Судя по черновым заметкам, Дзержинский, наметил ряд мер в борьбе с заговорщиками, в том числе: обыски и осмотры домов, могущих быть их опорными пунктами, быстрота и энергия в подавлении преступности и применения мер военного положения за хранение оружия, причастность к белогвардейщине, подделку и пользование чужими и подложными документами, распространение панических слухов, объявление о всех расстрелах и др. наказаниях, очистка вокзалов, контроль в поездах и облавы, наблюдение за пропиской всех граждан, регистрация всех красноармейцев и командного состава в отпуску и командированных, патрулирование по городу, проверка частей и др..
После Гражданской войны особенно сложной была работа транспорта, пришедшего в упадок. Чекистов не могло не беспокоить то, что то на одной, то на другой железных дорогах частыми стали аварии и крушения поездов, пожары и взрывы на промышленных предприятиях, участились поломки машинного оборудования в цехах заводов и фабрик.
Частыми были случаи террора, вредительства и преступной халатности хозяйственников, деятельности террористов. Об этом свидетельствовали поджоги телефонной станции в Петрограде, Александровских мастерских, авиационного завода «Гамаюн» и др.. В Рыбинске было уничтожено военное имущество стоимостью в 700 тыс. рублей, большие убытки нанесены пожарами в Коломне, Костроме и Ташкенте. Следственными органами в ряде случаев были доказаны террористические акты. Пожары, по мнению Дзержинского, приняли «размер государственной катастрофы».
В марте 1921 г. председатель ВЧК в записке С.А.Мессингу обратил внимание на то, что в последнее время на Московском узле участились крушения особенно на Окружной и Курской железных дорогах и поручил ему «на более широком совещании узла наметить эти меры. Московский узел мог бы при нажиме и средоточении всех сил (ЧК и комис.) быть образцовым».
«Почти во всех случаях, -отмечал Ф.Э. Дзержинский в начале 1922 г. в телеграмме во ВЦИК А.С. Енукидзе из Западной Сибири, - обнаружены взрывчатые вещества и подготовлялись взрывы. Во многих местах желдорпути найдены пироксил(иновые) шашки. В паровозах (в топках) обнаружены капсулы от бомб и т. д. Все это ясно указывает, что наши враги не без ведома Японии, в связи событиями на Дальнем Востоке, поставили себе целью разрушение железнодорожн(ой) сети Сибири...».
Свой вклад в активизацию террора и диверсий внес и один из активных участников операции «Трест» А.Е. Опперпут. Сбежав на Запад и желая выслужиться перед А.П. Кутеповым, он составил своего рода программу террористов, которая по своем цинизму показывает их идейный и моральный облик: «После первых ударов по живым целям центр тяжести должен быть перенесен на промышленность, транспорт, склады, порты и элеваторы, чтобы сорвать экспорт хлеба и тем подорвать базу советской валюты...
Я не сомневаюсь, что даже частичное отравление 3-4 пароходов, груженных советским хлебом, независимо от того, где это будет сделано, удержит все солидные фирмы от покупки советского хлеба... Надо немедленно начать отправку в Россию различными способами: агитационной литературой с призывом к террору и к самоорганизации террористических ячеек, выступающих от имени СНТ (Союз национальных террористов-Авт.)...
Необходимо, чтобы отправляемые террористы при выступлениях всегда бросали записки, что покушение или акт сделан такой-то группой СНТ, постоянно меняя нумерацию, чтобы создать иллюзию мощи СНТ и сбить с толку ГПУ... Для уничтожения личного состава компартии придется, главным образом, применить культуру микробов эпидемических болезней (холера, оспа, тиф, чума, сибирская язва, сап и т.д.)...
При выборе целей для таких терактов надо иметь ввиду только те учреждения, где все без исключения служащие, а также посетители, являются коммунистами. Таковы...все областные комитеты ВКП(б), все губернские комитеты ВКП(б), все партийные школы, войска ГПУ и органы ГПУ...».
Весной 1921 г. на Анжеро-Судженских копях чекистами была раскрыта организация из рабочих-коммунистов, ставившая своей целью физическое уничтожение ответственных работников, проявивших себя бюрократами и волокитчиками, а также тех «спецов», которые при Колчаке зарекомендовали себя явными контрреволюционерами. В организации было около 150 человек, преимущественно старых партизан.
В середине июня 1921 г. Дзержинский представил В.И.Ленину справку и список арестованных Петроградской ЧК по делу «Союза Возрождения России». В ней говорилось о роли Владимира Николаевича Таганцева в организации «Союза»: связь с агентурой в Финляндии, вербовка для поджогов, взрывов железнодорожных мостов и заводов, террорные и активные выступления. Особо были показаны цели и задачи организации «Союз Возрождения России»: вербовка лиц для активного выступления против советской власти, террор видных работников коммунистов (были намечены тт. Зиновьев, Кузьмин и Анцелович), взрывы железнодорожных мостов, заводов, складов и пр., сбор сведений для передачи их французской разведке об экономическом положении и о состоянии воинских частей, распространение антисоветской литературы.
19 июня 1921 г. Дзержинский писал Т.П. Самсонову о деле
В.Н.Таганцева: «За делом Таганцева надо наблюдать. Имеет огромное значение. Можно разгромить все очаги правых белогвардейцев. Не стоит ли важнейших перевести в Москву в нашу одиночку? Из писем надо сделать выписки мест, имеющих политическое значение, и переслать Чичерину и членам Цека. Это дело может нам раскрыть пружины Кронштадского восстания».