10. Личный состав всех служащих в военном, политическом отделах, в Советах, в партийных организациях.
Работоспособность лиц и учреждений.
Работа политического отдела (количество партийных ячеек в частях, настроение солдат, населения).
Организационные, тактические и стратегические перспективы-(связь со второй армией, перегруппировка сил, ближайшая база обороны, очертание фронта).
13. Организация контроля, его состав, качество.
14. Планы противника по данным разведки, ближайшие и отдаленные.
15. Количество, качество, состав сил противника, действующих и резервных.
16. Количество, качество и. состав наших сил, действующих и резервных.
17. Поведение Советов, момент их эвакуации, их работа в тылу, на фронте.
18. Партийные организации в момент их эвакуации, их работа в тылу и на фронте.
19. Взаимоотношения внутри и между собой военных, партийных и советских учреждений (доверие к командному составу).
20. Связь частей между собой и с центром».
Эти заметки весьма примечательны тем, что дают некоторое представление о том, насколько Дзержинский овладел военным делом на начальном этапе Гражданской войны.
На основе изучения многочисленных документов в начале января 1919 г. им было отдано распоряжение о задержании лиц, причастных к Пермской катастрофе: члена Пермского отдела губернского снабжения Лихачева Сергея за пьянство во время эвакуации, причем большая часть готового к вывозу имущества губернского снабжения осталась не вывезенной по его вине; членов Пермской центральной комиссии Кальнина Германа Михайловича- «за преступную халатность» и Кантора Юрия Моисеевича - «за небрежность и бездеятельность», Поливанова Льва Львовича - ответственного за эвакуацию «подлежащих ведению Центркомиссии грузов»; начальника военного снабжения 3-й армии и начальника эвакуации Перми Стогова с 12 декабря
1918 г. - «за преступную бездеятельность и нераспорядительность, в результате чего наиболее ценные, готовые к вывозу грузы, остались у противника; сотрудника управления снабжения 3-й армии Ишмаева Никиту Ефимовича «за преступную бездеятельность в деле снабжения 3-й армии».
11 января 1919 г. И.В. Сталин и Ф.Э. Дзержинский из Глазова направили В.И. Ленину срочную телеграмму: «Пробудем командировке еще пять дней. Результаты расследования сообщить по телеграфу не представляется целесообразным. Можем лишь сказать, что без серьезных перемен не обойдется». Они еще раз настаивали на снабжении 3-й армии всем необходимым и кадровым переменам, а также выразили протест «против пагубной политики предреввоенсовета Республики по этому вопросу».
Помимо расследования причин Пермской катастрофы Дзержинский и Сталин высказали свои соображения по поводу обеспечения продовольствием личного состава 3-й армии. 16 января
1919 г. они направили из Глазова телеграмму Ленину и наркому продовольствия Брюханову о том, что, по проверенным данным, на складах Вятского губернского продовольственного комитета имеется 30 тыс. пудов мороженого мяса.-«Имея ввиду тяжелое положение армии, питающейся одном лишь хлебом при 35 градусном морозе, просим распоряжения Вятскому губпродкому срочно предоставить управлению снабжения 3 армии десять тысяч пудов».
23 января 1919 г. они снова послали телеграмму из Вятки на имя Ленина и Брюханова, в которой отметили, что 3-й армии были даны наряды получить по январскому плану из Уфимской губернии 20 тыс.пудов муки, 22 тыс. пудов крупы, из Саратовской губернии 11,5 тыс. пудов жиров, из Перми 35 тыс.пудов мяса. Но ввиду потери Перми и загромождения Северной железной дороги из-за эвакуации Дзержинский и Сталин настоятельно просили «удовлетворить ходатайство комиссара снабжения 3 армии перевести срочно наряды на Вятскую губернию».
Вернувшись в Москву, Сталин и Дзержинский отчитались о свой работе по расследованию причин поражения 3-й Красной армии под Пермью. Дзержинский также выступил с докладом на совместном заседании ВЧК и МЧК об обстоятельствах сдачи Перьми
В феврале 1919 г. был создан Западный фронт. На юге активизировалось махновское движение, которое не было локальным движением, а распространилось на значительной территории от Днестра до Дона. «Армия» Махно сражалась то с красными, то с белыми. Во время успехов она разрасталась, на ней появлялись полки, дивизии, корпуса, но при неудачах распылялась, а сам Махно с отдельными отрядами уходил от преследования. В феврале 1919 г. части Махно вошли в состав 2-й советской Украинской армии и в марте- мае вели бои с белогвардейцами. Но 19 мая 1919 г. были разбиты деникинцами и бежали с фронта в район Гуляй-Поля. В Прибалтике и Белоруссии буржуазно-националистические войска перешли в наступление. Поляки в апреле захватили города Лида, Барановичи и Вильнюс. В Латвии немецко-русско- лавийская армия фон дер Гольца в марте овладела Елгавой, а в мае- Ригой,, перешел в наступление на Петроград сформированный на территории Эстонии белогвардейский Северный корпус. Белогвардейцам удалось захватить Гдов, Ямбург и Псков. 29 мая 1919 г. части Махно выступили против советской власти. 8 июня Махно и его приближенные были объявлены вне закона.
В Красной Армии участились измены военных специалистов, порой они носили массовый характер. Только в 3-й армии из 500-600 офицеров за январь-февраль 1919 г. ЧК и ревтрибуналы зафиксировали до 100 измен, из них около 50 случаев перехода на сторону противника.
Обстановка требовала усиления работы сотрудников особых отделов. Еще в феврале 1919 г. Особый отдел был подчинен ВЧК, и с этого времени особые отделы армий, и фронтов и дивизии стали основными «рабочими» органами ВЧК в армии. В их деятельности преобладали не агентурные методы, а непосредственная расправа, что не всегда позволяло выявлять разведывательные сети противника, но вызывало многочисленные, зачастую необоснованные репрессии.