 27 июня 1920 г. он писал Менжинскому: «Тов. Лацис приходил к шпионажу, исходя из гражданской контрреволюции. Вы приходили к «Национальному центру», исходя из шпионажа. И у Лациса тенденция: Особый отдел сделать частью Секретно-оперативного отдела, а у Вас есть тенденция стать самостоятельным органом по борьбе с контрреволюцией, организованной вообще. Эти тенденции надо перебороть. Организационно надо их изжить, сделав ответственных лиц в отделах ответственными за всю ВЧК, т. е. надо будет просить ЦК ввести в Коллегию ВЧК Вас, Зимина, ...надо поднять ТО ВЧК на должную высоту. Не жалеть ему людей ответственных и материальных средств. Может быть, этот отдел сейчас даже важнее, чем Особый отдел...». При применении методов борьбы Дзержинский указывал и на необходимость учета специфики региона. Он сослался на письмо группы партийных и советских работников Казахстана от 14 октября 1920 г. в ЦК РКП (б). В нем, как в фокусе, были сконцентрированы имевшие место ненормальности в деятельности чекистских органов национальных окраин: «Приезжающие сюда товарищи сплошь и рядом принимаются за работу с готовыми мерками и приемами, в большинстве совершено ложно осведомленные о положении, и поэтому их большое рвение всегда принимает опасные и нежелательные формы возбуждения скрытого недовольства масс властью». Далее отмечалось, что эти чекисты не всегда учитывают своеобразие развития революции в Казахстане: «Те методы, которыми мы боремся с буржуазией, как организованным классовым врагом, здесь применены целиком быть не могут». Их копирование приводило к тому, что «отдаляло местное население от органов ЧК, вело к неправильным отношениям с местной властью». В конце письма была высказана просьба, чтобы ЦК РКП(б) прислал вдумчивого и опытного работника, который бы сумел правильно понять свои задачи и «сделал бы губчека органом, действительно являющимся маяком революции».