На основании донесения работников НКПС от 23 января 1918 г. был арестован бывший надворный советник Н.Д. Красильников за распространение написанной им брошюры антисоциалистического содержания. На допросе он рассказал Дзержинскому, что брошюра им отпечатана до октябрьского вооруженного восстания. После заявления о признании советской власти Красильников был освобожден.
Доносили в ВЧК не только работники наркоматов, но и частные лица. По такому доносу была арестована и дочь Льва Николаевича Толстого Александра Львовна. У нее была изъята вся частная корреспонденция. 15 июля 1919 г. бывший секретарь Л.Н.Толстого В.Г. Чертков обратился с просьбой к Дзержинскому об освобождении из-под стражи А.Л. Толстой и возвращении изъятой корреспонденции. Через 10 дней председатель ВЧК распорядился: «Освободить, взяв подписку».
24 января 1918 г. заместитель наркома юстиции левый эсер А.А. Шрейдер обратился в СНК с предложением изъять из ведения ВЧК дела, связанные с использованием печати в контрреволюционных целях, но СНК отверг это предложение.
В мае 1918 г. ВЧК завела дело о клевете эсеровских и меньшевистских газет, которые сообщили о том, что якобы германские власти предъявили СНК ультиматум о разоружении латышских частей и вводе в Россию немецких оккупационных отрядов. Несмотря на опровержение слухов Я. М. Свердловым, эсероменьшевистская печать продолжала их широкое распространение. Тогда ВЧК закрыла газеты «Вперед», «Родина», «Земля и воля», «Народное слово» и оштрафовала ряд других изданий, что вызвало возражение со стороны некоторых руководителей Моссовета. 10 мая 1918 г. Ф.Э. Дзержинский и Я.Х. Петерс направили письмо в редакции газет следующего содержания: «В связи с появившейся в номере 23 Вашей газеты статьи «Новые требования германского правительства» и целым рядом статей, помещенных в предыдущих номерах Вашей газеты, содержащих в себе ложные сведения с целью создать в широких массах панику, Всероссийская Чрезвычайная комиссия по борьбе с контрреволюцией и спекуляцией считает своим долгом закрыть Вашу газету и дело о ней передать в революционный Трибунал».
11 мая 1918 г. на заседании ВЧК были заслушаны доклады И.А. Визнера и Ф.Э. Дзержинского «О конфликте с Московским Советом в связи с закрытием ВЧК газет и предполагавшейся на 12 мая облавой на уголовные и преступные элементы Москвы в широком масштабе без предварительного и подробного оповещения Московского Совета». ВЧК постановила: «Меры, принятые тт. Дзержинским и Визнером по выяснению и смягчению конфликта путем личных переговоров, одобрить. Операцию облавы временно отложить до осуществления возможности принятия участия в ней и представителей Московского Совета».
В конце мая после доклада Я. X. Петерса Моссовет одобрил действия ВЧК.
В декабре 1918 г. возник конфликт в связи с тем, что М. Ю. Козловский поддерживал ложные утверждения о незаконных репрессиях, якобы осуществляемых ВЧК. 19 декабря 1918 г. Бюро ЦК РКП (б) заслушало вопрос о ВЧК. Дзержинский доложил о заседании ВЧК, на котором было постановлено обратиться к ЦК о разрешении конфликта Козловского с остальной коллегией. Далее выяснилось, что в печати за последнее время печатались статьи о деятельности ВЧК, которые не носили делового характера. После обсуждения было принято решение, в котором было указано, что «на страницах партийной и советской печати не может иметь место злостная критика советских учреждений, как это имело место в некоторых статьях о деятельности ВЧК, работы которой протекают в особо тяжелых условиях».
Ф.Э. Дзержинский прекрасно понимал значение печати в жизни общества и в работе чекистов частности. Его взгляды на роль печати окончательно сформировались в годы новой экономической политики и далеко выходят за рамки сугубо чекисткой работы. Это подтверждают сотни документов. Он рассматривал печать как одно из важнейших средств, способствующих превращению экономически отсталой России в могучее государство, считал, что газеты должны стать «мощным орудием возрождения», «могущественным орудием руководства и управления». Председатель ВЧК-ОГПУ твердо следовал принципу партийности печати, суть которого заключается в неукоснительном следовании политике партии, пропаганде ее идей, мобилизации населения на проведение ее директив. В этом он видел высшее выражение классового характера печати, ее идейную направленность. Его убеждения исходили из решений УШ съезда РКП (б) (1919 г.), в резолюции которого «О партийной и советской печати» говорилось о печати, как важнейшем средстве воздействия на самые широкие народные массы.
Дзержинский высоко оценивал роль печати в деле культурного воспитания населения. Печать, по его мнению, должна способствовать ликвидации неграмотности и формированию коммунистического мировоззрения. От этого, говорил он, во многом зависит решение всех задач. «Там, где нет грамоты... где нет культуры, там нет пролетарской власти, там будет взяточничество, шкурничество, но не будет сознания той миссии, которую пролетариат выполняет».
Весьма примечательно, что Дзержинский проявлял постоянную заботу по обеспечению работников местных ЧК необходимой литературой. Так, находясь в Сибири в начале 1922 г., он поставил перед И. С. Уншлихтом вопрос о посылке фельдсвязью для сибирских ТЧК газет «Правда», «Известия», «Экономическая жизнь» и «Гудок». Из Новониколаевска он писал, что нужно попросить В .Л. Герсона, «пусть соберет всю литературу, без которой мне можно обойтись (дома у меня в кабинете есть), и достанет еще и шлет сюда мне. Самая главная литература - о фронте напряжения труда, о международной ситуации и о новой экономической политике».