12 января 1921 г. Дзержинский подписал приказ о борьбе с хищениями кольев и щитов, устанавливаемых для борьбы со снежными заносами на железных дорогах. Он предложил принять следующие меры: круговая порука населения ближайших к железнодорожной станции и проживающих в полосе отчуждения железнодорожников; виновные в хищении передаются ревтрибуналу, так как все железные дороги объявлены на военном положении; надзор за сохранностью кольев и щитов и проведение мер борьбы возложить на ВНУС и железнодорожную милицию, а контроль за выполнением несения охраны - на ОРТЧК..
После Гражданской войны транспорт был технически разрушен, железнодорожная сеть не представляет единой системы, взорваны пути, мосты, выведено из строя большинство паровозов. В начале 1920-х гг. серьезное влияние на работу транспорта оказывало перемещение беженцев, военнопленных и др. Из доклада Центроэ-вака видно, что с 1 января по 1 декабря 1921 г. предстояло вывезти из России и Украины 783 тыс. поляков, 60 тыс. латышей, 80 тыс. литовцев и др., ввести в Россию и в Украину 104,3 тыс. политических заключенных из стран Западной Европы.
Начальники ТО ВЧК и ТЧК всех наименований понесут строжайшую личную ответственность за нарушение настоящего приказа как ими, так и их подчиненными».
Ввиду крайне тяжелого положения транспорта, постановлением СТО от 15 апреля 1921 г. органы ВЧК были обязаны арестовывать всех лиц, нарушавших правила пользования железнодорожным транспортом, проезжавших на паровозах и на тормозных площадках «на предмет дальнейшего направления их в концентрационный лагерь сроком до 5 лет». В дополнение к этому 1 июня 1921 г. СТО принял постановление о пресечении беспорядочного перемещения беженцев.
В тот же день Дзержинский приехал в Одессу, где ознакомился с работой Одесского отдела Юго-Западных железных дорог, управления Черноморского транспорта, морского порта, Одесской губЧК и в течение трех дней провел несколько совещаний с сотрудниками этих учреждений. Положение Одесского порта было сложным. При отступлении весной 1919 г. интервенты увели из порта 112 торговых судов, разграбили все склады и базы.
Спустя 4 месяца, в августе 1919 г. в город ворвались деникинцы, которые в течение полугода довершили процесс разрушения порта и судов. Из 62 причалов годными к эксплуатации остались лишь 29. После освобождения Красной Армией Одессы зимой 1920 г. в порту сохранился только одно исправное «судно» - разъездной катер.
После поездки в Одессу для более эффективной борьбы с контрреволюционными и должностными преступлениями была несколько изменена структура органов безопасности. 27 июня 1921 г. при ВЧК создано Бюро содействия транспорту, как составная часть ЭКУ под председательством Дзержинского. В состав Бюро вошли Дальгаз, Финляндский, Благонравов, Барановский и Гер-сон. Работа бюро стала осуществляться через аппараты всех отделов ВЧК.
По текущим распоряжениям Дзержинского видно разнообразие круга вопросов, которыми ему пришлось заниматься. По его предложениям принимались меры по ужесточению наказания за нарушение железнодорожных правил. Так, 29 сентября 1921 г. решением высших органов власти было рекомендовано направлять в концлагеря работников транспорта и «элемент антисоветский, уклонившийся, самым тщательным образом надо установить и, если он окажется преступным, препроводить в концентрационные лагеря». 3 января 1922 г. агенты ТЧК были обязаны «оказывать всяческое содействие медицинскому персоналу в производстве надзора санитарных мероприятий в полосе отчуждения»; с 23 июня приказом НКПС и ТО ГПУ агентам ТО ГПУ предоставлено право проверки у пассажиров личных документов, помимо билетов и дорожных документов на грузы.
Дзержинский относился нетерпимо к фактам, когда по вине сотрудников ГПУ были какие-то сбои в работе транспорта. Так, в марте 1922 г. он направил телеграмму С.А. Мессингу: «В 24 часа сообщите мне, почему отведены капитан парохода «Карл Маркс» и другие. Такие отводы накануне отхода парохода являются дезорганизацией транспорта. Отводы должны быть предъявляемы организованно и заблаговременно по спискам комсостава МОРТРАНА. ПП ВЧК поручается наказать виновных».
11 апреля 1922 г. Дзержинский дал указание Ягоде подготовить предписание, указав в нем, что если особые отделы будут дезорганизовывать работу транспорта, то будут беспощадно наказываться. - «Действия ос. отд. и вообще органов ГПУ не должны задерживать отправлений поездов и пароходов».
В начале ноября 1922 г. Дзержинский просил Благонравова «через ЭКУ или иным путем собрать сведения об аппаратах и средствах Главного Управления Государственными сооружениями о строительстве новых железных дорог и проведении изыскании по проведению новых линий, как в центре, так и на местах: бюджет, штаты, оклады, склады, снабжение, ставки по коллективному договору, характеристика по постановке дел - хозяйственности и экономии, успешности построек, перечень работ, характеристика руководителей, подрядчики и посредники». Речь шла о правильном расходовании средств.
Уже перестав быть наркомом путей сообщения, Дзержинский интересовался положением дел в НКПС, но в большей мере как руководитель ГПУ-ОГПУ. Так, 2 апреля 1925 г. он просил Благонравова заняться установлением учета и наблюдения за положением на железных дорогах и расследовать, не причастны ли поляки к увеличению крушений и происшествий, особенно на Казанской железной дороге. - «Где живут и что делают поляки ж. - дорожники, переведенные с западных дорог?».
3 июня 1921 г. он обратил внимание Благонравова: на Управление Юго-Восточных железных дорог. По сведениям начальника ДТЧК, там подобрались контрреволюционеры (Таллако, Мовчан, Кухарчук и Аплаксин). - «Надо выяснить личность этого последнего, розыскиваемого ВЧК, и почему он розыскивается. К арестам пока не надо прибегать. Затребуйте сведения о работе дороги (по эксплуатации, тяги, пути, управления) и сообщите мне...За Таллако и Мовчаном должно быть тщательное наблюдение».