При ведении партийно-политической воспитательной работы в частях и подразделениях Дзержинский подчеркивал важность учета специфики службы родов войск. Он отмечал, что, например, части войск ВЧК не похожи на полевые дивизии. Часто выступая перед воинами, он находил время для задушевных бесед, считая, что личное воздействие наиболее сильное средство воспитания и без него невозможна политическая деятельность. В воспитательной работе советовал опираться на коммунистов и на тех воинов, которые имели политическую закалку и опыт службы, рекомендовал воспитывать своим личным примером. По своей инициативе и по поручению высших партийных органов Дзержинский, как член ЦК партии, изучил положение дел в ряде армейских партийных организаций. Так, в конце февраля 1919 г. в ЦК РКП (б) поступила анонимка на начальника Управления снабжении Красной Армии Аржанова о том, что на собрании при обсуждении политики партии эсеров было сорвано принятие резолюции за высшую меру наказания, так как один из коммунистов сослался на мнение Аржанова, Но это имело обратный эффект, так как «спецы его ненавидят». Аржанов же на собрании не присутствовал. По инициативе ячейки на собрании был выставлен караул, потому что «служащие не желают ходить на собрания, и такой метод вообще, а не только к этому собранию применялся ячейкой». 27 февраля 1919 г. Дзержинский сообщил в Оргбюро ЦК РКП(б), что «ячейка крепкая», и «в связи с этой анонимкой не следует ячейки обревизовывать. Просмотреть состав служащих, произвести чистку среди них. Запретить ячейке выставлять караулы. Произвести это через ПУР и в ведомственном порядке.
25 июля 1922 г., в связи с тем, что Оргбюро поручило ему обследовать красноармейскую ячейку в Москве, Дзержинский просил Ягоду наметить «несколько ячеек, находящихся в различных условиях, с различным составом и дать мне свои соображения, какую ячейку желательно обследовать и Ваш проект порядка обследования и самого его содержания. Такое обследование в результате может иметь соответств. меры со стороны ЦК, а потому желательно подойти к этому вопросу основательно».
Дзержинский требовал воспитывать красноармейцев активным строителями нового общества, готовить их уже в армии к работе в трудовых коллективах. Для демобилизованных красноармейцев была составлена памятка. Вот ее подзаголовки: «Не на отдых ты едешь!.. Помоги местному совету!...Не забудь о семьях красноармейцев!... Разъясни декрет о землепользовании!...Помоги собрать продналог!.. Организуй помощь голодающим!... Борись с суевериями!...Разъясни коварство хищников-капиталистов».
Особое внимание председатель ВЧК-ОГПУ уделял демобилизованным красноармейцам и командирам. Он лично занимался организацией продвижения эшелонов с демобилизованными. Так, 18 января 1921 г. он запросил В.Л. Герсона о принятых мерах по письму председателя ревтрибунала 4-й Армии Перфильева о непорядках при перевозке демобилизованных по железной дороге на станциях Джанкой, Харьков, Орел, Курск, вызвавших массовые недовольства красноармейцев. После получения сообщения
М.И. Калинина о задержке эшелонов с уволенными в запас красноармейцами он отдал распоряжение о расследовании причин и привлечении виновных к строжайшей ответственности, 16 марта 1921 г. Дзержинский выступил против разрешения освобождать демобилизованных по месту нахождения. - «Есть опасения, что если это примет широкие размеры, образуются бандиты».
4 апреля 1921 г. после ознакомления с докладом уполномоченного ТО ВЧК по эксплуатации НКПС Федведева о расследовании случая задержания в подаче 15 оборудованных теплушек к изоляционному пропускному пункту ст. Москва-товарная РязаноУральской железной дороги для перевозки демобилизованных красноармейцев, председатель ВЧК распорядился сообщить итоги расследования «соответствующим учреждениям для наказания виновных с просьбой уведомления о принятых мерах. О конечном результате сообщить т. Склянскому».
В конце декабря 1921 г. в ВЧК поступили сведения о незаконных действиях 17 декабря некоторых делегатов, следовавших на IX съезд Советов, на ст. Лихая по отношению к начальнику поезда. Они требовали отцепить теплушки с демобилизованными красноармейцами. Их поддержал уполномоченный ВЧК Визнер. 23 декабря Дзержинский приказал Визнеру представить свои объяснения по этому делу.
Председателя ОГПУ беспокоило состояние дел в правительственном комитете по делам мобилизации. «При сем бумага из комитета по делам мобилизации, - писал 22 августа 1924 г. З.Б. Кац-нельсону Дзержинский, - наводящая на мысль, что этот комитет паразитическое учреждение. Я подозреваю, что там может гнездиться и военный шпионаж, и экономический шпионаж, и саботаж, и все, что угодно. Необходимо ими заняться вплотную и выявить:
1) личный состав, их прошлое,
2) их работу: кому от нее и какая польза,
3) их смета и оклады, штаты и имущество,
4) постановки дела с точки зрения конспирации и секретности,
5) их отчетность.
Это делать надо путем агентуры, собрания всех сведений и формальной ревизии. Поэтому разбирательство по делу этого комитета должно было вестись с участием представителей РВС республики, ЦКК, РКИ и ОГПУ».
В конце 1923 г., получив данные о наличии контрреволюционных сил в армии Западного фронта и о ведении ими подрывной работы в частях, Дзержинский предлагает В. Р. Менжинскому «наметить план наблюдения и выяснения также мер по усилению нашего наблюдения и по предупреждению всяких возможностей. Меры должны быть приняты по всем линиям нашей работы: ос(обые) от(делы), КРО, погранохрана, губотделы, а также по линии партии - ЦК и губкомы».