Врач М.Я. Лукомский был арестован Петроградским ГО ГПУ в 1922 г. по обвинению в организации на своей квартире нелегалъ-ного сбора меньшевиков. ГО ГПУ решил выслать его из Петрограда, а комиссия НКВД по административным высылкам, пересмотрев дело, постановила выслать Лукомского на 3 года за границу. Лукомский обратился в правительственные инстанции с заявлением о пересмотрё указанного постановления, так как не занимался враждебной деятельностью. Ф. Дзержинский дал указание приостановить его высылку за границу, а особоуполномоченному ГПУ СССР проверить обоснованность материалов, послуживших основанием к принятию решения о высылке.
10 февраля 1923 г. Дзержинский сделал заметки по делу Лукомского и просил следователя М. Луцкого «познакомится со всем материалом, в том числе и с письмом Лукомского и дать мне заключение».
В результате изучения дела Луцкий сделал вывод, что Лукомский ни в чем предосудительном в политическом отношении не был замечен. Агентурные сведения о том, что у него в квартире бывают люди и ведут разговоры, ничего не доказывают. ГПУ нашло, что антисоветская деятельность Лукомского материалами, имеющимися в деле, не подтверждается. Он арестовывался, освобождался и снова арестовывался, что указывает на колебания в его деле и отсутствие конкретных данных. Показания Лукомского были признаны правдоподобными, а «его неоднократные категорические и письменные заверения, что он друг Соввласти и по убеждениям коммунист, не могут вызвать сомнений, т. к. старик 52 лет не стал бы давать против себя таких определенных документов. Во-вторых, штрихи его биографии, на которые он ссылается, указывают на то, что он расходился часто с меньшевиками, а в последнее время стал всецело на сторону программы компартии.
На основании вышеизложенного полагал бы высылку Лукомского за границу не нужной, запретив ему однако пребывание в Петрограде, где у него создались осложнения с некоторыми партийными товарищами».
13 февраля на заключении следователя Дзержинский обязал Фельдмана «расследовать, каким образом Петр. ГО ГПУ мог предъявить необоснованное обвинение? Кто возбудил дело, были ли какие-либо свидетели, уличающие его и что это за «агентурные» сведения?
Был ли Лукомский в списке, утвержденном ЦК?».
Дело в отношении Лукомского было пересмотрено, высылка за границу отменена и дело прекращено за отсутствием состава преступления .
В 1923 г. Петроградским ГО ГПУ был арестовал директор Пу-тиловской судостроительной верфи И.И. Бобров за несвоевременную выплату зарплаты и спецодежды рабочим, что привело к забастовкам. Комиссия НКВД 21 декабря 1923 г. осудила Боброва к высылке в Архангельск сроком на 3 года. В 1924 г. руководство ВСНХ, Судостроительного треста и др. возбудили ходатайство об отмене высылки Боброва и возвращении его на работу. Ленинградский губком РКП(б) не возражал против этого. 20 мая 1924 г. Дзержинский предложил Ягоде поставить этот вопрос на рассмотрение комиссии по высылкам. Дело Боброва передали особому совещанию ОГПУ, которое 23 мая 1924 г. отменило высылку Боброва и разрешило ему проживать в Ленинграде, лишив его права работать в судостроении.
5 июня 1924 г. Дзержинский заинтересовался судьбой бывшего начальника ЭКО ПП ОГПУ Юго-Востока Менем., уволенным за должностные преступления. - «Так ли это с ним сделано и где и кем он сейчас?». В.Л. Герсон сообщил, что по сведениям секретного учета ОГПУ, Мень «давно расстрелян»Особое внимание в годы нэпа Дзержинский уделял борьбе с преступлениям в области хозяйственных отношений сотрудниками ГПУ.
24 декабря 1925 г. он писал Ягоде об опыте Балицкого в Украине, который выработал систему контроля в связи с обнаруженными злоупотреблениями (дело контрабанды и др.). И просил прислать ему описание плана и схемы контроля и обратить особое внимание и «принять ряд мер (вплоть до посылки комиссий или лиц) для проверки состояния наших органов. В настоящее время особенно важно почиститься нашим органам так, чтобы имя наше не было замарано, чтобы все элементы разложения были отсечены»Наряду с контролем по линии государственной и партийной, а также в порядке подчиненности Дзержинский поддерживал тесные связи с сотрудниками газет и журналов, с издательствами, часто выступал с интервью, встречался с коллективами фабрик, заводов, коммун, учреждений, партийных организации и др., стараясь информировать население о деятельности органов и войск госбезопасности. Он реагировал на запросы различных общественных организаций. Так, 8 марта 1921 г. он ответил на вопросы Уполномоченному Общества Красного Креста Екатерине Павловне Пешковой:
«1. «Освободить Ховрина». Возьмите дело и, если нет особых данных, то можно освободить.
2. «Дать ему в случае освобождения пропуск на выезд в провинцию для посещения польских военнопленных» - отказать.
3. На кварт, жены Чернова О. А. Колбасиной засада. Об этом известно. Надо снять засаду. Если дочь Колбасиной Наташа (17 л.) арестована, то освободить, если нет особых данных.
4. Пешкова и Винвар просят пропуска в тюрьмы на провинции для посещения политических. Не давать общего пропуска, а для каждой поездки особо на определенное время.
5. Просят дать право посещения тюрьмы Любови Ефимовне Ели-нер, жене присяжного поверенного. Навести о ней справки и доложить мне.
6. Ускорить выдачу мандата для Тулы (для польских военнопленных). Свенскому (дело знает Кудрявцев).
7. Горький ходатайствует об увольнении из Кожухов, лагеря б. офицера Ионина Бориса Александровича для работы в экспертной комиссии при Внешторге. Навести справки и дать заключение.