Для повышения эффективности борьбы со шпионажем на Кавказе Ф. Э. Дзержинский считал необходимым разработку планов по поимке агентов спецслужб противника, ведение сбора сведений о его действиях «для возбуждения дела дипломатическим путем». По его предложению при Цупчрезкоме был создан особый отдел с подчинением ему всех особых отделов Украины и Крыма, что должно было способствовать усилению борьбы со шпионажем, контрреволюцией, «атаманщиной» и бандитизмом.
А чтобы предотвратить восстания в Закавказье 28 февраля 1925 г. он поручил Менжинскому «усилить разработки константинопольские и парижские в отношении Закавказья и Грузии. Безусловно, приготовления к восстанию идут. Надо перехватить их связи и пути. Нельзя ли собрать факты, что они идут и против Кемаля (за султанат и за Англию) и дипломатическими мерами выслать монархистов и грузин из Константинополя и Турции? Нельзя ли принять меры, чтобы поймать их транспорты и склады оружия и места переправы?»
В 1920-х гг. была пресечена подрывная деятельность не только отдельных лиц, но и сотрудников ряда общественных организаций, действовавших на территории страны, в частности, Американской организации помощи («АРА»), 24 января 1922 г. Политбюро рассмотрело вопрос о мерах предосторожности на случай чрезмерного расширения аппарата АРА. Было признано необходимым обязать ВЧК усилить осведомительную работу по АРА. На основании этой политической директивы Дзержинский нацелил чекистские органы на выявление шпионажа и связи иностранных дипломатических учреждений с антисоветскими элементами в АРА.
Спецслужбы иностранных государств в ведении разведывательной работы опирались на националистов, прежде всего Украины. Поляки использовали в качестве ударной силы крайние украинские элементы. Одним из шагов было решение Центрального украинского комитета (петлюровской организации в Варшаве) по предложению польского Генштаба размещение по военным училищам Польши 36 украинских офицеров с тем, чтобы они прошли курсы обучения.
После поездки одного из лидеров националистов Чеботарева в Западную Европу состоялось несколько совещаний в Праге и Париже, на которых решено было подчинить все мелкие эмигрантские кружки центру УНР и перенести центр тяжести деятельности в Польшу, откуда в случае начала военного конфликта легко было бы вести непосредственную борьбу с Советам. Чеботарев также заявил, что поддерживает полный контакт со своими сторонниками в Советской Украине и даже имеет много своих работников в КП (б)У, и эта партия «будто бы сейчас стоит тайно на платформе отделения от СССР».
7 июня 1920 г. Дзержинский отдал распоряжение И.К. Ксенофон-тову разыскать приехавшего из Харькова «дней 6 тому назад для свидания с В. К. Винниченко члена КПЧ Лапчинского Георгия Федоровича. Он член Цека, там возможно получить его адрес. Жена его Лапчинская в семи верстах от Москвы врачом, возможно, что живет там. Аусен (из) Региструпа должен знать, где он. Необходимо его немедленно арестовать, произведя тщательнейший обыск у него и жены с выемкой всех документов и переписки. Содержать его так, чтобы не мог сообщаться внешним миром (при) особом отделе в хороших условиях. Причины ареста будут сообщены особо. Пустить версию, что поймано в Москве письмо к нему Петлюры».
В. Л. Герсон сообщил Ф. Э. Дзержинскому о том, что Г.Ф. Лапчинского задержать не удалось, он уехал в неизвестном направлении.
Наряду с наблюдением за агентурой спецслужб западных государств и УНР чекисты проводили маневр силами и средствами, сосредоточивая усилия на главных направлениях. Например, ввиду того, что советская приграничная резидентура на Галичине работала, главным образом, по освещению УНДО и давала малоценные материалы, резидент «Михалюк» распоряжением начальника КРО ГПУ УССР Добродицкого был переброшен во Львов с задачей выявления работы активной украинской контрреволюционной эмиграции.
Для пресечения работы спецслужб противника органы ГПУ Украины поставили на специальный учет 1394 бывших старшин, членов повстанческих комитетов и старшин УНР и 5300 бывших «политбандитов». Дополнительная агентурная проработка позволила установить посещение нашей территории петлюровскими агентами: Барвинский, Ивановым - Орловым - бывшим помощником атамана Струка, были вскрыты места явок закордонных агентов, выявлено и ликвидировано несколько шпионских групп, в том числе в 7-м стрелковом батальоне,7-м и 3-м дивизионах. 99-й дивизии и 60-й авиоэскадрилии .
17 июня 1923 г. (по другим данным, 26 июня) чекисты заманили на Украину и арестовали ярого врага Советской власти, сотрудничавшего с польской разведкой атамана Ю.В. Тютюника («Дело № 39»). Он раскрыл планы украинской националистической эмиграции и передал чекистам свой архив, написав до суда покаяние. 28 декабря 1923 г. Президиум ВУЦИК его амнистировал, но, несмотря на это, 12 февраля 1929 г. Тютюника арестовали и расстреляли 3 декабря 1929 г.
Ф.Э. Дзержинский руководил работой чекистов по пресечению деятельности агентов эмигрантских разведывательных центров, тесно связанных со спецслужбами капиталистических государств. При этом основные усилия были сосредоточены на савинковцах. 13-16 июня 1921 г. в отеле «Брюль» г. Варшавы в обстановке строгой секретности (как полагали устроители) состоялся съезд реанимированной контрреволюционной организации «Союз защиты родины и свободы». От прежней она отличалась введением в старое название еще одного слова - «Народный». На съезде присутствовали представители польского генерального штаба Сологуб, французской военной миссии майор Пакайе, английской и американской спецслужб.