По горячим следам для расследования дела создана комиссия под председательством Дзержинского. В сообщении ВЧК утверждалось, что финские белогвардейцы, пользуясь эмигрантской склокой и неопытностью группы финской молодежи, сделали ее слепым орудием своих планов. На самом деле это было продолжением внутрипартийной борьбы в компартии Финляндии. Участники нападения были осуждены, содержались в тюрьме, а затем были высланы на постоянно жительство в Читу.
В конце ноября 1920 г. Дзержинский занимался делом Галана, 9 ноября обратившимся к В. И. Ленину с письмом, в котором указал на ошибочность выдвинутого против него обвинения в критике ряда коммунистических организаций и на незаконность его ареста 12 октября 1920 г. 25 ноября 1920 г. В.И. Ленин направил письмо Ф.Э. Дзержинскому, высказав возмущение из-за «вообще неудачного» ответа начальника ИНО ВЧК Могилевского. В ответе арест мотивирован «критикой советской власти». - «Мотив нелепый. Из дела же видно, что суть совсем не та. Суть - заявление Мериногра-циа, делегата Коминтерна. Он нашел Галана подозрительным. И Галан не нашел ни свидетелей в свою пользу, ни доказательств.
При таком положении дела странно, что т. С. Могилевский, поторопившийся первый раз (неудачная мотивировка), поторопился затем второй раз (освободил Галана 21/Х1)
Как теперь быть, надо обдумать. Может быть, правильнее всего было бы:
1. спешно навести добавочные справки, формально допросив еще раз Мееровича и затребовав отзыв Коминтерна, проверив, кто такой Меринограциа, кто может и должен знать Галана (Бухарин говорил мне на днях, что из Испании, есть здесь еще приехавшие) и т. д.;
2. после этого Галана, если он останется подозрительным, арестовать вторично, потребовав от него: докажите, что вы от такой-то организации, что вы можете найти свидетелей за вас».
После расследования дела в декабре 1920 г. Галан выехал за границу.
В конце Гражданкой войны, проанализировав положение в РКП (б), Дзержинский считал, что причины всех ее болезней - война, увеличение численности, слабая подготовка новых членов партии, а также нищета, примазавшиеся и привилегии партийных чиновников.
Переход к новой экономической политике был началом одного из кризисов в РКП (б). Это выразилось в партийных дискуссиях, в недовольстве политикой руководства РКП(б) в центре и на местах. Например, в середине февраля 1921 г. в Челябинске рабочие и рабочие- коммунисты выступили против губкома и губревкома с требованием перерегистрации всех членов партии губернии. На секретном совещании рабочих коммунистов с участием районного железнодорожного комитета был избрана тройка для руководства вооружением рабочих. 15 февраля секретарь ЦК Л. Серебряков и Ф. Дзержинский от имени Оргбюро ЦК РКП (б) телеграфировали в Екатеринбург Пятакову о том, что ему поручено срочно выехать в Челябинск для принятия от имени ЦК срочных мер. ВЧК уполномочила его, кого посчитает нужным из губЧК, выслать в Москву в распоряжение ВЧК и, если потребуется, временно назначить нового председателя.
Накануне X съезда РКП(б) (3 марта 1921 г.) Дзержинский писал И.П. Павлуновскому: «...Сейчас переживаем самое трудное время. Партийный съезд, надеюсь, создаст снова единую волю, без которой победить будет немыслимо. Сейчас надо снова стать бойцами как в октябрьские дни».
В мае 1921 г. вместе с М.В.Фрунзе и И.В.Сталиным в составе специальной комиссии ЦК РКП (б) Дзержинский расследовал антипартийную деятельности Томского и в это же время по поручению ЦК РКП (б) принял участие в разработке и подготовке документов по проведению чистки партии. В сентябре 1921 г. на заседании Оргбюро ЦК РКП (б) он выступил с докладом «О порядке и способах поверки и чистки РКП(б)».
В марте 1922 г. XI съезд РКП(б) создал комиссию в составе Ф.Э. Дзержинского, Г.И. Петровского, С.М. Кирова, Е.М. Ярославского и других делегатов съезда, которой было поручено расследовать фракционную деятельность одной из организаций «рабочей оппозиции» (так называемой «группы 22-х»).
В конце 1922 г. Дзержинский выехал в Грузию для разбора дела группы национал-уклонистов во главе с П.Г.Мдивани, выступившей против образования Закавказской федерации и вхождения в нее Грузии. Дзержинскому не удалось ликвидировать конфликт, наоборот, он его усугубил категоричностью суждений и своим нетактичным поведением. 12 декабря 1922 г. Дзержинский возвратился в Москву. Ленин в письме «К вопросу о национальностях или об «автономизации» отметил, что Дзержинский «отличился тут тоже только своим истинно русским настроением...».
К 1923 г. в РКП (б) действовали две нелегальные оппозиционные организации «Рабочая группа» и «Рабочая правда».
«Рабочая группа» возглавляла забастовочное движение, создавала конфликтные ситуации в партийных организациях, стояла за всеобщую политическую стачку.
В «Рабочую правду» в основном входили пролеткультовцы, бывшие меньшевики и бундовцы. Идейным вдохновителем ее являлся А. Богданов, исключенный из большевистской партии за оппортунистическую деятельность еще в 1909 г. Эта организация предлагала партии схему общественного развития, основой смысл которой сводился к тому, что на смену империализму в связи с «некультурностью» рабочего класса должен прийти не социализм, а госкапитализм во главе с буржуазией нового типа. «Рабочая правда» отрицала социалистический характер Октябрьской революции, требовала предоставления избирательных прав эксплуататорским классам и различных уступок буржуазии.
Особое внимание Дзержинского было уделено лидеру оппозиционной сталинскому руководству «Рабочей группы» Г.И. Мясникову. В июне 1922 г. он отдал распоряжение Агранову проверить достоверность показаний Блодвина в ЦКК РКП (б) об окружении Мясникова: Кузнецова, Петрова, Кликанова и Железянка, и если необходимо, то задержать их; уточнить, когда Демидов и Берзина были исключены из партии, выявить связи Хохлова с «Рабочей Группой», «обратить сугубейшее внимание» на железные дороги; представить дело «1У Интернационала» и ликвидировать эту группу; предоставить список арестованных и «дойти до последнего человека из «Рабочей, группы».