Дзержинский требовал от аппарата ведомства безопасности разоблачать ложь о Красной Армии. 11 августа 1922 г. он распорядился арестовать бывшего слушателя военной академии М.А. Кручинского-Шуфа «по обвинению в клевете с контрреволюционной целью» за его сообщение «О положении в Академии» -«Это бред маньяка или авантюриста. Необходимо ознакомить тт. Белобородова. Бубнова др. (комиссию ЦК по делу Кручинского) и т. Склянского»
31 августа 1922 г. в «Известия» появилась статья «Очередная ложь». Речь шла о заграничных радиосводки, сообщивших о бегстве в Эстонию начальника штаба РККА Платона Лебедева. Ягоде было поручено «выяснить источники такого сообщения. Ознакомиться с ними в подлиннике». 31 августа 1922 г. в записке Ф. Э. Дзержинскому Г.Г. Ягода указал, что Платон Лебедев даже не родственник генералу П.П. Лебедеву, который принял эстонское гражданство.
Важное значение для укрепления обороноспособности страны и армии имела работа особых отделов.
Внутренняя и внешняя контрреволюция объединенными усилиями стремилась всячески ослабить боевую мощь Красной Армии, вела работу по созданию в войсках подрывных антисоветских организаций, сбору разведывательных данных, разложению частей и соединений. Подрывная работа выражалась не только в сборе шпионских сведений, но и в попытках создать свои опорные пункты в войсках, в распространении антисоветских листовок, в дискредитации командного состава РККА и РККФ. За положением дел в частях, на предприятиях военной промышленности, в советских учреждениях следили спецслужбы противника.
Дзержинский усматривал прямую связь иностранной агентуры с подготовкой антисоветских выступлений. Особую опасность для боеспособности РККА и РККФ представляла агентура противника в штабах, частях и учебных заведениях. Об этом свидетельствовали многие факты. Так, летом 1921 г. 00 ВЧК в Красной Армии была установлена заговорщицкая организация под названием
Донская повстанческая армия, которая подразделялась на девять т.н. «полков», объединенных штабом ДПА во главе с командующим, скрывавшимся под именем Орленок. Он оказался слушателем Академии Генштаба, коммунистом с 1918 г., опытным боевым командиром Красной Армии и в момент ареста был начальником штаба 14-й кавалерийской дивизии армии С.М. Буденного.
Как отмечалось в одном из циркуляров ОГПУ, агентура противника ставит основной задачей по сбору сведений через широкое знакомство прежде всего с начальствующим составом, многими военнослужащими, использует «нашу болтовню, несдержанность. В целях того военные атташе устраивают банкеты для представителей штаба РККА. Наши товарищи часто на этих банкетах напиваются... Васильев Н. Г. - начальник отдела ЦУПВОСО, будучи в доме отдыха, среди отдыхающих рассказал о совершенно секретной командировке в Китай; Сунгуров С.Я. - помощник начальника штаба 8 стрелкового полка УВО рассказал о выполнении в Китае важного задания».
Агенты Савинкова под видом бывших офицеров царской армии возвращались на родину. Они были снабжены николаевскими деньгами, документами и имели задание устраиваться на службу советские учреждения, воинские части и извещать об этом свои организации.
Контрразведывательным обеспечением армии и флота занималась советская военная контрразведка, которая была создана 19 декабря 1918 г. решением Бюро ЦК РКП (б) с участием В. И. Ленина. Основой задачей Особого отдела стало ограждение Красной Армии от происков контрреволюции. «Дело Красной Армии, - писал Ф. Э. Дзержинский, - защищать социалистическое Отечество. Наше дело - защищать армию от всего того, что может ослабить или замедлить ее удар, что может причинить ей вред и вызвать лишние жертвы».
В целях укрепления Красной Армии по линии Особого отдела ВЧК в течение апреля-мая 1919 г. был принят ряд мер.
В соответствии с решением Совета Обороны от 7 апреля Особый отдел объявил 18 апреля учет всех бывших военных специалистов по следующим категориям: 1 .Бывшие офицеры Генштаба, военные инженеры, артиллеристы, кавалеристы, саперы. Минеры, понтонеры, офицеры телеграфных и железнодорожных войск, автомобильных, броневых и радио частей.
2.Бывшие военные чиновники, служившие раньше в штабах, управлениях и учреждениях Военного ведомства.
3.Медицинские работники: врачи лекарские помощники, форма-цевты.
С 24 по 31 мая Особый отдел провел переосвидетельствование медицинских работников, состоявших на службе в учреждениях и лечебных заведениях: Красного креста, Центропленбежа, железных дорог и др..
И после окончания Гражданской войны Дзержинский указывал, что особые отделы в новых исторических условиях являются «одним из самых значащих помощников как для нашего правительства, так и для нашего военного командования в деле укрепления нашей Красной Армии». Совместная, дружная работа командования, революционных трибуналов и особых отделов должна была «предохранить армию от разложения и тлетворного влияния антисоветских элементов», а также содействовать развитию оборонной промышленности, всего народного хозяйства страны. Работая в ВСНХ, Дзержинский в обращении к сотрудникам особых отделов писал: «Надеюсь, что именно особые отделы будут той правой моей рукой, которые в этой области могут принести мне большую помощь».
С первых дней своего существования особые отделы работали по директивам и под контролем большевистской партии, ЦК которой строго следил за выполнением ими важнейших партийных постановлений и решений СНК и СТО по борьбе с контрреволюцией, шпионажем, бандитизмом и сохранностью государственной и военной тайн.