Важнейшей задачей чекистов была борьба с хищениями и охрана грузов на транспорте. 4 июля 1921 г. Дзержинский снова обратился к Благонравову на этот раз по поводу охраны сооружений и грузов на железных дорогах. Он просил его подготовить проект, согласованный с другими ведомствами, и решить вопрос: кто должен нести охрану сооружений и грузов в поездах (милиция, сторожа, войска ВЧК). - «Надо раз навсегда уничтожить параллелизм. Я готов склониться к мысли не брать эту обузу на НКПС». При разработке постановления Дзержинский предложил повысить персональную ответственность - «Борьба должна быть беспощадная. Надо внести в СТО драконовских мер наказаний проект. Дать директиву всем ЧК, трибуналам. Наказание служащим или работающим на путях за хищения должны быть суровые меры. Это широко надо оповестить, расклеив по вагонам и станциям.
В совещании по этому вопросу должны были принять участие представители ТО ВЧК, штаба РККА, ГУПВОСО, милиции, и НКПС. К этому совещанию: собрать все проекты иданные о современном положении, и разработать отношение ВЧК.
Охрана грузов на магистралях беспокоила и В.И. Ленина. 15 июля 1921 г. он просил Дзержинского и Уншлихта «принять самые энергичные меры борьбы и сообщить мне, что именно вы сделали и как установили проверку действенности принятых мер».
В результате всестороннего обмена мнениями 16 ноября 1921 г. наряду с повышением ответственности железнодорожников, охрана грузов и сооружений на путях сообщений была передана НКПС, а функции железнодорожной милиции - ТО ВЧК. Но этих мер оказалось недостаточно. Поэтому 29 ноября 1921 г. по предложению
Дзержинского была образована комиссия под председательством начальника ТО ВЧК Благонравова.Дзержинский лично занимался решением многих вопросов, требовавших согласования с другими ведомствами и в интересах ГПУ. Так, 28 июля 1922 г. он поручил Д.В. Усову секретно собрать сведения через свой аппарат или через ЭКУ о правлении Добровольного флота, его составе с характеристикой каждого члена как в прошлом, так и в настоящем, его политической физиономии и служебного стажа и сведения о самом флоте - сколько пароходов, какие, где стоят, какую произвели работу и т.д.».
В тот же день, ознакомившись с запиской на циркуляре за подписью А.Г. Белобородова и И.С. Уншлихта о проверке документов в железнодорожных кассах при получении билетов и об оставлении в кассах копий документов, счел все это «необдуманным» и предложил вычеркнуть. «Не дело НКПС, - писал он, - проверять документы. Это дело ГПУ. Надо проверять в вагонах, а не в кассах. НКПС должен иметь право продать билеты тому, кто уплатит деньги, а дело ГПУ отобрать билет и арестовать кого нужно».
23 сентября 1922 г. после ознакомления с мнением А.Л. Шейн-мана о нелегальных поборах и ненужных пропусках при переезде из порта в порт Черного моря Дзержинский писал Ягоде: «Эти пропуска и поборы за них надо уничтожить. Прошу срочно разработать этот вопрос, привлекши Трушина и кого-нибудь, знающих практику Одессы и Крыма. Эти пропуска для передвижения внутри нашей Республики - это вреднейший пережиток, не достигающий никакой цели. Пересмотрите вообще правила передвижения в прифронтовой полосе и в прифронтовую полосу из центра и доложите мне конкретные радикальные предложения».
Серьезное внимание пришлось уделить Дзержинскому охране грузов. Только в 1922 г. было расхищено и потеряно на железных дорогах 14,5 млн. пудов грузов. Поэтому 15 декабря 1922 г. он обязал Благонравова заняться борьбой с хищениями. «До сих пор,-писал он, - мы к нему подходили одностороннее и неправильно увеличением чинов охраны. В результате попадали в заколдованный круг - надо было охранять груз от нашей охраны». Было предложено «пойти по другом пути, более верному, хотя и более длительному и тяжелому», а именно: уменьшить предельно охрану, обеспечив ее и делая постоянный подбор; выяснить и устранить условия, способствующие хищениям (оградить станционные пути (товарные в первую очередь); накладывать беспощадные денежные кары за хождение по путям, заменяя для несостоятельных принудительным работами для транспорта; принимать неослабные меры по борьбе с оцепками, накладывать кары на виновных, определив, кто является ответственным за недосмотр и неисправность вагонов, за отсутствие смазки и т.д.; усилить меру наказания за железнодорожные хищения; выдавать премии и наградные с широким оповещением за раскрытие и указание похитителей; изучить вопрос о скорости товарных вагонов и принять меры к ее увеличению; привлечение управления дорог к ответственности за пропажу грузов; премирование соответствующих агентов за уменьшение % пропаж и хищений...Наряду с борьбой со взяткой это важнейшая задача».
31 декабря 1922 г. Дзержинский поставил перед Благонравовым как «очередную боевую задачу» борьбу с хищениями самой выручки и платежей разных клиентов железных дорог и водных путей за предоставляемые им услуги, так как это труднейший вопрос, надо его изучить при помощи компетентных людей. При изучении вопроса он рекомендовал не применять репрессий, а, наоборот, «надо от них в этот период изучения отказаться, дабы ценой безнаказанности виновных, те не боялись рассказать всего. После этого наметить меры. Надо изучать также, что делается с выручкой во время до платежей. М. быть, надо будет нам самим настоять, чтобы все деньги сдавались в Банк и чтобы для этого Госбанк имел в важнейших узлах и на важнейших станциях свои агентства. Вопрос серьезный, и отнеситесь к нему со всей серьезностью».
7 января 1923 г., получив справку о хищениях, Дзержинский отдал распоряжение Благонравову: «Справка о хищениях дает ужасающую картину. Необходимо общие годовые цифры хищений разбить по родам грузов и перевести их в деньги (довоенные с переводом на советские по настоящему индексу), а также высчитать, какой это % от всех перевезенных грузов. Данные эти необходимо опубликовать в моем приказе, требующем от всех агентов неусыпной борьбы с хищениями и беспощадной расправы с похитителями. Представьте проект приказа. Кроме того, ТО ГПУ должно вести учет всех дел по хищениям и наблюдать за приговорами. Надо обратиться к Крыленко с просьбой издать циркуляр судам о беспощадной борьбе и суровых наказаниях. Необходимо предписать дорогам произвести совместно с ТО ГПУ чистку как ж. д„ так и других органов, имеющих отношение к транспорту, с точки зрения хищения грузов. Может быть, стоило бы хищников и укрывателей высылать в Архангельский лагерь или Туруханск? Кроме того, необходимо данные о хищениях разбить по дорогам, дабы видеть, которые из них худшие и лучшие, и Вам обратить внимание не на все, а на некоторые, на них сосредотачивать внимание. Это зло должно быть преодолено во что бы то ни стало. Оно опаснее -взятки».