Бывшие противники большевиков, перешедшие на их сторону, старались заслужит доверие у руководства ВЧК. Так, бывшие левые эсеры меньшинства (боротьбисты) предложили X. Г. Раковскому убить Б. В. Савинкова и организовать за группами А.Ф. Керенского, В.М. Чернова наблюдение. Они сообщили об этом Дзержинскому, который 18 января 1921 г. ответил: «Такие авантюры нам не нужны». Но на следующий день в письме к Раковскому несколько изменил свою позицию: «Ко мне уже несколько раз обращались добровольцы из б. эсеров (разных толков) с предложением убить Савинкова. Я отклонял эти предложения, так как считаю, что такая авантюра нам никогда никакой пользы причинить не может, а может быть санкцией для их актов против наших товарищей. Но второе их предложение - наблюдение за Керенским, Зензиновым, Черновым и др. вполне приемлемо - и желательно, если это люди для этого подходящие. М[ожет] быть, им пройти через фильтр Ман-цева и приехать к нам в Москву для дальнейшего направления за границу».
В выполнении партийных директив по ликвидации оппозиционных партий в годы нэпа органам безопасности отводилась важная, если не решающая роль. В 1921 г. Секретное отделение ВЧК занималось борьбой с членами различных политических партий: монархистами, кадетами, правыми эсерами, эсерами центра, левыми эсерами, анархистами разных оттенков, меньшевиками, дашнак-цутюновцами, мусаватистами и группировками, входившими в их состав.
В процессе ознакомления с документами и материалами о деятельности оппозиционных партий Дзержинский отдавал конкретные рекомендации своим заместителям об усилении борьбы с ними. Например, 28 февраля 1921 г. он писал Менжинскому, что необходимо дать кому-нибудь секретное задание составить карточки на всех лиц (фамилия, имя, отчество, инициалы), упоминаемых в протоколах и переписке ЦК ПСР с обозначением, что в них говорится и в какой связи, с отметкой, когда был и не был на заседаниях ЦК, что даст возможность знать, кто из них сидит, кого искать и т.д. А также составить списки эсеров первого созыва ВЦИК, Петрограда, Москвы, собрать другие факты и искать их, поручив это сотруднику главного архива И. Вардину. Дополнительные данные можно получить из архива ВЦИК и других организаций.
Председатель ВЧК рекомендовал использовать в печати для разоблачения организаторов мятежей протокол ЦК ПСР от 28 февраля 1921 г. о посылке групп работников помимо Москвы и Петрограда в Поволжье, Урал и Сибирь - в районы восстаний.
СО ВЧК было поручено приложить усилия к вербовке осведомления в среде меньшинства партии эсеров, принять участие в губернских и городских конференциях меньшинства, чтобы «иметь правильное и полное освещение и всестороннюю информацию о внутренней жизни и деятельности организаций М.ПСР». Наряду с этим осведомители должны были выяснять и брать на учет всех членов организаций, имеющих связи с подпольными группами ПСР, «через осведомление в меньшинстве нащупать правых эсеров...».
31 января 1921 г. в циркулярном письме ВЧК № 10 «О партии социалистов-революционеров (правых и центра)» начальником Секретного отдела Т.П. Самсоновым перед чекистами была поставлена задача «вести работу на совершенное уничтожение и ликвидацию партии как таковой «.
На основании установок Дзержинского, наряду с активизацией работы агентурного аппарата, чекисты вели наблюдение и регистрацию членов меньшевистской и эсеровских партий, под разными предлогами срывали их выступления в местной печати, на митингах, задерживали их сторонников во время выборов на 24 часа, после чего отпускали, перехватывали и перлюстрировали корреспонденцию, готовили компрометирующий материал для печати, осуществляли репрессии и др. К началу 1921 г. количество только меньшевиков, содержавшихся в тюрьмах и лагерях, достигло около 2 тыс. человек.
В начале февраля 1921 г. Дзержинскому снова пришлось заняться делом дочери одного из идеологов анархизма П.А. Кропотника, умершего в г. Дмитрове 8 февраля, А.П. Кропоткиной. 9 февраля она обратилась к В.И. Ленину с просьбой в день похорон отца (13 февраля) освободить арестованных анархистов и членов Дмитровского союза кооператоров для участия в похоронах. На следующий день В.И. Ленин писал Дзержинскому: «Посылаю Вам, согласно нашему телефонному разговору, письмо дочери Кропоткина. Надеюсь, удастся освободить тех, за кого она просит. Найти ее через управдел Совнаркома Н. П. Горбунова». К этому времени вопрос уже был решен: 8 февраля 1921 г. В. И. Ленин внес на обсуждение СНК телефонограмму комиссии по организации похорон П. А. Кропоткина с просьбой об освобождении арестованных анархистов для участия в похоронах. СНК постановил направить просьбу в Президиум ВЦИК. 10 февраля Президиум ВЦИК удовлетворил просьбу комиссии и принял решение возложить венок от ВЦИК.
Такое вежливое обращение с родственниками Кропоткина вызывалось большим его авторитетом в революционной среде не только в Советской России, но и за рубежом. Но чекисты не отказались от репрессий к политическим противникам, а, наоборот, их усилили в связи с Кронштадтским мятежом и активизацией повстанческого движения в ряде районов страны.
В это время в области политического движения параллельно наблюдалось два процесса: распад партий и борьба с ними чекистов, которая не прекращалась ни на минуту. В ВЧК одно за другим шли донесения губернских ЧК об арестах меньшевиков, эсеров, анархистов и др. Так, в конце апреля 1921 г. в Севастополе был арестован местный комитет РСДРП в количестве десяти человек, конфискована печать с лозунгом «Да здравствует Учредительное собрание». В июне 1921 г. в Смоленске чекистами было ликвидировано временное Центральное бюро анархистов Запада России, как незаконный, самочинный орган, отобрана печать, изъяты все документы, а члены Бюро лишены права «функционирования от лица этого учреждения»’.