В дальнейшем Джунковский принимал участие в качестве консультанта в конкретной разработке и проведении операций «Трест» и «Синдикат-2».
Активным участником операции «Синдикат-2» был А.О. Оппер-пут (Стауниц). В Первую мировую войну он был младшим офицером в Дикой Кавказской дивизии. В конце 1920 г. связался с Б.В. Савинковым и вступил в «Союз защиты Родины и Свободы». Как человек, весьма смелый и энергичный, природный конспиратор, к весне 1921 г. он уже становится руководителем западного комитета союза. Ко времени провала в апреле 1921 г. его организация насчитывала более 700 человек. Будучи арестован, долго упорствовал, наконец, сознался и выдал всю организацию. Ее разгром облегчил и дальше поимку Савинкова. После ликвидации организации Савинкова он был использован для раскрытия организации профессора Таганцева (познакомившись с Таганцевым, он вычислил руководителей заговора). В январе 1922 г. Опперпутбыл освобожден и вовлечен под фамилией Стауниц в работу только что созданного «Синдиката».
Операция началась летом 1922 г. с ареста адъютанта Савинкова бывшего царского офицера Л.Д. Шешени. При допросе он подробно рассказал о деятельности НСРЗиС, на основании его данных было ликвидировано несколько ячеек этой организации. Затем осуществлено легендирование антисоветской организации «Либеральные демократы» в Москве («ЛД»), лидером которой назначен сотрудник КРО по закордонной работе А.П. Федоров.
Умелые действия чекистов привели к тому, что интерес Б.В. Савинкова к легендированной организации («либеральных демократов») возрастал, и он решил лично ознакомиться с положением дел в антисоветском подполье.
Нет необходимости подробно описывать ее ход. Об этом можно прочитать в ряде источников. Только отметим, что информацию, получаемую через «Синдикат-2» центральном аппаратом КРО, большей частью реализовали территориальные органы ОГПУ. Так, в 1924 г. на территории только Западного военного округа было задержано до сотни крупных агентов иностранных разведок. И это были настоящие враги нашей страны диверсанты, шпионы и террористы.
Операция «Синдикат-2» вступила в завершающую стадию в середине августа 1924 г. 15 числа лидер НСЗРиС, несколько изменив свою внешность, с паспортом на имя Виктора Ивановича Степанова вместе со своими помощниками супругами Диктоф-Деренталями, Фомичевым и «Мухиным» (чекистом А.П. Федоровым) через Вильно выехали к границе и перешел ее. Было около семи часов утра 16 августа 1924 г., когда они вошли в предместье Минска. Здесь из осторожности разделились на три группы, Савинкова и супругов Деренталь встретили очень приветливо. На заранее подготовленной конспиративной квартире дверь им отворил огромного роста богатырь, лет тридцати пяти, и пригласил в гостиную. Рядом с ним стояли худощавый, примерно такого же возраста мужчина, уже обычного роста и телосложения («хозяин квартиры») - полномочный представитель ОГПУ по Западному краю Филипп Демьянович Медведь и заместитель начальника КРО ОГПУ Роман Александрович Пиляр. После знакомства сели за стол и начали разговор о «делах текущих». Позволив Савинкову выговориться, Пилляр поднялся, как бы желая произнести очередной тост, вместо этого сказал как-то очень обыденно: «Вы арестованы, Савинков! Вы в руках ОГПУ!...». Всю дорогу Савинков молчал, только во внутреннем дворе здания на Лубянке, выйдя из автомобиля и оглянувшись по сторонам, сказал: «Уважаю ум и силу ГПУ!».
27-29 августа 1924 г. на открытом процессе Военная коллегия Верховного Суда СССР заслушала дело Бориса Савинкова. По всем пунктам обвинения Савинков признал свою вину. В заключительном слове 28 августа он сказал:«....После тяжкой и долгой кровавой борьбы с вами, борьбы, в которой я сделал, может быть, больше, чем многие и многие другие, я вам говорю: я прихожу сюда и заявляю без принуждения, свободно, не потому, что стоят с винтовками за спиной: я признаю безоговорочно Советскую власть и никакой другой. И каждому русскому, каждому человеку, который любит Родину свою, я, прошедший всю эту кровавую и тяжкую борьбу с вами, я, отрицавший вас, как никто, - я говорю ему: если ты русский, если ты любишь Родину, если ты любишь свой народ, то преклонись перед рабочей и крестьянской властью и признай ее без оговорок...». Суд приговорил Савинкова к расстрелу. Однако по представлению самого суда в тот же день, 29 августа Президиум ЦИК СССР заменил осужденному высшую меру наказания лишением свободы сроком на десять лет.
После суда Савинков содержался во Внутренней тюрьме ОГПУ. 18 сентября 1924 г. Дзержинский выступил с докладом на заседании Политбюро ЦК РКП (б) «О Савинкове». Были приняты его предложения: «1. Дать директиву Отделу печати наблюдать за тем, чтобы газеты в своих выступлениях о Савинкове соблюдали следующее:
а) Савинкова лично не унижать, не отнимать у него надежды, что он может еще выйти в люди;
б) Влиять в сторону побуждения его к разоблачениям путем того, что мы не возбуждаем сомнений в его искренности;
2. Поручить Отделу печати на основании этой директивы дать разъяснения редакторам газет и предложить им все возбуждающие сомнения статьи и т.п. согласовывать с отделом печати».
С Савинковым продолжал часто беседовать председатель ОГПУ, но ему требовались дополнительные материалы. Не позднее 15 октября 1924 г. Дзержинский пишет в Берлин заместителю заведующего отделом политической информации ПП СССР в Германии С. А. Раевскому: «Уважаемый товарищ. Для того, чтобы полностью использовать Савинкова, который, будучи дружен с Пилсудским, не желает всего детально говорить из-за личной «щепетильности» и в политике он очень слабо разбирается, необходимо восстановить ряд фактов, относящихся к Польше, к Пилсудско-му и к его правительству, и сформулировать конкретные вопросы Савинкову. Вы могли бы нам в этом деле быть очень полезным. Поэтому моя просьба к Вам - помочь нам и, кроме того, было бы очень желательно получить от Вас сводки и вырезки из польской печати о Савинкове и Ваши нам указания, как их можно использовать в конкретных случаях.