В 1918-1920 гг. под особым контролем находилась вопросы пересечения границы. Только в мае 1919 г. это вопрос обсуждался в Совете Рабоче-Крестьянской Обороны, СНК и ВЧК.
13 мая 1919 г. Совет Обороны заслушав вопрос «О пропуске высылаемых из Финляндии и Мурмана», постановил «поручить ВЧК принять меры по установлению особо строгого контроля при въезде в Россию беженцев из Финляндии и Мурманского края с тем, чтобы подозреваемых в сочувствии белогвардейцам не пускать ни в коем случае, а остальных пропускать с особой осторожностью и направлять их на работы по соглашению с ВСНХ и Нар комземом». Данное постановление было передано Дзержинскому. Был также обсужден вопрос «Об отправке беженцев в Галицию и Польшу и др. места». Было решено поручить ВЧК создать комиссию для расследования вопроса о пропуске беженцев через Западный фронт «с принятием особых мер к задержанию мужчин призывного возраста и подозрительных лиц», а также выяснить политическое настроение беженцев. С докладом по этому вопросу через неделю было предложено выступить Дзержинскому.
26 мая 1919 г. Совет Рабоче-Крестьянской Обороны принял к сведению доклад Дзержинского о пропуске беженцев через Западный фронт и их политическом настроение и назначил в Совете Обороны его доклад через две недели о дальнейшем ходе работ комиссии по проверке беженцев, направляющихся через Западный фронт»
31 мая 1919 г. В.И. Ленин и Ф.Э. Дзержинский обратились к населению с воззванием «Берегитесь шпионов!». В нем говорилось, что «наступление белогвардейцев на Петроград с очевидностью доказало, что во всей прифронтовой полосе, в каждом крупном городе у белых есть широкая организация шпионажа, предательства, взрыва мостов, устройства восстаний в тылу, убийства коммунистов и выдающихся членов рабочих организаций». Поэтому все должны быть на посту, удвоить бдительность, «обдумать и провести самым строгим образом ряд мер по выслеживанию шпионов и белых заговорщиков и по поимке их».
После заключения Брестского мира 20 июня 1919 г. органы ВЧК задержали В. М. Виноградова при оформлении пропуска в прифронтовую полосу и направили в Особый отдел ВЧК по подозрению в шпионаже в пользу Японии. Петроградский комитет продовольствия обратился к Ленину. 24 июня Ленин просил Дзержинского: «распорядиться проверкой и ответом мне». На запрос В. И. Ленина ВЧК ответила, что 27 июня Виноградов осужден к заключению на два года. Затем дело его было пересмотрено. 31 июля 1919 г. Президиум ВЧК, учитывая поручительство А. Е. Бадаева и ходатайство коллегии Продовольственного комитета, освободил Виноградова из-под стражи.
Дзержинский был категорически против допуска отдельных лиц на территорию Советской России. 22 апреля 1920 г. В.И.Лениным была получена телеграмма из Ревеля от Э.И. Гуковского о требовании группы белых офицеров, не сочувствующих никаким партиям, права возвращения в Россию и работать для нее при «полной неприкосновенности, гарантии». В. И. Ленин телеграмму Э. И. Гуковского передал Ф. Э. Дзержинскому 26 апреля 1920 г., тот заявил, что «с ними и говорить не следует, раз они требуют».
После разгрома армии Врангеля, 16 ноября 1920 г. Ф.Э. Дзержинский отдал распоряжение В.Н. Манцеву о принятии дополнительных мер для того, чтобы «из Крыма не прошел на материк ни один белогвардеец. Поступайте с ними согласно данных Вам мною в Москве инструкциям. Будет величайшим несчастьем Республики, если им удастся просочиться. Из Крыма не должен быть пропускаем никто из населения и красноармейцев. Все командированные должны быть сугубо контролированы. Примите самые энергичные меры и ежедневно докладывайте мне, что Вами предпринято и с каким результатом во исполнение данного приказа».
После Гражданской войны, 22 марта 1921 г. Дзержинский писал Ягоде: «Контроль на погран. пунктах, говорят, ниже критики. Нет записей, кто презжает и кем выдан паспорт. Необходимо наладить дело как в «доброе» старое время. Прошу доложить справкой».
В конце июня 1921 г. председатель ВЧК получил докладную записку уполномоченного Президиума ВЧК Губина и сотрудника МЧК Попова, в которой отмечалось, что бежавшие за границу участники Кронштадтского мятежа, примыкавшие к контрреволюционной организации профессора В.Н. Таганцева, активно используются финской, английской и американской разведками для подрывных акций против Советского государства. Еще во время операции по разгрому организации В.Н. Таганцева чекисты выявили ряд переправочных баз контрабандистов в районах Ораниенбаума и Петергофа. Иностранные разведки использовали эти базы для переброски агентов и диверсантов через советско-финскую границу.
В связи с этим Дзержинский приказал принять меры по усилению охраны границы с Финляндией. 3 июля 1921 г. он писал в Оперативное управление: «Необходимо обратить внимание на охрану финляндской границы и во что бы то ни стало связаться с бежавшими в Финляндию кронштадтцами».
В Советскую Россию иностранные агенты прибыли под видом членов компартий других стран. Поэтому 15 марта 1921 г. Дзержинский приказал Ягоде всех «назвавшихся коммунистами и командированными в Россию немедленно с провожатым (если нельзя сразу проверить правдивость заявлений) отправлять в Питер или Москву, где немедленно выяснить личность...». 29 ноября 1921 г. он поручил Ягоде «наладить контроль над приезжающими из-за границы партийными товарищами в Коминтерн, его здешние секции и РКП.
Коминтерн и его секции выдают членские билеты и на основании их и РКП выдает билеты РКП. Необходимо кому - н. поручить заняться этим вопросом, расследовать, снестись с А. и затем доложить нам. Таким путем очень легко к нам могут проникнуть шпионы самые опасные»'.