19 мая 1919 г. на заседании Совета Обороны был обсужден доклад Дзержинского «О пропуске беженцев через Западный фронт и их политическом настроении». Было решено: принять к сведению данные, сообщенные Дзержинским, и предложить ему представить дополнительный доклад по этому вопросу в Совет Обороны.
21 мая 1919 г. СТО направил Дзержинскому письмо с разъяснением постановления СТО об аннулировании отсрочек от призыва чекистов в армию. В нем говорилось, что постановление СНК от 14-го ноября 1918 г. не освобождало незаменимых штатных сотрудников ЧК от военной службы. Военному ведомству и ВЧК было поручено представить точные сведения о том, какое ими достигнуто соглашение о порядке проведения в жизнь постановления СНК. ВЧК также было поручено представить сведения о том, доставлены ли были штаты ВЧК в Военное ведомство. Доклад должен быть представлен Склянским и Дзержинским.
28 мая 1919 г. СТО поручил Дзержинскому и Склянскому разработать вопрос о привлечении политотдела и РВС Республики к осуществлении контроля за сопровождением эшелонов и маршевых рот; о строгой ответственности «семей мобилизованных и их околотка за дезертирство и о круговой поруке эшелонов и маршевых рот за дезертирство».
18 июня 1919 г. В. И. Ленин писал Ф.Э. Дзержинскому: «Обратили ли Вы внимание на поголовную мобилизацию для работ по укреплению позиций в губерниях Воронежской, Тамбовской, Саратовской?
Дали депеши по Чека?
Массовые обыски по Москве подготовляются?
Надо непременно, после Питера, ввести их повсюду и неоднократно.
Что вышло на деле с магнитом для поисков оружия?»
Ф. Э. Дзержинский ответил:
«1) Телеграммы разосланы всюду — сегодня и вчера.
2) Работает сейчас массовая разведка—операции подготовляются. Ожидать большого результата в Москве в смысле нахождения оружия нельзя, так как буржуи и белогвардейцы вытаскивают из потайников только накануне прихода белых. Мобилизованы для этой работы районы. Работают усердно.
3) Магнито - слабое средство для поисков. Испытывали. Собираемся использовать его для того, чтобы добровольно сдавали оружие под опасением, что магнит все найдет».
На следующий день Совет Рабоче-Крестьянской Обороны решил поручить РВСР и НКВД «распространить на район Западного фронта постановления Совета Обороны от 28/1У-19 о снабжении рабочей силой работ по укреплению позиций на Донском фронте, о чем тт. Дзержинский и Склянский обязуются немедленно дать соответствующее распоряжение и наблюсти за точным его исполнением».
В связи с поступившим отношением от Центральной Комиссии по борьбе с дезертирством об отданном ею распоряжении в июне 1919 г., Дзержинский предложил чекистам «проверить отношение к отбыванию воинской повинности личные составы советских учреждений, оказывать всякое содействие местным органам по борьбе с дезертирством в выполнении ими выше упомянутых обязанностей».
23 июня 1919 г. Дзержинский направил всем губЧК разъяснение постановления ВЦИК от 22 июня с. г. о борьбе с противниками советской власти, указав, что декрет возложил на органы ВЧК задачу очистить Советскую республику от всех врагов рабочекрестьянской России. В то время, писал он, как Красная Армия защищает наш внешний фронт, внутри страны белогвардейцы, пользуются нашими неудачами, подымают головы и стараются связаться с Колчаками, Деникиными, финскими, польскими и другими белогвардейцами; в тылу армии происходят взрывы мостов, складов, кража и сокрытие необходимого армии оружия и др.; к тому же, уголовные элементы используются белогвардейцами в своих целях: во многих местах замечается усиление бандитизма, ограбления, хищения грузов и пр. и пр. Поэтому Дзержинский поставил следующие задачи органам ВЧК: «проявить максимум энергии, максимум усилий к тому, чтобы обеспечить тыл нашей армии. Все чрезвычайные комиссии должны превратиться в боевые лагеря, готовые в любое время разрушить планы белогвардейских заговорщиков. Все явные и скрытые враги Советской России должны быть на учете ЧК и при малейшей попытке повредить революции должны быть наказаны суровой рукой. Чрезвычайным комиссиям с изданием сего декрета предоставлены широкие полномочия, с них и много потребуют. Ответственность за спокойствие и революционный порядок тыла возложена на ЧК. Все на боевые посты по охране революции - вот лозунг сегодняшнего дня ЧК. Вместе с этим ВЧК считает нужным указать, что суровое наказание ждет всех тех, кто вздумает злоупотреблять предоставленными ЧК правами. За применение прилагаемого декрета к каким-либо лицам в корыстных целях виновные будут расстреливаться. Ответственность за правильность проведения прилагаемого декрета возлагается на местные коллегии ЧК в целом и на председателей в частности».
В конце июня 1919 г. М.Д.Бонч-Бруевич просил Дзержинского, чтобы тот передал В.И. Ленину о трудном положении на Южном фронте. 24 июня 1919 г. Дзержинский писал Ленину о том, что «необходимо принять меры по обеспечению тыла южных армий. Дезертиры там сорганизовались и, очевидно, действуют в связи с Деникиным. Каждый день промедления может иметь роковое значение.
Относительно чистки и сокращения Полевого штаба мы уже сговорились. С 1200 человек доведет до 300. В связи с сокращением стоит вопрос о передислокации штаба из Серпухова в Москву» Тут же он высказал свое мнение о М.Д. Бонч-Бруевиче -«произвел не меня хорошее впечатление человека делового, без камня за пазухой».
М.Д. Бонч-Бруевич был одним из специалистов, кто поддерживал советскую власть, однако многие из них оставались непримиримыми противниками большевиков. К 8 июля 1919 г. было закончено расследование очередного заговора военных специалистов. Дзержинский лично допросил арестованных Б.И. Кузнецова, Е.И. Исаева и Ю.И. Григорьева, что позволило более обстоятельно выявить планы заговорщиков. В частности, он установил подготовку выступления в Туле с захватом оружейных заводов; желание заговорщиков «использовать Вацетиса для переворота, но некоторые из них возражали, «ссылаясь на его непостоянство и болтливость в пьяном виде», были предприняты попытки связаться с Деникиным, интервентами и с зарубежными организациями. Эти задачи решали Исаев, Меньшов, Н.Н. Доможиров, Кузнецов и Григорьев. Заговорщики планировали захват Тулы, Серпухова и поход на Москву, они шантажировали Вацетиса. В то время, как противник походил к Курску, подготовили к передаче информации Деникину о начале переброски войск с Восточного фронта на Южный.