Тюрьмы и лагеря пополнились новыми заключенными по политическим мотивам: меньшевиками, эсерами, анархистами всех толков, беспартийными социалистами и др. Но заметим, что все же их численность постепенно сокращалась в тюрьмах и лагерях и увеличивалась в местах ссылки. Если в феврале 1921 г. в тюрьмах содержалось 1,5 тыс. меньшевиков, то в сентябре - 846, в декабре - 262, а к 21 апреля 1922 г. - несколько десятков.
В этих условиях руководство ПСР и РСДРП(м) старалось принять адекватные меры, которые бы помогли сохранить партии от разгрома чекистами. Так, Центральное организационное бюро ПСР 8 июня 1921 г. выпустило циркулярное письмо, в котором наметило меры борьбы с теми, кто покидал партию и мог выдать ее секреты, в целях «самозащиты против практикуемой правящей партией системы использовать в целях сыска и провокации лиц, уходящих из партии». Затем оно потребовало: «сохранение в тайне тех сведений о внутренней партийной жизни, которыми располагает выходящий и огласка которых может быть использована розыскными организациями во вред партии».
Меньшевики через журнал Заграничной делегации РСДРП «Социалистический вестник», распространявшийся нелегально и имевший широкое хождение в рабочей среде Советской России, постоянно информировали общественность об арестах своих сторонников, режиме содержания их в тюрьмах, лагерях и ссылке. Например, в № 10 от 19 июня 1921 г. сообщалось, что в Лефортовской тюрьме находятся члены ЦК РСДРП Ежов, Б.И. Николаевский, А. Плесков, члены ЦК ПСР А.Р. Гоц, Е. Тимофеев, А. Цейтлин, С.В. Морозов; члены ЦК партии ЛСП - Б.Д. Камков, И. Майоров, М. Самохвалов, Я. Богачев.
Связь эсеров с мятежниками не только в Кронштадте, но в других районах страны, и поддержка их меньшевиками были очевидны. Поэтому еще 13 марта 1921 г. Ф.Э. Дзержинский отдал распоряжение «собрать все материалы о замыслах и делах Антанты, социалистов-революционеров (всех групп) за границей и у нас и связать их с вспыхивающими восстаниями и заговорами для составления правительственного сообщения. Полагаю, что надо это возложить на Т.П. Самсонова, Я.Х. Давыдова и Б.М. Футоряна. Последнему собрать воедино. Работа очень спешная». Это были меры по мобилизации общественного мнения на сторону советской власти в условиях нарастания активности ее противников: во многих районах создавались вооруженные отряды, забастовки следовали одна за другой, в городах и селах разбрасывались листовки, как это случилось в Москве, Петрограде, Курске, Омске, Брянске и в др. городах.
Некоторые руководители РКП (б), в частности, Г. Е. Зиновьев настаивали на расстреле ряда лидеров эсеров и меньшевиков, считая их заложниками за Кронштадт. Он из Петрограда направил в ЦК РКП (б) и СНК РСФСР телеграмму с просьбой разрешить применение такой меры, но получил отказ. О событиях того времени и настроении охранников написал один из лидеров меньшевиков Ф.И. Дан: охранники после ареста «на нас волком смотрели и, вероятно, готовы были тут же на месте убить нас». «Поверьте, - говорил Дану начальник охраны, - я очень уважаю Вас и всей душой желаю вам всего хорошего. Но, если мне сейчас прикажут расстрелять Вас, я сделаю это сию же минуту.. .Более чем год спустя Радек подтвердил это».
После подавления Кронштадтского мятежа борьба чекистов с оппозиционным и партиями была сосредоточена на ПСР и меньшевиках, служителях церкви и забастовщиках. В марте 1921 г. Дзержинский предлагает привлечь к ней даже профсоюзы и Союз Молодежи. «Пусть, - писал он Мессингу, - МГСПС и ВЦСПС и Цек-тран выделят комиссии с нашими представителями для этой цели.
Кроме того, можно бы привлечь и из Союза Молодежи -особо с.-р. надо разбить в прах, ведя подготовительную работу для кампании против меньшевиков».
Помимо публикаций статей и писем 26 марта 1921 г. председатель ВЧК поручил Т.П. Самсонову собрать материал для подготовки правительственного сообщения - «обвинительного акта всех грехов» эсеров и меньшевиков». А для борьбы с массовыми демонстрациями изыскать способы борьбы с массой, потому что против рабочих нельзя применять оружие. - «необходимо нам выработать план и организацию противодействия без оружия», для чего образовать комиссию из представителей ВЧК, МК, ЦК и Военного ведомства и разработать проект, основанный на использовании московского опыта.
Массовые репрессии зачастую приводили к аресту людей, не имевших никакого отношения к оппозиционным партиям. 17 марта 1921 г. Ленин писал Дзержинскому, Зиновьеву и в Петроградскую ЧК: «Настоятельно прошу не арестовывать без моего ведома Петра Семеновича Осадчего\ он не должен быть смешиваем с Павлом Сергеевичем Осадчим - эсером. Первый никакого отношения к эсерам не имеет, за что абсолютно ручается т. Кржижановский». 21 марта 1921 г. в ВЧК пришел ответ из Петрограда на письмо В. И. Ленина, и секретарь ВЧК, по указанию Дзержинского, сообщил телефонограммой в СНК В. И. Ленину, что ректор Петроградского электротехнического института Петр Семенович Осадчий был арестован во время кронштадского мятежа и уже освобожден и что его с Осадчим - эсером Петроградская ЧК не смешивала. 1 апреля 1921 г. постановлением Петоградской ЧК дело по обвинению П. С. Осадчего было прекращено.
21 апреля 1921 г. ВЧК представила в ЦК РКП (б) примерный план своей работы, в котором были предусмотрены: «доликвидация» эсеровской и меньшевистской партий, усиление надзора за их членами, продолжение систематической работы по разрушению аппарата партий, а также осуществление массовых операции против в масштабе всей страны, в том числе «чистка Саратова и Самарской губернии». Чистка означала прежде всего исключение из партии и увольнение из государственных учреждений меньшевиков и эсеров, в том числе тех, которые перешли к большевикам. Это вытекало из отношения к таким меньшевикам В.И. Ленина, который писал: «По-моему, из меньшевиков, вступивших в партию позже начала 1918 г., надо бы оставить в партии примерно не более одной сотой доли, да и то проверив каждого оставленного трижды и четырежды».