СНК удовлетворил просьбу Дзержинского оставив, его членом Коллегии ВЧК. Председателем комиссии был назначен Я.Х. Петерс.
В отдельных случаях Дзержинский принимал участие в следствия по левоэсеровскому мятежу. В частности, он вел разбирательство дела морского офицера С. С. Карцев, арестованного ВЧК по подозрению в связях с левыми эсерами. 9 июля 1918 г. после беседы с Карцевым Дзержинский написал справку в ВЧК: «Сим удостоверяю, что тов. Карцев Сергей Сергеевич пришел ко мне как к председателю Вс. Чр. комиссии с докладом о контрреволюционерах, дезорганизующих военные наши силы в Петрограде. Доклад этот у меня, копии переданы тов. Троцкому и Урицкому. С Александровичем тов. С. Карцев познакомился как с товарищем председателя ВЧК, раньше с ним знаком не был. Тов. Карцев явился ко мне по поручению тов. Юренева...С моей стороны препятствий к возвращению тов. С. Карцеву оружия не имеется.
Будучи членом Коллегии ВЧК около месяца, Дзержинский фактически оставался во главе этого ведомства, осуществляя руководство его работой. Так, 22 июля 1918 г. он отдал распоряжение отделу о борьбе с контрреволюцией о розыске и аресте освобожденных по недоразумению членов левоэсеровского штаба Нудьгу, Котляревского, Г. М Орешкина и секретаря ЦК партии лев. с.-р. Сироту . В виду измены партии Дашнакцутюн в Баку, 29 июля, ссылаясь на постановление ЦК РКП(б), он распорядился арестовать «их главарей в Москве как заложников». А всем губЧК была направлена телеграмма: «Ввиду новой волны восстаний, являющихся продуктом меньшевистской и левоэсеровской агитации, учредить самый строгий надзор за этими партиями, забирать заложников из ихней среды, устно заявлять, что они отвечают своей головой. Отречению лев. эсеров не верить».
2 августа 1918 г. постановлением СНК Дзержинский вновь был назначен председателем ВЧК. 15 августа он дал поручение Н.А. Скрыпнику «разыскать и арестовать меньшевиков: Мартова (Цедербаума), Дана д-ра (Гурвича), Б. Горева (Б. Гольдмана), Либера (М. Гольдмана), Потресова и других. «У Вас в политическом отделе и бюро печати, -писал он,- должны быть адреса, по которым (а также по адресному столу) можно установить и адреса вождей...».
27 ноября 1918 г. Дзержинский приказал ЧК Нижнего Новгорода «арестовать федерацию и всех анархистов. Произвести серьезное следствие по распоряжению ВЧК». Такое же поручение было дано и ЧК Курска: «Разыскать федерацию анархистов, арестовать всех. Имеются сведения, что федерация существует тайно в особняке. Произвести серьезное следствие по распоряжению ВЧК».)
По мере упрочения советской власти шло размежевание различных политических партий. Это являлось следствием не только жесткой политики компартии по отношению к антибольшевистским силам, но и наличием близких по содержанию программ. Так, от левых эсеров в ноябре 1918 г. откололись народники-коммунисты. А проходившая в Москве с 6 по 9 февраля 1919 г. конференция меньшинства партии эсеров высказалось за соглашение с большевиками и объединение усилий в борьбе против белогвардейцев и интервентов. В.И.Ленин писал Н.Н. Крестинскому: «Помочь, если Дзержинский не возражает. (Если он против, внести тотчас в Политбюро)».
В сентябре 1920 г. от эсеров откололись революционные коммунисты; в декабре 1919 г. от меньшевиков - социал-демократы - интернационалисты. Летом 1920 г. в РКП (б) вошли боротьбисты, в декабре 1920 г. из партии социапистов-революционеров вышла группа «Крестьянская Россия», ее заграничные представительства были созданы в Чехословакии, Югославии и Франции. 16 марта 1921 г. Всероссийская чрезвычайная конференция «Бунда» приняла предложение Коминтерна о слиянии с РКП(б). В обращении ЦК Бунда члены партии были призваны «внести свой опыт пролетарской борьбы и творческой мысли в ряды единственного руководителя интернационала пролетарской России - РКП». Из ЦК РКП (б) сразу же поступило распоряжение о немедленном слиянии Бунда с РКП(б) - «все члены Бунда автоматически принимаются в члены РКП...».
В дальнейшем была решена судьба Еврейской коммунистической рабочей партии ( Поалей-Цион). 4 декабря 1924 г. по предложению И.В.Сталина опросом членов Политбюро ЦК РКП (б) было принято следующее постановление: «Ввиду того, что ЕКП (П.-Ц.) сама распадается, считать нецелесообразным ее ликвидацию мерами ГПУ, но и не допустить ее регистрацию в НКВД».
Ведя борьбу с революционно-демократическими партиями, Дзержинский не упускал из поля зрения и православную церковь. Политика большевиков была направлена на ликвидацию различных конфессий, как «опиума народа», и органы ВЧК под его руководством поддерживали раскол церкви, вводили различные запреты, устраивали физические расправы над священнослужителями. 25 мая 1918 г. в обращении в СНК Дзержинский писал: «Пензенский архиепископ Путята в конфликте с высшим епископским советом, окончившемся осуждением его и в ответ на это объявлением автокефалии Пензенской епархии.
Необходимо оказать поддержку Путяте».
В связи с открытием 17 августа 1918 г. Вселенского Собора, за два дня до этого Дзержинский отдал распоряжение Н.А. Скрып-нику об установлении наблюдения, послав «туда своего человека- интеллигентного и даже нескольких». 31 января 1919 г. член Всероссийского церковного собора Н. Д. Кузнецов просил СНК разрешить выезд делегации от всероссийского патриарха к константинопольскому патриарху для разрешения общецерковных дел в составе трех человек: епископа, священника и мирянина. 20 февраля В.И. Ленин направил это письмо на заключение Ф.Э. Дзержинскому и наркому юстиции Д.И. Курскому.
В тот же день Курский ответил: «Полагаю, что ходатайство В. П. Собора о разрешении послать делегацию может быть удовлетворено, но встречает с точки зрения декрета и инструкции об отделении церкви, с точки зрения советской политики в этом вопросе». Дзержинский в отличие от Курского, занял иную позицию, выступил против направления делегации. «Духовенство, - писал он, - особенно его высшие иерархи с патриархом Тихоном во главе не только не было лояльно по отношению к Советской России, но и было всегда враждебно и входило в непосредственную связь с врагами России, содействуя планам англо-американским империалистов. Поэтому посылка официального «представительства русского православного народа» в Константинополь за пределы России в страну, находящуюся в руках наших противников, а друзей русских православных иерархов, может только содействовать замыслам врагов наших. Полагаю, что православные иерархи должны отсрочить посылку своей делегации в Константинополь до того времени, когда Советская Россия будет там иметь свое официальное представительство».