Несколько ранее, 24 марта 1921 г. Ф.Э. Дзержинский писал С.И. Филлеру о необходимости выполнения постановления ЦК
РКП (б) о регистрации всех коммунистов, совершивших преступление или подвергавшихся аресту. - «Займитесь этим по линии ВЧК (всех ее органов). Необходимо у нас не только централизовать эти сведения, но и изучать и делать выводы и вносить в ЦК предложения. Подумайте об этом, выработаете проект для внесения в ЦК на утверждение. Кронш[тадтские] события показали, какая измена гнездится у нас же в партии. Это дело серьезное, и надо над этим подумать и принять меры».
Помимо общей постановки регистрации Дзержинский отдавал распоряжения о постановки на учет других лиц. 29 сентября 1921 г. Дзержинский предложил всем губчека, ТЧК, губернским отделам труда в связи с сокращением рабочих и служащих, взять на учет всех сокращаемых, потому что «этот озлобленный элемент ведет агитацию среди работников транспорта, а иногда прибегает прямо к методам «разрушения транспорта». 27 мая 1922 г. Дзержинский поручил Трилиссеру вести регистрацию эмигрировавшей промышленной-финансовой-торговой буржуазии. - «Материалы эти имеют крайне важное значение для руководителей всей нашей хозяйственной] жизни. Необходимо снестись с Куйбышевым (РКИ) для выработки порядка ознакомления с ними руководителей ведомств и Правительства. Использование этих материалов исключительно только ГПУ недостаточно. О принятом Вами доложите. О записке этой доложите Менжинскому и Уншлихту».
Об объеме регистрации местных органов ГПУ можно судить по типичному для того времени распоряжению начальника Саратовского губернского отдела ГПУ Панкова от 10 ноября 1922 г., согласно которому в семидневный срок должны были явиться в отдел ГПУ для регистрации все владельцы кооперативных и частных и руководители государственных типографий, литографий, книжно-печатных, фотопечатных издательств, книжные киоскеры, директора театров, клубов, музеев, цирков, выставок, кинолабораторий.
Одним из эффективных методов работы органов безопасности Ф.Э. Дзержинский считал политическую фильтрацию которая велась в целях выявление шпионов, организаторов бандитских и контрреволюционных выступлений, членов монархических организаций и революционно-демократических партий. Политфильтрация осуществлялась путем опроса, наблюдения и осмотра багажа; при ее ведении учитывались сведения, полученные от советских заграничных организаций и агентуры.
16 декабря 1921 г. приказом ВЧК № 425 фильтрационные комиссии по бывшим белым офицерам и военным чиновникам были упразднены. Дела на них переданы в особые отделы, а там, где их не было - в особые отделы губЧК. . Офицеры и военные чиновники, в отношении которых следствие установило их незначительную роль в белых армиях, как не принимавшие активного участия в борьбе с советской властью, и насильно мобилизованные, не занимавшие ответственных должностей, не являвшиеся руководителями отдельных частей и отрядов, «пребывание коих на свободе не может принести вреда и ущерба Рабоче-Крестьянскому правительству, подлежат освобождению», но не снимаются с оперативного учета, а явно себя скомпрометированные перед Советской властью, подлежат заключению сроком не свыше двух лет».
Особому контролю подлежали лица, подозреваемые в причаст-. ности к иностранному шпионажу, служащие секретных частей советских учреждений, практически все лица, которые могли быть источником информации для шпионов.
Большой объем задач решал политический контроль. Отдел политконтроля (ПК) при СОУ ГПУ был учрежден в целях сохранения военной, политической и экономической тайн республики, принятия предупредительных мер по пресечению преступной деятельности служащих государственных, кооперативных, а также частных учреждений, которые по своим планам издавали и распространяли произведения «печатного и устного слова».
Работа ПК усугублялся недостатками, которые в основном сводились к трудностям в подборе кадров, частой смене руководителей, нарушениями правил конспирации и слабым техническим оснащением подразделений. Тем не менее органы политконтроля стали основным орудием политического и идеологического контроля компартии за населением. В «Инструкции по работе секретной части органов политконтроля ОГПУ» (1924 г.), в п.1, говорилось, что «право контроля органов ПК ОГПУ распространяется на всю печатную, телеграфную и радиотелеграфную корреспонденцию, как внутреннюю, так и международную, за исключением официальной корреспонденции ЦИК, СНК, наркоматов, Коминтерна, ЦК РКП, местных организаций РКП, органов ГПУ и официальной переписки дипломатического характера советских и иностранных представительств».
С начала 1920-х гг. Ф.Э.Дзержинский стал все больше уделять внимания профилактике преступлений, но эта работа еще не носила системного характера. Он подчеркивал, что нельзя увлекаться судами. Многие совершившие проступки, могут быть полезны власти, и нередко возникшие дела вовсе не требовали предания суду: «...дело в том, что суд-палка о двух концах... В результате суда хозяйство еще более расстроится... Многих следует и можно исправить, не доводя дело до суда. Таким образом, многих полезных людей можно сохранить и приобрести для советской власти». А если дело дошло до суда, то «не втихомолку надо вести дело... для того, чтобы убить систему, безответственность и беспечность руководителей».
Таким образом, структура ВЧК-ОГПУ представляла собой уникальное явлением в истории спецслужб. Она объединила в себе часть внешней разведки, контрразведку, военную контрразведку, обеспечение безопасности транспорта и связи, защиту экономики, политический розыск, охрану высшего руководства, пограничные и специальные войска, службу дешифровки и радиоперехвата и др. Ее сильной чертой была жесткая централизация и комплексный характер, позволявший в условиях нехватки ассигнований осуществлять маневр силами и средствами и эффективно решать служебные задачи. Наличие помимо штатной структуры общественно-политической в лице партийных организаций и парткомов правящей партии и различных временных комиссионных образований объединяло аппарат ведомства безопасности в единую монолитную организацию, спаянную жесткой дисциплиной.