16 апреля 1918 г. в беседе с сотрудниками газеты «Известия» о мотивах, вызвавших разоружение анархистов, Дзержинский рассказал о том, что задачей ВЧК с самого начала ее возникновения, как органа борьбы с антиреволюционными явлениями, была борьба с преступностью во всех ее проявлениях. Поэтому совершенную операцию по очищению города от уголовных банд следует рассматривать как одно из мероприятий, осуществленное в широком масштабе.
Он категорически опроверг слухи, распространяемые печатью о том, что ВЧК входила в СНК с ходатайством о предоставлении ей полномочий для борьбы с анархистами». Чекисты не имели в виду и не желали вести борьбу с идейными анархистами, задержанными в ночь на 12 апреля. Они освобождаются, но некоторые из них будут привлечены к ответственности за прикрытие преступлений, совершенных уголовными элементами анархических организаций. Далее т. Дзержинский коснулся обстоятельств, сопровождавших самую ликвидацию анархических групп. Интересно отметить, сказал он, что многие арестованные утверждали, что они не анархисты, а просто безработные, однако большинство из этих «безработных» оказались с уголовным прошлым. Среди них выделяются явные контрреволюционеры. И ВЧК будет продолжать с должной энергией довершение начатого дела по очищению города от преступных элементов. В ближайшем будущем нами образуется особый подотдел, который систематически займется борьбой с преступными элементами».
В заключение Дзержинский опроверг сведения, помещенные в N8 63 газеты «Вперед», о том, будто бы арестованные, числящиеся за Чрезвычайной комиссией, содержатся в ужасных условиях, в подвале и испытывают грубое обращение. За ВЧК числилось не 126, как указано в газете «Вперед», а всего 66 человек, и они сидели не в подвале, а в сухом хорошем помещении, были допрошены и всем им предъявлено обвинение. Некоторые из них были опознаны, как грабители.
12 мая 1918 г. на заседании исполкома Моссовета после доклада члена Коллегии ВЧК Г. Д. Закса меньшевики и правые эсеры предложили резолюцию, осуждающую методы ликвидации банд анархистов, как «недемократические». На следующий день ВЧК заслушала предложение Дзержинского о необходимости выработки ответа на внесенный меньшевиками и правыми эсерами запрос в Моссовет о репрессиях против печати и правых эсеров, принятых ВЧК. Было решено для доклада на пленуме Моссовета 14 мая делегировать: по вопросу об анархистах Закса, о печати и правых эсерах - Петерса. Специально был обсужден вопрос «о противодействии со стороны Московского Совета к осуществлению полномочных прав ВЧК в деле борьбы с контрреволюционной печатью». В постановлении было отмечено, что «до тех пор, пока Московский Совет полностью не предоставит ВЧК всей полноты прав, - действовать в контакте с президиумом Московского Совета. В случае резких разногласий апеллировать во ВЦИК».
Исполком Моссовета в заседании 14 мая отверг предложение меньшевиков и признал, что разоружение было «вызвано необходимостью положить предел организованным вооруженным захватам и грабежам...».
После разоружения анархистов преступность в Москве уменьшилась на 80%.
1918 год был характерен стремлением крестьянства создать организацию для защиты своих интересов. Такие попытки были предприняты крестьянством еще до революции. Первый «Крестьянский союз» в России возник в 1898 г. Это была подпольная «братская» организация в с. Павлодаре Борисоглебского уезда Тамбовской губернии. «Братство» обратилось ко всем крестьянам России с призывом объединиться в тайное общество для защиты своих прав.
15 марта 1917 г. в «Известиях Петроградского Совета» появилось заявление «Крестьянского союза», подписанное его председателем С. Е. Мазуренко. Оказалось, что из остатков Крестьянского союза 1905 г. был образован центр и областное бюро содействия во главе с Главным комитетом. Такой же союз возник в Москве. 26 марта в Морском корпусе был митинг, созванный Крестьянским союзом, на котором была обещана поддержка Временному правительству. Но крестьянство в большинстве своем тогда объединилось вокруг советов и земельных комитетов. Избранный председателем Крестьянского союза С.Е. Мазуренко перенес свою деятельность на Дон и примкнул к ненавидимому крестьянством генералу А.М. Каледину.
Позиция большевиков по крестьянскому вопросу была выражена в заявлении председателя ВЦИК Я.М. Свердлова 20 мая 1918 г.: «Только в том случае, если мы сможем расколоть деревню на две непримиримых враждебных лагеря, если мы сможем разжечь там ту гражданскую войну, что и в городе, только тогда мы сможем сказать, что мы по отношению к деревне сделали то, что смогли сделать для городов».
23 мая 1918 г. СНК поручил ВЧК усилить борьбу с враждебной деятельностью оппозиционных партий и общественных организаций.
Угроза потери власти большевиками в середине 1918 г. исходила не только от белогвардейцев и интервентов, но и от революционнодемократических партий, которые не ограничивались диалогами, а начали прибегать к крайним мерам борьбы. Уже в мае при ЦК ПСР был создан Центральный боевой отряд из 15 человек для физического уничтожения руководства РКП (б).
В начале июля произошел разрыв союза коммунистов с левыми эсерами.
Для изучения всех обстоятельств левоэсеровского мятежа Советское правительство создало Особую Следственную комиссию под председательством П. Стучки.
7 июля 1918 г. Дзержинский обратился в СНК с просьбой об освобождении его с поста председателя ВЧК: «Ввиду того, что я являюсь, несомненною, одним из главных свидетелей по делу об убийстве германского посланника графа Мирбаха, я не считаю для себя возможным оставаться дальше во Всероссийской Чрезвычайной комиссии по борьбе с контрреволюцией и пр. в качестве ее председателя, равно как и вообще принимать какое-либо участие в комиссии. Я прошу Совет Народных Комисаров освободить меня от работы в комиссии».