Особенность НОТ заключалась в том, что она развивалась в рамках широкого общественно-политического движения за научную организацию труда, охватившего всю страну, «по действительному улучшению методов и системы нашего управления...»'.
Правильная организация труда рассматривалась как первооснова повышения его эффективности, как «общий результат, который получается от общих усилий. В случае неправильной организации даже и при величайшей интенсивности труда хороших результатов не получится». Правильная организация труда должна была предусмотреть «все детали, все условия», сочетая их так. «чтобы дать максимальный результат». Правильная организация труда ничего общего на имеет с организационным фетишизмом: «Нам кажется, что, для того чтобы организовать какое-нибудь дело...достаточно взять бумагу, сесть в свой кабинет, написать: «Принят энергичные меры», «Изыскать средства» и все прочее, и т.д. и т. д... Центр тяжести должен заключаться в ответственности работающих, в противопоставлении организационному фетишизму живых людей, ответственных людей».
Особое значение Ф. Э. Дзержинский придавал систематической проверке исполнения, рассматривая ее как важнейшую составную часть организационно работы. При проведении контроля и проверке исполнения он, прежде всего, преследовал цель оказания помощи кадрам в улучшении работы, в овладении искусством руководства. Контроль и организация исполнения рассматриваются им как единый и неразрывный процесс, живая практическая деятельность, цель которой облегчить успешное выполнение стоящих задач, воспитать у чекистов высокую требовательность к себе и другим, укрепить трудовую дисциплину. Проверка исполнения, по мнению Дзержинского, только тогда имела смысл, когда вела к исправлению недостатков, к ликвидации упущений, повышала ответственность сотрудников и одновременно учила их. Важное значение в этом придавалось совершенствованию делопроизводства. 4 июля 1921 г. Дзержинский писал Ягоде: «Надо и у нас изгонять лишний пробег бумаг и сокращать штаты. Упростить надо делопроизводство. Контроль можно установить не механический, а повышая уровень сотрудников на самых низших должностях. Подумайте снова об устранении нашего проклятия: «исходящие», «входящие». Интересно высчитать, сколько километров и рук проходят бумаги у нас в ВЧК- внутри. У нас, в отличие от других учреждений, бег быстрый, по пробег остается — растрата сил и средств».
Своим секретарям он поручал держать его в курсе текущей работы. 7 февраля 1921 г., в связи с командировкой на Украину, В.Л. Герсону было поручено следить для доклада ему после возвращения из Донбасса за работой комиссий: Либина (по отра-бочению тюрем), комиссии Курского, Крыленко, Рыкова (по применению высшей меры наказания и реорганизации трибуналов), комиссии при ВЦИК по заботе о детях, о подготовительной работе через тт. Корнева и Курского, комиссии по бандитизму (Данилов, Склянский, Артем и Главком при участии Корнева, Ягоды и др.), а также за работой ЭКУ(Крыленко, Ихновский), шифровального отдела (Бокий) и штатной комиссий.
Для предметного контроля Дзержинский считал необходимым создать аппарат «наблюдения, производится ли преподанная мной линия и указания на местах», иначе он будет «сам в плену у аппарата и не смогу взять руководство в свои руки. Этим аппаратом моим ГПУ не может быть, так как оно не в состоянии осуществить задачи в этой плоскости и так как это встретило бы бешеное сопротивление. Поэтому не было ли бы целесообразным создать при мне штат инспекторов из коммунистов и спецов, стоящих вполне на моей позиции и не боящихся остракизма со стороны рутинеров и скрытых врагов. Такие инспектора могли бы следить за тем, чтобы намеченные меры были доведены до конца. Как Вы на это смотрите? Набрать 5-10 человек для этой работы не было бы трудно. Одновременно это был бы резерв для работников, которые почему-либо временно оказались без работы или которые здесь могли бы подготовляться к работе...»“.
19 февраля 1925 г.Ф.Э. Дзержинский предложил создать должность секретаря ОГПУ по делам НКИД. «Для наблюдения за правильным, быстрым и согласованным прохождением в отделах и органах ОГПУ дел по запросам и претензиям НКИДел, - писал он,- при заместителе и пред. ОГПУ т. Менжинском учреждается должность секретаря ОГПУ по делам НКИДел. Секретарем этим назначается т. В. Герсон по совместительству. Об этом уведомляется НКИДел. Сношения НКИДел с ОГПУ ведутся как и до сих пор через ИНО ОГПУ. В случае желания со стороны НКИДел, чтобы по какому-либо его обращению в ОГПУ было установлено наблюдение за прохождением этого обращения, оно адресуется ИНООГПУ т. Трилиссеру через т. ГерсонаМ Все претензии и обращения, имевшие место до сегодняшнего дня и не ликвидированные еще, разрешаются непосредственно соглашением ИНО с НКИДел, а если соглашение не будет достигнуто, путем обращения к т. Менжинскому или ко мне».
Дзержинский нетерпимо относился к проявлениям бюрократизма и волокиты, пресекая формальное и бездушное отношение к людям, к делу, ставил задачу: «Искоренить бюрократизм и взяточничество - эти пережитки капитализма и царских порядков...». Проявления бюрократизма объяснялось тем, что, во-первых, к управлению были привлечены старые специалисты, часть из которых внесла в советские учреждения дух косности, равнодушия и бюрократизма былых времен. Дзержинский писал, что «советское государства вынуждено все свои аппараты для организации административного управления... формировать в 99,9% из среды квалифицированных и неквалифицированных интеллигентов, б(ывших) собственников, дельцов, банкиров, коммерсантов и их б (ывших) приказчиков. Элементы эти во всей своей массе не только чужды интересам Советского государства ...но активна враждебны этой системе на всей своей собственнической психологии и устремлениям». Во-вторых, значительное числа новых кадров, сформированных из рабочих и крестьян, не могла еще активна и четко выполнять сложные управленческие функции из-за недостаточной общеобразовательной и профессиональной подготовки. Некоторые лица умышленно насаждали бюрократические порядки, используя служебное положение в карьеристских целях.