Одновременно Дзержинский решил судьбу агента ВЧК П.П.Смирнова. 11 января 1918 г. он допросил его. Агент узнал от своего дяди, Мухина, содержателя чайной на углу Финского переулка и Нижегородской улицы, что в чайной часто бывают скупщики оружия. Он пришел в чайную, чтобы поверить, нет ли подозрительных лиц, и увидел финна. Желая его испытать, он предложил ему покупку двух револьверов: одного браунинга калибра 6,35 и второго «Смит и Виссон». Осматривая браунинг, тот по неосторожности выстрелил и ранил в лоб посетителя. Председатель ВЧК дело прекратил и оставил Смирнова на службе.
После подписания Брестского мира чекистам пришлось вести упорную борьбу с агентами германской, английской и французской разведок. Последние стремились всеми мерами втянуть Советскую Россию в войну, создать новые фронты, и одновременно выкачать из России материальные ресурсы. Именно в это время происходят многочисленные заговоры офицерства и чиновников при активном содействии бывших союзников. «Это был период самой острой и беспощадной борьбы с раскрываемыми контрреволюционными организациями, -указывал Дзержинский, - назывались ли они «Союзом спасения родины и революции» или носили другие названия. Во главе их стояли агенты Алексеева, правые эсеры— Савинковы, Локкарты, Нулансы. Это был период самой напряженной внутренней борьбы с теми, которые поддерживались и опирались на союзных империалистов».
14 апреля 1918 г. Ф.Э. Дзержинский поставил в известность управляющего Делами СНК В.Д. Бонч-Бруевича о том, что американскому подданному гражданину Бари предъявляются следующие обвинения: 1) финансирование офицеров и юнкеров, отправляющихся к Каледину и Корнилову; 2) хранение оружия без разрешения и не сдача его советским властям и 3) покупка и хранение подложных документов.
13 августа 1918 г. Дзержинский писал Н.А. Скрыпнику о полученных сведениях о том, что англо-французские агенты получили задание «составить списки совет, служащих по категориям: 1) большевики, 2) работающие честно, 3) работающие из-за нужды, 4) саботажники. Поэтому необходимо приять меры, потому, что скоро «должен приехать в качестве датского или норвежского курьера главный агент на этой работе». В середине сентября
1918 г. председатель ВЧК писал, что через англичанина В.Л. Каза-летти белогвардейцы получали деньги. Надо немедленно арестовать его с и его друзей».
В разгар Гражданской воины противоборство спецслужб продолжается с нарастающей силой.
7 июня 1919 г. телеграммой в Харьков Дзержинский распорядился задержать курьера Деникина, который должен из Москвы через Тулу прибыть в Харьков. У него документы военнопленного на имя Кузнецова, а настоящая фамилия Ведерников. Это человек выше среднего роста, крупного телосложения, большие кудри, шатен, возможно, теперь остригся, блестящие глаза. - «Установите строжайшее наблюдение над прибывающими поездами. Арестуйте при прибытии. Наблюдение продолжайте включительно по двадцатое июня сего года. Результаты телеграфируйте».
В июне 1919 г. ВЧК арестовала членов «Национального центра» военных специалистов, поднявших мятеж на фортах «Красная горка» и «Серая лошадь», а в июле началась ликвидация Петроградского отделения «Национального центра» (В.И. Штейнингер и др.) и связанной с ним шпионской организации П. Дюкса. Письма, найденные у убитого и двух задержанных при переходе границы, помогли чекистам выйти на след подпольщиков и в июле-августе
1919 г. ликвидировать в Петрограде отделение Центра. Но московское отделение Центра продолжало готовить восстание в те дни, когда армия Деникина пыталась прорваться к городу. Как в свое время под Петроградом враги сдали Красную Горку и чуть было не сдали Кронштадта и Питера, так теперь они пытались открыть врагу ворота в столицу.
«Национальный центр» возник в июне 1918 г. путем отхода части заговорщиков союзнической ориентации от германофильского «Правого центра». Программа его сводилась к трем тезисам: насильственное свержение советской власти и искоренение большевизма, 2) установление единоличной диктатуры и постепенный переход к конституционной монархии, 3) немедленное восстановление частной собственности на землю, фабрики и заводы.
Еще в Петрограде чекисты получили данные о существовании более крупного заговора в Москве. В результате усиленной работы им удалось захватить не только руководителей, но и ликвидировать всю организацию, возглавляемую «Национальным центром». Ее председатель Щепкин был арестован, когда принимал донесение от посла Деникина. Были захвачены очень ценные документы. Затем чекисты напали на след военной организации, состоявшей в связи с «Национальным центром», но имевшей свой собственный штаб «Добровольческой армии Московского района».
В заговоре участвовали кадетские домовладельцы, «благородные» педагоги, офицеры и генералы, инженеры и бывшие князья, бароны и правые меньшевики: князь Андронников, друг Распутина и Николая II, обвинявшийся в германском шпионаже, кадет Щепкин, генерал Махов, барон Штремберг и меньшевик Розанов, попавший в засаду на квартире шпиона Вильгельма Штейнингера. Но общее политическое направление давали кадеты. Цель их была захватить Москву и дезорганизовать центральную власть. На последних заседаниях они окончательно подготовились к выступлению, был даже назначен час: 6 час. вечера. Они надеялись захватить Москву хотя бы на несколько часов, завладеть радио и телеграфом, оповестить фронты о падении советской власти и вызвать таким образом панику и разложение в армии. Были даже подготовлены «органы власти» на случай своего успеха. Сотрудничавший с английской разведкой «Национальный центр» должен был выйти на поверхность после взятия Москвы.