Достигнув этой задачи, надо перейти к другой. Третья ударная группа - это транспорт. Надо ТО ВЧК осознать свою основную задачу. Бороться за налаженность НКПС, который нуждается в лечении и поддержке ТО ВЧК не сознает этой задачи полностью. Поговорите с Благонравовым».
10 июля 1921 г. Дзержинский сделал ряд принципиальных замечаний к проекту положения ЭКУ, в частности, указав, что ЭКУ ВЧК должно быть органом содействия всем наркоматам и учреждениям, предложив исключить восьмой пункт проекта, как неправильный. Авторы проекта подчеркивали в нем, что ЭКУ является единственным органом борьбы с преступностью в экономике. Это противоречило идее централизации и поставило бы ЭКУ над другими управлениями и отделами ВЧК. Но особенно Дзержинский возражал против пункта 13, в котором говорилось, что «по экономическим вопросам, возникающим в ВЧК или поступающим в ВЧК, Экономическое управление является единственным представителем в высших органах республики». Он расценил это как нежелание руководства ЭКУ полностью подчиняться руководству ВЧК: «Что это за бундовская монополия на «единственное представительство»? Эк.Управлению не хочется быть подчиненным полностью ВЧК. Вот что сквозит из целого ряда пунктов». Замечания Дзержинского были учтены при окончательном редактировании положения об ЭКУ ВЧК. В принятом положении говорилось, что основную борьбу с преступностью в экономике ведет ЭКУ ВЧК, но в этой борьбе участвуют и другие подразделения и службы ВЧК.
В процессе реорганизации ЭКУ ВЧК во всей его структуре приоритет был отдан обеспечению оперативными средствами безопасности оборонного комплекса, транспорта, средств связи, объектов жизнеобеспечения городов, всех промышленных центров и тех объектов, которые имели стратегическое значение и могли представлять особый интерес для спецслужб и диверсантов противника. Аппарат не только ЭКУ, но и других оперативных управлений и отделов получил возможность ведения легальной, агентурной и технической разведок.
В 1921 г. Дзержинский отдал ряд распоряжений об упорядочении взаимоотношений органов ВЧК с местными органами власти и центром. 14 апреля он довел до сведения Дальбюро ЦК РКП(б) о том, что «согласно постановлению ЦК РКП от 14 апреля 1921 г. представитель ВЧК в ДВР в оперативном, административном и организационном отношении подчиняется полномочному представителю ВЧК по Сибири тов. Павлуновскому. Представитель ВЧК в ДВР является помощником тов. Павлуновского по ДВР». А 21 апреля просил Благонравова обратить внимание Манцева на отношение с Украинской ЧК: «Украина имеет своего наркоминдела т. Раковского, с этим надо считаться».
Для ликвидации параллелизма в ряде регионов страны произошло объединение особых отделов и губЧК. 12 июля 1921 г. Дзержинский утвердил «Положение об уездных политбюро», которые должны были работать под руководством ВЧК, исполняя ее приказания, но в то же время являться отделом уездного исполкома; начальник политического бюро имел в своем распоряжении сеть осведомителей, агентуру, подразделение войск ВЧК..
После Гражданской войны были несколько увеличены штаты органов и войск безопасности. Так, численность центрального аппарата ВЧК с января по сентябрь 1921 г. выросла в 1,6 раза - с 1648 до 2645 человек. В центральный аппарат ВЧК входили три управления и два отдела: Административно-организационное управление для осуществления контроля за работой органов ВЧК и инструктирования подчиненных ему подразделений; Экономическое управление для борьбы с «экономическим шпионажем, вредительством и диверсиями в народном хозяйстве»; Секретно-оперативное управление (впоследствии получивший название «Секретно-политический отдел») для координации деятельности оперативных подразделений, ведения борьбы с «антисоветскими партиями, политическими группами и организациями» и должностными преступлениями, а также для наблюдения за интеллигенцией и духовенством (в его состав вошли Иностранный, Информационный, Оперативный, Особый и Секретный отделы); Особый отдел - для борьбы со шпионажем и контрреволюционными преступлениями, осуществления контроля за личным составом Красной Армии и Красного Флота; Транспортный отдел - для борьбы с «враждебными элементами» на железнодорожном и водном транспорте и надзора за его деятельностью. Эта сфера интересов советских органов безопасности впоследствии остались неизменными (менялись лишь названия) и находили свое оформление в том или ином структурном подразделении центрального и местных аппаратов органов безопасности (отделение, отдел, управление).
Наряду с этим была оказана помощь тем губЧК, которые работали в особо трудных условиях. Так, по распоряжению Дзержинского были усилены Тамбовская и Гомельская губЧК .
Реорганизация губЧК позволила несколько сократить численность их аппарата, упорядочить работу отделов и служб. К ноябрю 1921 г. губЧК, как правило, имели в своем составе секретно-оперативную часть (оперативное и особое отделения, регистрационно-статистическое отделение, следственный аппарат), административно-организационную часть(канцелярию, хозяйственное отделение, секретариат), отделение по борьбе с политическим бандитизмом, экономическое отделение, один-два батальона войск ВЧК.
Одновременно с созданием чекистского аппарата и совершенствованием организационной структуры в ряде регионов началось его сокращение. «Первой ласточкой» было решение Малого СНК от 10 марта 1921 г., которое рекомендовало ВЧК «сократить число обслуживающих (курьеров, дворников, судомоек и т.п.) различные учреждения ВЧК не менее чем на 25 %»; ВЧК было предложено «совместно с РКИ в месячный срок выяснить возможность дальнейшего сокращения числа сотрудников», а вспомогательные учреждения ВЧК: аптеки, амбулатории, клубы и др. - передать в соответствующие учреждения.. 9 июня 1921 г. Дзержинский писал Уншлихту: «Сейчас важнейшей задачей поставлено фактическое сокращение штатов. Необходимо и нам произвести возможное сокращение. Полагал бы, что для [этого следует] создать боевую комиссию. Просил бы для этой работы привлечь т. Ягоду, а также и Беленького, который указывал мне часто, что у нас много лишних ртов. Думаю, что комиссии (или отдельным лицам) надо дать задание на разработку общего плана сокращения числа сотрудников и практических ежедневных предложений- того то и того уволить, его работу возложить на того-то, такую-то работу вовсе прекратить.