Чтобы избежать нареканий чекистам за использование служебного положения, Дзержинский запретил «под страхом ответственности» провоз в отдельных вагонах каких-либо предметов и продуктов, запрещенные к ввозу и вывозу соответствующими декретами, кем бы то ни было». Каждая ЖЧК обязана была следить за исполнением данного распоряжения.
В начале 1921 г., как председатель ВЧК и нарком путей сообщения, он принял меры к улучшению работы транспорта по вывозу продовольствия. 22 февраля 1921 г. он предложил К.М. Карлсону, находившемуся в Бахмуте, немедленно командировать руководящих работников в Дебальцевскую ОРТЧК для расследования причин невывоза из депо паровозов и принятия срочных мер для улучшения работы депо, чтобы работа продовольственных и других грузов не тормозилась доставка продовольствия. На следующий день в телеграмме Карлсону Дзержинский отметил, что Де-бальцево- один из самых важных узлов, там продбаза для всего Донбасса. Но там же на станции, в службе движения и в депо «саботаж самый отчаянный»: паровозы не выходят во время из депо, военные отнимают паровозы, маршруты не составляются и вагоны не переадресовываются. Председатель ВЧК приказал Карлсону обратить внимание на Дебальцево, по согласованию с ЦК РКП (б) послать туда «первоклассных работников».
После декрета о переходе к новой экономической политике 17 марта 1921 г. Дзержинский направил всем губЧК телеграмму, в которой указал, что принятое партийным съездом постановление о замене продовольственной разверстки натуральным налогом может быть неправильно истолковано сельским населением в том смысле, что сданные продовольственным органам продукты подлежат возвращению. Поэтому чекистам было предложено усилить охрану заготовленных продуктов от возможного расхищения и разъяснить крестьянам, что все ранее изданные законы и распоряжения имеют силу и подлежат выполнению.
Дзержинский пресекал всякие злоупотребления в обеспечении населения продовольствием. Так, 24 марта 1921 г. он предложил Мессингу расследовать постановление бюро ячейки РКП(б) НовоСокольнического трамвайного парка о распределении двух вагонов пшеницы: «откуда она была получена, виновных лиц предать суду, а все дело через МК передать Московской Контрольной Комиссии, которая должна в открытом заседании расследовать это дело».
После записки В.И. Ленина, обратившего внимание Дзержинского на данные Комиссариата продовольствия и предложившего принять действенные меры усиления погрузки, сообщая ежедневно о ходе работ. 28 марта 1921 г. он вместе с Цюрупой направили «семенную» телеграмму на имя губпродкомиссаров, председателей губЧК и губисполков в Вятку, Пермь, Тамбов, Симбирск, Уфу и Смоленск. Они указали на недопустимость игнорирования распоряжений центра и непредоставления требуемых ежедневных и пятидневных сведений. Губернским продовольственным комиссарам был объявлен строгий выговор и сделано предупреждение, что в дальнейшим за подобные упущения они будут предаваться суду ревтрибунала».
Одной из причин дезорганизации работы транспорта было мешочничество, вызванного нехваткой продовольствия. Оно получило большие масштабы после декрета правительства о замене продразверстки продналогом и снятия заградительных отрядов.
Понятие «мешочничество» было введено в обиход советской властью. Это слово унижало и оскорбляло тысячи людей. Ведь речь шла о доведенных до отчаяния нехваткой продуктов, желавших как-то прокормить семьи. Если бы были продукты в магазинах, кто бы поехал из дому за сотни верст в неизвестность, в районы, охваченные бандитизмом и крестьянскими восстаниями. Это, как правило, были рабочие, собравшие для обмена на хлеб и другие продукты свои пожитки.
Железные дороги, особенно Украины, Кавказа и Сибири оказались в трудном положении. Это вызвало беспокойство у правительства. 29 апреля 1921 г. В.И. Ленин писал Ф.Э. Дзержинскому: «...великая угроза транспорту и железнодорожному и водному...».
Для борьбы с мешочничеством 28 марта 1921 г. при ВЧК была организована Особая центральная тройка для охраны транспорта под председательством начальника ТО ВЧК Г.И. Благонравова. В нее вошли также представители НКПС и Военного ведомства. На тройку было возложено общее руководство борьбой с продвижением мешочников по железной дороге и водным путям сообщения и организация и руководство деятельностью аналогичных ей местных троек, образованных при ОКТЧК, ДТЧК и ОДТЧК.
В этот же день Дзержинский и Склянский направили телеграмму чекистским и военным органам. В ней говорилось, что в связи с заменой разверстки продналогом можно ожидать еще большего наплыва мешочников на путях сообщения, особенно на магистралях хлебородных районов в Украине, на Кавказе и в Сибири. Это может принести значительный вред и без того слабому транспорту, приведет к окончательному разрушению подвижного состава. Поэтому при ВЧК была создана особая центральная тройка для общего руководства борьбой и тройками, созданными при ОКТЧК, ДТЧК и ОДТЧК. Всем начальникам ТЧК было предложено в двадцать четыре часа после получения телеграммы организовать тройки под председательством начальников ТЧК, представителей Военного ведомства и НКПС (соответствующих комиссаров округов, дороги или района). Тройки не допускают проезд мешочников по железнодорожным и водным путям сообщения, но не отбирать продукты. Задержанные трудоспособные граждане, снятые с поездов, направляются на общественные работы через соответствующие отделы труда. В подчинении троек находятся милиция, аппараты ТЧК и при необходимости воинские части.