12 сентября 1919 г. Ленин поручил Дзержинскому провести расследованием по поводу недооценки РВСР и командующим Южного фронта данных разведки об охране военного имущества. Те заявили, что «это пустяки, и если казаки даже и прорвутся, то они очутятся и мешке». «Все это, - сообщил в докладе заместителю наркома государственного контроля А.К. Пайкесу К.Ф. Мартинович. -привело к тому, что около \ 0 вагонов имущества вещевого склада осталось в Козлове и разграблено казаками и населением.
Ввиду этого считаю необходимым настаивать на детальном и подробном расследовании хода эвакуации учреждений штаба Южного фронта и в особенности вещевого интендантского склада, поручив производство расследования комиссии в составе представителя Ревтрибунала Республики. Совета Обороны и Наркомгоскона».
В.И. Ленин сделал подчеркивания в докладе и поручил Л.Д. Троцкому и Ф.Э.Дзержинскому «назначить расследование через ВЧК».
21 сентября 1919 г. на заседании ЦК РКП (б) Дзержинский выступил с докладом о ликвидации контрреволюционной организации «Национальный центр» и его военной группы «Добровольческой армии Московского района». Организация была тесно связана с командованием белых армий, имела разветвленную сеть агентов в советском государственном аппарате. «Добровольческая армия Московского района» готовила на конец сентября 1919 г. военное выступление. Заговорщики ставили своей целью захватить Москву и ликвидировать советскую власть. Доклад был принят к сведению.
Через два дня ВЧК обратилась «Ко всем гражданам Советской России», которое заканчивалось призывом: «Товарищи! Будьте начеку! Стойте на страже Республики днем и ночью. Враг еще не истреблен целиком. Не спускайте с него своих глаз!
Всероссийская Чрезвычайная комиссия обращается к остальным гражданам:
Граждане! Знайте, что пролетариат стоит на своем посту. Знайте, что всякий, кто посягнет на Республику пролетариата, будет истреблен без всякой пощады. На войне, как на войне. За шпионаж, пособничество к шпионажу, участие в заговорщической организации будет только одна мера наказания: расстрел.
Отражая бешеный натиск врагов, Всероссийская Чрезвычайная комиссия приговорила к расстрелу следующих шпионов и изменников в документе дан список из 67 человек. -Авт.), приговор над коими в исполнение приведен».
24 ноября 1919 г. Московская общегородская конференция РКП (б) заслушала доклады секретаря МК РКП (б) В. М. Загорского о деятельности Комитета обороны Москвы и председателя ВЧК Ф.
Э. Дзержинского о разгроме контрреволюционной организации «Национальный центр». Конференция единогласно приняла резолюцию, в которой одобрялись меры, принятые Комитетом обороны и ВЧК по ликвидации белогвардейских заговоров, о чем сообщили «Известия ВЦИК» 27 сентября 1919 г.
В конце октября 1919 г. Я.С. Ганецкий просил В.И.Ленина принять усиленные меры борьбы со спекуляцией и белогвардейским шпионажем, тесно связанных друг с другом. Он предложил установить тесный контакт партийных организаций с ЧК, обязав всех членов партии, занимающих руководящие посты, сообщать в ЧК все сведения, поступающие к ним как частным, так и официальным путем и представляющие интерес для борьбы с контрреволюцией и шпионажем, а при ВЧК создать Особый ревтрибунал для борьбы со спекуляцией и для разбора дел по контрреволюции и шпионажу. 30 октября — 1 ноября 1919 г. В.И. Ленин предложил Ганецкому переговорить по этому вопросу с Дзержинским, а затем сообщить ему о результатах разговора.
Для того, «чтобы прекратить всякие заговоры и для того чтобы разбить эту сплоченную офицерскую массу, - писал Дзержинский,- нам пришлось действительно быть беспощадными. Нами была предпринята, с одной стороны, регистрация офицерства, а с другой стороны, уничтожение всех тех, которые были уличены в принадлежности и участии в белогвардейской организации».
В повседневной работе в борьбе со спецслужбами противника и эмигрантскими центрами Дзержинский рекомендовал своим сотрудникам сосредоточить основные усилия на странах Антанты и Германии . Основными направлениями этой борьбы являлись: наблюдение за иностранцами, установление контроля за перемещением населения, закрытие каналов получения информации, ужесточение режима секретности и контроля на границе.
Органы ВЧК-ОГПУ уделяли много внимания ведению наблюдения за иностранцами. Отношение чекистов к иностранцам было однозначным: как к людям, крайне сомнительным, потенциальным противникам и шпионам. И совершенно прав М. Восленский, отметивший, что поездка в Россию «для иностранных дипломатов, журналистов, туристов - это означает постоянную полицейскую слежку, подслушивание, перерывание вещей в отеле...».
В годы Гражданской войны иностранцы были интернированы в лагеря. После нее не только иностранные подданные, но и лица, имевшие связь с заграницей, а также приезжавшие из-за границы, обладавшие какими-либо сведениями о работе штабов, особенно их секретных частей, сотрудники учреждений, «могущих быть источником сведений для шпионских организаций», были взяты под особое наблюдение губЧК.
Основной надзор за иностранцами был возложен на губернские чекистские органы. Все граждане других государств были разделены на пять основных групп: 1) политические эмигранты, 2)рабочие предприятий СССР, 3) лица, не относящиеся к первым двум группам, но занимающиеся общественно полезным трудом, 4) лица, не имевшие определенных занятий, 5) лица, поддерживающие связь со спецслужбами иностранных государств и руководителями антисоветских организаций. Особый интерес для чекистов представляла пятая группа, и поэтому не раз давались указания по усилению лицами этой группы «агентурно-осведомительной работы».