29 марта 1918 г. Дзержинский произвел обыск в одной из гостиниц, арестовал Ф.С. Горбова и его соучастников. 30 марта 1918 г. в протоколе, составленном председателем ВЧК и А.Я. Беленьким, было указано, что в чемодане анархиста Горбова были найдены: «1) золотые мужские часы N9 145990, 2) золотой браслет - часы, 3) золотое обручальное кольцо, 4) золотое кольцо с зеленым камнем, 5) 24 серебряных рубля, 6) 7 серебряных полтинников, 7) шесть разной стоимости серебряных монет, 8) дамский серебряный кошелек, 9) 10 патронов «Маузера», 10) 10 патронов «Кольта», 11) один капсюль, 12) казенное белье, штаны и полотно».
В ходе следствия опиум был изъят у спекулянтов.
30 марта 1918 г. ВЧК заслушала доклад И.Н. Полукарова об анархистах. Дзержинский в своем выступлении отметил, что уже принято решение о их разоружении, но разведка ничего не дала. ВЧК постановила разоружить всех анархистов, приняв поправку Дзержинского, что всем идейным анархистам необходимо возвратить оружие.
На следующий день ВЧК под председательством Дзержинского заслушало ходатайство члена ВЦИК анархиста А.Ю. Ге (Гольдберга) об освобождении арестованного по ордеру ВЧК анархиста Ф.С. Горбова. Было решено отклонить ходатайство, «ввиду явно уличающих данных против Горбова как корыстного участника в вывозе со спекулятивными целями опиума со склада «Кавказ и Меркурий». Для предупреждения попыток к освобождению перевести Горбова под стражу в Кремль. Материал по делу Горбова передать в Информационный отдел для самого широкого опубликования».
Конфронтация большевиков с анархистами в апреле 1918 г. шла по нарастающей. Одно за другим следовали заседания ВЧК, Моссовета и СНК.
2 апреля 1918 г. ВЧК заслушала доклад Дзержинского «о срочной необходимости организовать планомерную борьбу с анархистскими бандами, продолжающими усиленное вооружение своих сочленов и занимаемых ими особняков, что грозит в ближайшем будущем серьезными осложнениями». Было решено «немедленно приступить к разоружению трех особняков, занятых анархистами, наиболее активно проявляющими свою вызывающую деятельность». Выработку плана операции и проведение его было поручено отделу по борьбе с контрреволюцией совместно с оперативным штабом. А 4 апреля 1918 г. в газете «Известия ВЦИК» было опубликовано обращение Дзержинского к гражданам, пострадавшим от вооруженных ограблений анархистов, с просьбой явиться в уголовно-розыскную милицию для опознания задержанных грабителей.
9 апреля ВЧК заслушала доклад Дзержинского об анархистах группы А. Ге (Гольдберга), занимавшейся «реквизицией опиума для использования ценности его на нужды фракции», и постановила: «По окончании операции против независимых анархистов предложить ВЦИК исключить фракцию анархистов настоящего ЦИК из своего состава, принять меры к аресту анархистов группы Ге и преданию лиц, входящих в нее, революционному суду».
11 апреля 1918 г. на экстренном совместном заседании Моссовета, ВЧК, представителей Военного ведомства и районов Москвы было решено разоружить анархистов. Дзержинский и Полукаров направили предписание Центральному комиссариату Москвы о разоружении анархистов «согласно адресам и инструкции, данной тов. Штродаху 11-го сего апреля. Разоружение начать в пять часов утра 12-го сего апреля. Разоруженных задержать на местах до распоряжения».
Важность принятия крайних мер была вызвана реальной угрозой советской власти. Столицу следовало очисть от уголовников, которые входили во фракцию анархистов. Несмотря на обещания идейных анархистов изолировать от себя преступные элементы, это обещание ими не было выполнено. В ВЧК имелись сведения, что противник советской власти стремились использовать то обстоятельство, что при занятии особняков были захвачены стратегически важные пункты города около советских учреждений. В инструкциях, найденных при аресте анархистов, было указано, в каких районах следует занимать особняки:
«1. Найти особняки в районе Мясницкой ул. и переулков Гудов-ского, М. или Б. Харитоньевского.
2. Найти особняк в районе Неглииного проезда, против ГБ (Госбанка).
3. Моховая улица, Ne 6, Красильщиковой (разузнать все насчет дома).
4. Пречистенская наб., особняк найти напротив А. Д. (против этого пункта нарисованы пушки).
Тов. Нелидов в районе Мясницкой в М. Харитоньевском переулке, особняк г. Зуттер (напротив Политехнического, о-ва), 2-й эт. Охраны в доме нет (охрана соседнего дома). В Гудовском переулке, д. Ne 5, Пастуховой, 2-й этаж, охраны нет, 4 квартиры, в доме не живут (гараж). Дом Ne 6, Высоцкий, 3-й этаж, охрана есть немногочисленная ».
В помещении одной из групп найдено предписание переменить свое местопребывание и найти особняк, который бы находился на углу улицы, чтобы тем самым занять лучшее стратегическое положение. В ночь на 12 апреля одна из групп анархистов заняла особняк; на протест хозяев, требовавших разрешения от советской власти, ответила, что советская власть еле дышит.
В ночь на 12 апреля 1918 г. ВЧК и воинские части окружили особняки, занятые анархистами и предъявили им ультиматум. Дзержинский предложил анархистам, находившимся в доме № 4 по Ско-рятинскому переулку, в течение пяти минут сдать все имеющиеся у них оружие, в противном случае с ними «будет поступлено, как с врагами советской власти».
Операция по разоружению анархистов была продолжено и днем. В некоторых местах ими было оказано вооруженное сопротивление, но оно было сломлено, и анархисты разоружены и арестованы. 12 апреля Дзержинский подписал пропуск № 1422 в Кремль следователю Визнеру для допроса арестованных.