Исключенный из партии Г.И. Мясников обвинил ее руководство в антирабочей политике и жесткой цензуре. В письме к В.И. Ленину, в мае 1923 г. выступил против жестких мер цензуры: «Я хочу свободы слова и печати для меня - пролетария, который состоит в партии 16 лет и состоит не за границей, а в России. Из 11 лет до 17 г. моей партийности 7,5 лет сидел в тюрьмах, на каторге, где 75 дней в общей сложности голодал в виде протеста. Был нещадно избиваем, подвергался пыткам... Вы разве не знаете, что за такой разговор, который веду я, не одна сотня и тысяча пролетариев сидит в тюрьмах...».
Учитывая тот факт, что «Рабочая правда» и «Рабочая группа» выступили против политики партии, Политбюро ЦК РКП (б) создало комиссию во главе с Дзержинским, которой было поручено расследовать деятельность этих организаций и доложить о намечаемых мерах по ее пресечению. В августе 1923 г. на заседании Политбюро ЦК и в сентябре на пленуме ЦК, проходившем при участии представителей 60 крупных партийных организаций, Дзержинский доложил о положении в партии в связи с деятельностью «Рабочей правды» и «Рабочей группы». Он отметил, что руководитель «Рабочей группы» Г.И. Мясников, находясь в Германии, при содействии одного из лидеров левооппортунистической группировки в Германской коммунистической партии Рут Фишера напечатал 4 тыс. экземпляров так называемого «Манифеста «Рабочей группы РКП», носившего ярко выраженный антисоветский характер.
7 сентября 1923 г. Дзержинский направил полпреду СССР в Германии Н.Н. Крестинскому письмо с выпиской из постановления комиссии НКВД об отмене ее постановления от 25 мая с. г. о высылке за границу Гаврила Ивановича Мясникова. Он просил Крестинского лично вызвать Мясникова к себе и объявить ему об отмене высылки и разрешении вернуться в СССР.
Высылка был отменена, ввиду того, что пребывание Мясникова в Германии стало нежелательны, вследствие развитой им антипартийной и антисоветской работы и установлении им контакта с левым крылом Германской компартии. Необходимость возвращения Мясникова на родину была признана руководством РКП (б). В конце письма Дзержинский просил Крестинского «принять все меры к тому, чтобы Мясников выехал немедленно обратно в Совроссию». «Из беседы с Вами, - подчеркнул он, - у Мясникова должно сложиться впечатление, будто вопрос о репрессиях против него отпал. О достигнутых Вами результатах просьба меня уведомить».
Мясников вернулся из Германии и был изолирован сотрудниками ГПУ. Ему предъявили обвинение во враждебных акциях против партии и Советского государства.
25 сентября 1923 г. Пленум ЦК РКП (б) принял специальное постановление по докладу Дзержинского, в котором отмечалось, что участие в «Рабочей группа» и «Рабочей правде» и оказание содействия им являются несовместимыми с пребыванием в партии.
Осенью 1923 г., воспользовавшись экономическими трудностями и болезнью В. И. Ленина, троцкисты развязали новую дискуссию в партии. Дзержинский особенно остро реагировал на действия троцкистов. Он обратил внимание коммунистов на важность борьбы с ними, раскрыл политический вред оппозиции, отметив в одной из своих записок, что в борьбе против троцкистов на карту поставлена судьба большевистской партии и государства. «За партию, - писал он, - дело немалое. Вопрос идет, быть ли нашей большевистской ленинской партии коммунизма или нет. Вопрос идет, быть ли Советскому Союзу Республик или нет».
В начале октября 1923 г. в ЦК РКП(б) поступило письмо Л.Д. Троцкого и «заявление 46-ти», подписанное троцкистами, децистами, остатками групп «левых коммунистов» и «рабочей оппозиции». Это была попытка троцкистов противопоставить рядовых коммунистов партийному аппарату, добиться свободы фракции и группировок внутри партии. Дзержинский возглавил избранную пленумом комиссию по выработке резолюции. Одна из правок проекта резолюции, внесенная Дзержинским, дает четкое представление о его предложениях, направленных на укрепление единства партии: «Пленумы ЦК и ЦКК с представителями 10-ти парторганизаций признают выступление Троцкого в переживаемый международной революцией и партией ответственнейший момент глубокой политической ошибкой в особенности потому, что нападение Троцкого, направленное на Политбюро, объективно приняло характер фракционного выступления, грозящего нанести удар единству партии и создающего кризис партии».
В проекте резолюции подчеркивалось, что «революционным долгом всех активных работников партии является обеспечить ЦК-ту в это трудное время полное доверие и непоколебимую поддержку»'. (Курсив Ф.Э. Дзержинского- Авт.). В выступлениях оппозиционеров противники большевиков за рубежом увидели симптом раскола партии. Ведущая газета американской буржуазии «Нью-Йорк тайме» писала 23 января 1924 г., что «в РКП (б) начался процесс распада, который приведет к окончательному крушению партии. Конец, возможно, является вопросом нескольких месяцев». Имея в виду эти выступления буржуазной и белоэмигрантской прессы, Дзержинский отмечал: «Когда наши враги замечают те или другие внутренние трения или разногласия, они это стараются раздуть и сделать из этого колоссальнейшую основу для раскола. Если вы будете читать и следить за заграничной прессой, за газетами наших врагов, вы увидите, как они ловят всякие слухи, всякие сплетни и разукрашивают их и говорят о том, что партии приходит конец...».
19 ноября 1923 г. Дзержинский вернулся делу Г.И. Мясникова. В письме в ЦК РКП (б) на имя В.М. Молотова он отметил: «Считаю пребывание Мясникова на свободе сугубо опасным. Во-первых, для всех это непонятно и является доводом, что ЦК боится его или чувствует свою неправоту в отношении «Раб. группы», ибо Мясников абсолютно не изменил своих взглядов и этого не скрывает.