Запреты и репрессии большевиков, включая крайние меры по отношению к политическим противникам, продолжались и в 1919 г. В середине марта 1919 г. Дзержинский поручил Артузову, Самсонову и др. подготовить «материал о гулящих на свободе кадетах, соприкосновенных с Нац. и Тактич. Центрами, б. помещиках, черносотенцах и другой дряни - для ликвидации».
И все же основная борьба велась с эсерами и меньшевиками, которые возглавляли забастовки рабочих и выступления крестьян. В начале апреля 1919 г. Совет Обороны поручил Дзержинскому разобраться в причинах возникновения забастовки на тульских оружейных заводах в разгар наступления белогвардейцев, приняв меры к ее ликвидации. Рабочие бастовали из-за трудного продовольственного положения и невыдачи зарплаты. В телеграмме председателя Тульского губисполкома Г.Н. Каминского в СНК сообщалось, что «события развиваются, как предвидели. Уверены в скорой ликвидации. Красноармейский паек нужен, полгода рабочие не получали жиров. Об этом знает Красин. В губернии голод. В гарнизоне спокойно. Подробности знает Дзержинский. Шлите через Томского временно, испытанного профессионалиста». 4 апреля 1919 г. на этой телеграмме В.И. Ленин написал: «Созвонитесь с Дзержинским об ускорении его поездки». Чекистские органы выявили и разоблачили подстрекателей и к 12 апреля 1919 г. забастовка была прекращена.
13 апреля 1919 г. пленум ЦК РКП (б) обсудил вопрос «Правые социалисты-революционеры и меньшевики». Дзержинский сообщил, что в Москве арестовано 55 правых эсеров и 16 меньшевиков и 22 - по районам; выяснилось, что в числе арестованных находятся и уфимские эсеры. Пленум постановил: решение вопроса обо всех арестованных отложить до следующего пленума. Отдельные случаи персонального освобождения могут быть решены только Оргбюро. Вольского не арестовывать, Яхонтов, Маслов, Сахаров и Буревой «освобождаются под солидное поручительство и должны быть под строгим надзором».
Несмотря на принятые меры, выступления рабочих продолжались. Вину за подрывную деятельность большевики сваливали на меньшевиков и эсеров, которые разлагали части Красной Армии в Брянске, дезорганизовывали работу фабрик и заводов в Петрограде и Туле, мешали налаживанию транспорта. 23 мая 1919 г. Дзержинский от имени ВЧК заявил, что «карающая рука Чрезвычайной комиссии опустится с одинаковой тяжестью на головы тех и других.
Арестованные лев. соц. рев. и меньшевики будут нами считаться заложниками и от поведения обеих партий будет зависеть ихняя судьба».
26 июня 1919 г. председатель ВЧК отдал распоряжение председателю ЧК Великих Лук Матсону о ночной облаве и аресте всех левых эсеров, «даже бывших по имеющимся у Вас секретным сведениям. Одновременно арестуйте спекулянта Ягора, зятя Красно-луцкого, проживающего против Летнего сада, дом тринадцать. При аресте упомяните, что ищите Мошина. Для маскировки арестуйте нескольких правых эсеров, меньшевиков, анархистов. Не трогайте Белоусова и его жену. Примите меры аресту пытающихся уехать по известным Вам подложным бланкам. К арестованным примените самую строгую изоляцию между собой и волей. Об исполнении немедленно телеграфируйте. Дальнейшие инструкции привезет Семенов».
В поле зрения ВЧК постоянно находились наиболее активные члены революционно-демократических партий и церкви. Они как бы находились под постоянным прессом ВЧК, лично Ленина и Дзержинского.
11 марта 1920 г. сотрудник НКИД Я. Л. Берзин сообщил Ленину о том, что цензура НКИД пропустила за границу письмо меньшевика Р. Абрамовича одному из оппортунистических лидеров германской социал-демократии Р. Гильфердингу. Берзин предложил провести чистку аппарата НКИД от враждебных элементов. В этот же день Ленин направил записку в ЦК РКП(б): «за этот случай надо уцепиться, расследовать дело до конца, привлечь на помощь Дзержинского, найти ту «сестру», о коей пишет меньшевик, и вычистить карахановских чиновников».
25 апреля 1920 г. председатель ВЧК отдал распоряжение председателю Тульской губЧК А.И. Каулю о принятии беспощадных мер к меньшевикам и эсерам, инициаторам забастовок. А 2 мая 1920 г. он предложил председателю губЧК Ростова-на Дону К. Ландеру судить меньшевиков на месте и лишь после этого направлять их Москву.
В 1920 г. увеличилось число обращений населения в ВЧК и высшие органы власти и управления по разным вопросам. Так, 21 июля О.П. Кропоткина писала Ф.Дзержинскому о том, что при ее аресте 31 августа 1919 г. в Петрограде у нее были взяты деньги (двадцать пять фунтов стерлингов пятью пятифунтовыми банкнотами). Деньги, как было указано ею в протоколе, были суммой, данной отцом для оплаты за хранение его книг на складе в Лондоне. Дзержинский отказал в удовлетворении этой просьбы.
В сентябре 1920 г. к В.И.Ленину обратился с письмом писатель
A. М. Горький в связи с арестом органами ВЧК председателя коллегии Главного управления по делам кустарной и мелкой промышленности и промысловой кооперации Л. П. Воробьева, который обвинялся в укрывательстве лидера правых эсеров В. М. Чернова и в связях с правой эсеркой И. С. Сермус, нелегально проживавшей в Москве. Между 23 и 26 сентября 1920 г.В.И. Ленин просил Дзержинского проверить и поручить секретарю прислать ему итоги проверки. 26 сентября Дзержинский на письме Горького ответил
B. И. Ленину, что лично проверил дело бывшего эсера Воробьева и установил, что тот скрывал эсеров «по доброте сердечной», а не из политических соображений. Дело было передано в партийный суд. 6 октября 1920 г. Воробьев был освобожден.
20 октября 1920 г. по подозрению в антисоветской деятельности был арестован ВЧК заведующий научно-учебным отделом ЦСУ, профессор Московского университета, сотрудник Наркомпроса П. А. Вихляев. Управляющий ЦСУ П. И. Попов в телефонограмме Ленину от 22 октября 1920 г. просил освободить арестованного, ручался за него и изъявил готовность взять его на поруки.