И в то же время председатель ВЧК считал возможным допуск в страну некоммунистов. Так, в ответ на письмо представителя АРЕ полковника Хаскеля от 23 февраля 1921 г. на просьбу о разрешении въезда в Россию Джона А. Перса Дзержинский ответил, что после ознакомлении с данными, имевшимися в его распоряжении, «вынес убеждение, что г-н Джон Лере во всяком случае не является другом Советской России, а сочувствует старой умирающей России.
Несмотря на это, я считаю возможным изменить свое первоначальное решение и дать г-ну Персу под Вашим поручительством разрешение на въезд в Советскую Россию».
В августе 1923 г. была издана инструкция контрольно-пропускным и карантинным пунктам губернских и областных отделов ГПУ по приему, отправке, учету и регистрации контингентов, возвращавшихся из заграницы в Россию по амнистии или по решениям СНК с целью обнаружения агентов, направленных зарубежной белой эмиграцией и иностранными разведками для ведения шпионажа и организации бандитских выступлений; офицеров и других лиц, занимавшихся контрреволюционной деятельностью и возвращавшихся под видом рядовых участников «в силу тоски по родине»; разного «вредного элемента, проникающего в Россию под видом жен, родителей и прочих родственников».
Многие агенты иностранных спецслужб выдавали себя за перебежчиков по политическим мотивам. Только в Ленинградском военном округа в 1923-1925 гг. их число достигло 7157 человек, в том числе 3209 русских, 711 финнов, 936 эстонцев, 660 латышей, 96 немцев, 242 литовца, 283 поляка, 141 еврей, 2 румына и лица других национальностей. В 1926 г. на границе СССР было задержано 54 269 нарушителей, из них 17 434 были перебежчиками (задержанными без контрабанды).
Добровольная явка в органы ОГПУ перебежчиков, не пойманных при переходе границы, говорила о том, что значительный процент их проник незамеченным, и таким образом, число нарушителей границы было значительно большим.
Еще 14 октября 1922 г. НКВД отдал распоряжение отделам управления пограничных губерний «иметь неослабное наблюдение за всеми перешедшими нелегально пограничную линию, дабы под видом эмигрантов не проникали элементы, могущие причинить вред республике». А 3 октября 1923 г. ГПУ был издан приказ « О порядке движения и направления лиц, задержанных при переходе границы».
Каждый перешедший границу и возвращавшийся в Советскую Россию должен был допрошен для получения оперативной информации. Характерно распоряжение Дзержинского 1924 г. Менжинскому: «Из Китая сейчас вернулся б. нач. штаб Дутова ген. Зайцев. Был у Стеклова. Тот говорит, что передает очень интересные вещи. Необходимо и нам с ним снестись, если.это до сих пор не сделано».
Многие перебежчики после фильтрации рассылались органами ОГПУ по всей территории СССР, но, оказавшись в тяжелых материальных условиях, пускались в бродяжничество или устраивались на какую-нибудь работу, «являясь хорошим материалом для вербовки закордонными шпионскими диверсионными организациями». Так, бывший дворянин и камергер, член Государственного Совета, член монархической группы великого князя Николая Николаевича - А.А. Микулин содержал квартиру, на которой укрывал прибывавших из-за границы шпионов, диверсантов и террористов. По приговору Коллегии ОГПУ он был расстрелян .
В связи с обострением международного и внутреннего положения страны политическое руководство по предложению Дзержинского наряду с другими принимало превентивные меры по отношению к отдельным группам населения. Эта мера практиковалось не только в Советской России, но и в других странах. Сошлемся на США. Так, после нападения Японии президент Ф. Рузвельт приказал выселить всех японцев с тихоокеанского побережья. И никакого шума по этому поводу ни тогда, ни позже не поднималось. Но стоило Советскому Союзу накануне Великой Отечественной войны осуществить аналогичные, но несопоставимые по масштабу меры, как его обвинили в массовых репрессиях, в депортации коренного населения и уничтожении сотен тысяч невинных людей.
В пограничной полосе из милиции и органов таможенного надзора были удалены беспартийные поляки, эстонцы, латыши, финны, румыны, цыгане, лица других национальностей, семьи которых проживали в Польше и Румынии, и «заподозренные в шпионаже, контрабанде и пособничестве контрабандистам».
Важное значение в борьбе со шпионажем на границе уделялось оперативной работе (по терминологии того времени, политической охране границы). К 1926 г. ею непосредственно руководил КРО ОГПУ с учетом специфики каждого района. Так, в Украине успешно сотрудничали КРО и управление пограничной охраны УССР. На
I апреля 1925 г. по всем пограничным отрядам имелось 917 осведомителей, примечательно, что при этом «недостатка в средствах на борьбу с контрабандой при ведении агентурной работы не ощущалось». С октября 1925 г. по октябрь 1926 г. сотрудники КРО и УПО задержали 243 шпиона и 208 их пособников и связников, ликвидировали 11 уголовных банд, задержали 2437 перебежчиков, из которых 2170 было выдворено обратно.
Наряду с разработкой общих мероприятий по борьбе со шпионажем и антисоветскими эмигрантскими центрами Дзержинский осуществлял конкретное руководство многими операциями.
Наиболее активным было противоборство органов ВЧК-ОГПУ под руководством Дзержинского с английской разведкой.
28 июня 1918 г. ВЧК арестовала учителя английского языка Ф. М. Уайбера за причастность к организации, готовившей покушение на немецкого посла Мирбаха. Во время обыска на его квартире в одной из книг были обнаружены листки с зашифрованным текстом, один из которых был передан в германское посольство. Посольство возвратил листок в ВЧК, приложив к нему ключи для расшифровки текста. С помощью ключа все шесть листков были прочитаны. 16 июля 1918 г. Дзержинский в записке Н.Е. Гальперштейну отмечал, что П.И. Стучка предложил выслать Уайбера за границу. На основании постановления Особой следственной комиссии Уайбера выслали за границу, изъятые у него при аресте деньги ему возвратили.