Дзержинский внимательно следил за работой АРА и других зарубежных организаций на территории Советской России. 19 ноября
1921 г. ему сообщили о том, что АРА привозит взрывчатые вещества, а к служащему НКПС обратились сотрудники АРА с предложением работать у них. Председатель ВЧК поручил Уншлихту «завести дело».
Черновые заметки Дзержинского свидетельствуют о том, что он был хорошо осведомлен о работе АРА: «на Московском узле 12 ее агентов следят за его работой, американец Дарг выехал в Кокчетавку, агентура АРА «поставлена великолепно», помощник полковника Хаскеля Матьюе - контрразведчик, собирает сведения, многие сотрудники ведут себя как в завоеванной стране, я вообще уверен, что Американское правительство, в частности министр торговой промышленности Гувер имел настолько большой интерес имеет возможность посылать сюда несколько сот своих сотрудников для экономической разведки и пр.(из письма из Риги (от совпредст.)».
24 января 1922 г. Политбюро рассмотрело вопрос о мерах предосторожности на случай чрезмерного расширения аппарата АРА. Было признано необходимым обязать ВЧК усилить осведомительную работу по АРА.
На основании этой политической директивы ГПУ 7 и 10 марта
1922 г. нацелило чекистские органы на выявление шпионажа и связи иностранных дипломатических учреждений с антисоветскими элементами в АРА.
19 апреля 1922 г. Ф.Э. Дзержинский, А.Х. Артузов и А.В. Эйдук направили телеграмму начальникам отделов ГПУ в Минск, Харьков, Казань, Крым; полпредам ГПУ: Манцеву, (Харьков), Апетеру (Смоленск), Г.А. Трушину (Ростов); начгуботдел ГПУ: Самара, Саратов, Симбирск, Царицын, Уфа, Оренбург, Рыбинск, Киев, Одесса, Ростов, Новороссийск, Витебск о том, что правительством предоставлены «АРА» дополнительные права-срочное транспортирование их грузов и о привлечении виновных в задержках и хищениях грузов к суровой ответственности. Аресты русских сотрудников «АРА» должны были производиться только с разрешения центра, с согласия ОО ГПУ Москвы, присылая на каждого арестованного весь материал. Органам ГПУ было предоставлено право ареста за уголовные преступления с разрешения представителя правительства при «АРА» Эйдука, а в случаях, требовавших немедленной изоляции преступника, как меру пресечения, под личную ответственность начальника ГО ГПУ, о чем немедленно доносить в Москву. Чекисты были обязаны «принять все меры предупреждения нежелательных конфликтов с «АРА», учитывая важность работы помощи голодающим и нежелательность ее срыва. Местным отделам ГПУ соответственно необходимо «усилить агентурную разработку путем увеличения сети внутренней и наружной разведки опытными работниками и умелыми руководителями».
24 апреля 1922 г. Дзержинский в приказе уточнил порядок ареста русских граждан - сотрудников АРА: они могли быть арестованы органами ГПУ только по предварительному соглашению с полномочным представителем РСФСР при всех заграничных организациях Помгола А.В. Эйдуком; аресты без предварительного согласования могут быть произведены только в исключительных случаях для немедленного пресечения политического или уголовного преступления, если преступное лицо, оставленное на свободе, может продолжать свою вредную деятельность, замять следы преступления или скрыться от правосудия; по каждому аресту без предварительного согласования с Эйдуком, должно быть ему донесено в течение 48 часов с подробным изложением причин необходимости немедленного применения меры пресечения.
По заданию председателя ГПУ был подготовлен обзор о работе АРА. Ознакомившись с ним 7 августа 1922 г., в записке Уншлихту он указал на то, что глава «Шпионаж» слишком преувеличивает шпионскую роль АРА и просил прислать ему «краткий доклад с перечислением фактов и фамилий, подтвержающих характеристику АРА в обзоре за май-июнь 1922 г.».
4 июня 1923 г. работа АРА была прекращена решением Политбюро.
В конце 1921 г. был решен вопрос об экспедиции Дзержинского в Западную Сибирь для вывоза продовольствия. 31 декабря 1921 г. Политбюро ЦК РКП (б) предложило СТО «послать в Сибирь т. Дзержинского в качестве уполномоченного СТО по урегулированию всех вопросов, связанных с вывозом хлеба в части работы продовольственных, топливных и ж.д. органов. Отъезд т. Дзержинского ускорить всемерно».
С Дзержинским должны были выехать начальник ТО ВЧК Г.И. Благонравов и член Главного железнодорожного воен. трибунала Н.Н. Зимин.
Перед отъездом в Сибирь, 2 января 1922 г. направил во ВЦИК телефонограмму с просьбой о расширении его полномочий в связи с положением в Сибири. Там с 1-го ноября по 26 декабря 1921 г. было 20 случаев пожаров в железнодорожных мастерских и почти во всех случаях были обнаружены взрывчатые вещества и подготовлялись взрывы; во многих местах и на железнодорожном полотне найдены пироксилиновые шашки, в паровозных топках обнаружены капсулы от бомб и др. - «Все это ясно указывает, что наши враги не без ведома Японии в связи с событиями на Дальн. Востоке, поставили себе целью разрушение железнодорожной сети Сибири, чтобы не дать нам возможность вывести продовольствие и одновременно лишить нас оказания помощи голодающим Поволжья». Поэтому Дзержинский просил ВЦИК включить в состав выездной сессии Военно-транспортной коллегии Верховного Трибунал сотрудников, выехавших в командировку, а ему, как наркому Внутренних Дел и председателю предоставить право санкции приговоров всех трибуналов.
4 января 1922 г. председатель ГПУ распорядился об откомандировании из каждой ОКТЧК и ТЧК по 5 сотрудников для направления в его распоряжение в Омск.